Shutoiten 1year
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 25 3月 2021.
酒都移転1年
今日で酒都西条に移転して丸1年。 職種の関係上、引きこもり生活になることが予測されていたが、COVID-19の影響でより完全に出張のない新しい …
PAGS Bioinformatics Book published
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 24 3月 2021.
独習 Pythonバイオ情報解析 出版
2週間ほど前のエントリの通り、独習 Pythonバイオ情報解析が出版された。 ご恵送、大変ありがとうございました。
先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム …
Onsite seminar at nearby institute
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 23 3月 2021.
オンサイトセミナーの効用
年度の終わりではあるが、近くの研究所でセミナー。 オンラインのセミナーは何回かあっ …
The Digital Cell
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 22 3月 2021.
デジタル細胞生物学
「デジタル細胞生物学」が出版された。 早速ご恵送いただく。ありがとうございました。
原著の題名は …
DrBonoBon2 foreword
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 月 15 3月 2021.
Bono本第2版序文
「Dr.Bonoの生命科学データ解析」(Bono本)が出版された。
そして、序文が公開されている。 それが出版社のウェブサイトだけでなく、Amazonにも。 というわけで …
Return the debt
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 12 3月 2021.
借りを返す
有給休暇取得5日達成、ということで。 自覚症状あるぐらいの、大変良いリフレッシュに。 このようなリフレッシュ …
DrBonoBon2 is come
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 木 11 3月 2021.
Bono本第2版落手
予告エントリにもあった通り、「Dr.Bonoの生命科学データ解析」(Bono本)の第2版が完成、あの震災からちょうど10年目の今日に手にとった。 中身は散々みて直したわけだが、実物となって素晴らしい表紙の …
TapeStation4150
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 10 3月 2021.
TapeStation他納品
これで自ラボでRIN値が測定できるように。 外注でRNA-Seq出す時にサンプルのRIN値を求められることが多く、そこがメインの目的であったが、説明を聞いてみるとそれだけではない色々が。 大昔に使 …
Samplingthon
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 09 3月 2021.
サンプリング大会
自分は最初と最後だけだったが、現場まで2往復してバトンを渡す。 どちらかというとサンプリングリレーかもしれない …
PAGS Bioinformatics Book
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 08 3月 2021.
独習 Pythonバイオ情報解析
これもまた、Twitterでその出版予定を知る。 2021年3月末に出版されるらしい。 副題が「Jupyter、NumPy、pandas、Matplotlibを理解し、実装して学ぶシングルセル、RNA-Seqデータ解析」で、 出版社のこの書籍のページの説明文に曰く …
Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing ACE2 via aryl-hydrocarbon receptor signal
Written by Hidemasa Bono in papers on 金 05 3月 2021.
AHRシグナルを介したACE2の抑制によるSARS-CoV-2感染のin vitroでの抑制
メンバー的には以前からの共同研究者との研究だが、広島に来てから始めた共同研究。 bioRxivにアップロードされたのが公開。
Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing its receptor, angiotensin-converting …
DrBonoBon2 dispatch
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 火 02 3月 2021.
Bono本第2版第1報
出版から3年経って、多くのウェブサイトがHTTPS化したことや、URL自体が変わってしまっていることなど、気がついたアップデートは山ほど見つかった。 これらは出版社に連絡して …
February2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 28 2月 2021.
2021年2月を振り返って
緊急事態宣言継続で引きこもりも継続だったが、大学や大学院の研究発表会の季節ということでそれを嘆く暇も …
Python for Bioinformatics 2nd Eds in Japanese published
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 27 2月 2021.
Pythonによるバイオインフォマティクス 原著第2版 出版
前にぼうのブログのエントリでも言及した、Pythonによるバイオインフォマティクス原著第2版が出版された。 そのせいか、ご恵送いただいた。ありがとうございまし …
HISAT2 by CWL
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 23 2月 2021.
CWL使ってHISAT2
約1年前にも似たようなことしていた（作成したCWL ツール・ワークフローを実際に動かしてみた）が、HISAT2をインストールしてない新しい環境で動かす必要が出てきて。
Common Workflow Language(CWL)に関しては、上述の過去のブログや次 …
Catalina's trap
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 22 2月 2021.
Catalinaの罠（Java編)
リモートからラボのmacOS Catalina(c10.15.7)なマシンにsshして計算させているときに。 なぜか、いつもはすぐに実行されるプロセスが開始しない。 おかし …
Meta-Analysis of Oxidative Transcriptomes in Insects
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 02 2月 2021.
昆虫における酸化ストレス刺激のメタ解析
公共データベースからストレス刺激のtranscriptomeを集めてきてメタ解析をする研究をずっとしてきて、2020年1月に最初の査読論文を公開した(DOI: 10.3390/biomedicines8010010)。
そのシリーズ第二 …
January2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 30 1月 2021.
2021年1月を振り返って
緊急事態宣言発令により、出張が全てキャンセルになってしまった。 職場のエリアには出なかったものの、出張先が …
31st Annual Scientific Meeting of Japan Epidemiological Association
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 27 1月 2021.
第31回日本疫学会学術総会
第28回疫学セミナー「ゲノム・オミックス解析技術の疫学研究への展開」にて
疫学研究における生命科学データベース利活用
と …
Full-length 16S rRNA gene amplicon analysis of human gut microbiota using MinION nanopore sequencing confers species-level resolution
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 26 1月 2021.
完全長16S rRNAをMinIONでアンプリコン配列解読
ヒト腸内細菌叢でそれを試したところ、種レベルの解像度で細菌の同定ができるという共同研究論文が …
Python for Bioinformatics 2nd Eds in Japanese
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 23 1月 2021.
Pythonによるバイオインフォマティクス 原著第2版
Twitterでその出版予定を知る。 2021年2月末に出版されるらしい。
BioPythonの本が出ます Pythonによるバイオインフォマティクス 原著第2版 / Sebastian Bassi 著 樋口 千洋 監訳 石井 学 大川 和史 玉木 聡志 樋口 千洋 堀田 倫英 山根 健治 訳 | 共立出版 …
Anaconda package repository is paid for "large scale" commercial use
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 22 1月 2021.
Anaconda パッケージリポジトリが「大規模な」商用利用では有償に
Twitterで流れてきて知る。 確かに最近Anacondaでのインストールが一発ではうまくいかないことが多く、数回時間を置いてから実行することが増 …
DrBonoDojo 2nd print
Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 金 15 1月 2021.
道場本重版
2020年の年末に生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場(道場本)の重版するという連絡が出版社からきた。
それが今日、出版社にブツが …
1 liner of 210114
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 14 1月 2021.
今日のワンライナー
今日重宝したワンライナー。
gene1
gene2
gene3
...
みたいなfile.txtというファイルに書き込まれた改行区切りの …
1 liner of 210106
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 06 1月 2021.
今日のワンライナー
今日重宝したワンライナー。
gene1 -2.0
gene2 -1.5
gene3 1
...
みたいなデータから-1以下の行だけ抽出。
% perl -anle 'print $_ if(@F[1] < -1)' DEG.txt
Gene …
CSE activates HIFs in a ROS-dependent manner in human endometrium stroma cells
Written by Hidemasa Bono in papers on 日 03 1月 2021.
共同研究論文が Antioxidants 誌に出版
初出勤よりも早く、査読ずみ論文として、関西医科大学の広田さんとの共同研究論文が出 …
Plan 2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 01 1月 2021.
2021年の計
明けましておめでとうございます。 本年もよろしくお願いします。 年頭恒例にしている「一年の計は元旦にあり」。 今年 …
Review 2020 latter part
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 31 12月 2020.
2020年を振り返って（後編）
2020年の振り返り、「前編」に引き続き。 こちらでは主に、今年の年頭に書いた「2020年の計」に沿って、今年2020年を振り返ってみたい。
1 公共DBのメタ解析結果にもとづいた新しい研究方向性を見出し、その筋道をつける
2 そこ …
Review 2020 1st part
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 30 12月 2020.
2020年を振り返って（前編）
もう今年(2020年）も振り返りエントリ。 2020年は13年ぶりに転職したので、盛りだくさん。 年頭の「2020年の計」に対する振り返りは「後編」にて。
まずはいうまでもな …
December2020
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 29 12月 2020.
2020年12月を振り返って
書類上の出勤日は昨日28までということで、少し早めの12月の振り返りエントリ。
先月からの流れで、（ウェットな）実験室整備を着々と進めた2020年12月であった。 特に注文していたMinIONが届いたり。
そん …
Machine Learning for Life Science
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 27 12月 2020.
機械学習を生命科学に使う!
ヒトゲノム解読プロジェクトが始まった1990年代から、ニューラルネットワークや隠れマルコフモ …
Python Interactive Data Visualization Book
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 26 12月 2020.
Python インタラクティブ・データビジュアライゼーション入門
この本の作成時に査読をされた、という辻さんのtweet
『Pythonインタラクティブデータビジュアライゼーション入門』
査 …
Nights in hotels 2020
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 25 12月 2020.
2020年出張外泊数
2014年から去年(2019年)までの6年間では単調増加だった「仕事で外泊」した日数は、2019年には91泊にも達した。
今年はコロナと転職して職種が変わったこともあり …
Genome editing book for child
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 24 12月 2020.
ゲノム編集まるわかりBOOK
現在の所属のゲノム編集イノベーションセンターのセンター長より、アウトリーチのリソ …
Plant picture book in the city
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 23 12月 2020.
街のスキマ植物図鑑
実は、大学院で理学研究科生物科学専攻を出てて、しかも今も生物科学科の教員もしているにも …
SPARC Japan seminar 2020 2nd done
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 18 12月 2020.
第2回SPARC Japan セミナー2020「プレプリントは学術情報流通の多様性をどこまで実現できるのか？」で講演
オールオンラインで企 …
MinION is come
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 16 12月 2020.
ナノポアがやってきた
発注してからちょうど丸1ヶ月で、MinIONが納品。
そして約15年ぶりに、自ラボでのウェット＆ドライ復活。
MinIONがやってきた pic.twitter.com/FlGlNOGSoS
— bonohu / ぼう …
COI-NEXT started
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 15 12月 2020.
共創の場形成支援プログラム「育成型」採択
2020年4月に東広島に来た当初からその構想を練り、準備して来た「共創の場形成支援プログラム」に広島大学が代表機関とし …
RNAseqRecipe Annual Update 2020
Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 月 14 12月 2020.
RNAseqレシピ本 Annual Update 2020
「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」（略称、RNAseqレシピ本）が出版されて１年が経った。
Mac界隈は相変わらず日進月歩である。 その短い間に新しいバージョンのOSが2度もリリースされて、デフォルトのシェルがbashからzshに変更されるなど、RNAseqレシピ本販売直後から「書いてある …
The First Business Trip 2020
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 11 12月 2020.
2020年度初出張
転職後初の出張で、古巣へ。 つまり、2020年度初の出張ということなのだが、去年度まで100日近い出張宿泊日数であった自分。 それからすると、激変した今年であったわけで。 COVID-19が主な原因ではあるが、転職というのも …
43th annual meeting of the molecular biological society of Japan skipped
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 05 12月 2020.
年会の新しいスタイルを模索しよう
第43回日本分子生物学会年会（ブンセー）は、多分に漏れず、オンライン開催だった。 去年の年会最終日のブロ …
Mariner-like elements in Apis
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 01 12月 2020.
Evolutionary insights into Mariner-like elements in Apis species
着任後まもない、この4月に一度bioRxivにアップロードしてあったApis（ミツバチ属）のMariner-like elementに関する論文（プレプリント）をアップデート。 とはいえ、ほぼ全 …
November2020
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 30 11月 2020.
2020年11月を振り返って
9月から本格的に取り掛かってきた卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズのオンデマンド講義の収録が終わり、それらの公開もま …
Love your neighbor
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 27 11月 2020.
汝の隣人を愛せよ
これまで足を踏み入れたことがなかった学内の研究所にお邪魔して実験機器を見せてもらい、色 …
Lay the groundwork
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 26 11月 2020.
根回し重要
本日、2つの講演依頼が来た。 1つはかねてより他の機会にその話を聞いていたもの、他方は今日初めて「寝耳に水」的にしかも学会事務局から事務的に来たものであった。 結果は言う …
Bioinformatics Lecture 2020 done
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 水 25 11月 2020.
芸は身を助く
卓越大学院のバイオインフォマティクス講義の最終回がオンデマンド配信され、講義が終了した。 10月の最初から週2回で配信が順に開始され、2ヶ月かけて全15回の配信が11月末の25日に完了した …
A walk in the campus
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 21 11月 2020.
キャンパス内徘徊
毎週末やっていたバイオインフォマティクス講義の収録も先週で完了したので、物理的にも精神 …
FANTOM enters 20th year
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 19 11月 2020.
FANTOM20周年論文公開
2020年11月19日、Nucleic Acids Research のdatabase issueに FANTOM resource の論文が公開された。
FANTOM enters 20th year: expansion of transcriptomic atlases and functional annotation of non-coding RNAs
https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1054
論文の内容に関しては …
SPARC Japan seminar 2020 2nd
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 18 11月 2020.
第2回SPARC Japan セミナー2020「プレプリントは学術情報流通の多様性をどこまで実現できるのか？」
今年はオープンアクセスウィ …
Cancer_DAT call for subject
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 16 11月 2020.
がんゲノムデータ解析再現担当募集
このたびMEDSiからがんに特化したゲノム・オミックス解析の本を出すことになりました。 つきましては、再現 …