Kaiko transcriptomes paper published
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 03 6月 2021.
カイコリファレンストランスクリプトーム論文出版
bioRxivに論文を公開してあったため、すでにデータは公開されていたカイコリファレンスト …
BioDX outreach movie
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 01 6月 2021.
バイオDXの宣伝動画
約2ヶ月半前に取材していただいたBio×Digital Transformation (バイオDX)のアウトリーチ動画の編集作業が終わり、いつの間にか、公開されてた。 しかもYouTubeに。
共創の場 …
May2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 31 5月 2021.
2021年5月を振り返って
これまでとは違って学生や研究員がラボに常駐しているので、彼らとの議論なども散発的にあって、一年前とは大 …
slipper with cleaner
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 30 5月 2021.
おそうじスリッパ
自分用の家のスリッパがそろそろダメで買い換えようとしていた時に見つけたこれに。
掃除効果 …
sava can
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 28 5月 2021.
サヴァ缶
最近、このシリーズのレモンバジルパスタソースがお気に入り。 そこで、本家のサヴァ缶もということで。
缶詰 …
Press release for the 1st time
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 25 5月 2021.
初めてのプレスリリース
今月（2021年5月）に出版された低酸素刺激の有無（低酸素vs常酸素）のトランスクリプトームデータとgene2pubmedの情 …
One good turn deserves another
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 24 5月 2021.
データ公開は人のためならず
これまで自分が出してきた論文では、公共塩基配列データベース(DDBJ,Sequence Read Archive(SRA))や遺伝子 …
Magcup for the paper
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 22 5月 2021.
論文マグカップ
自分がcorresponding authorの、自ラボから出た論文が出始めた。 twitterでも話題になっていた論文マグカップをbonohulabでもやってみたいと思ったが、コロナ禍の状況で海外のサービスを使ってオーダー …
Multi-Omic Meta-Analysis of Transcriptomes and the Bibliome Uncovers Novel Hypoxia-Inducible Genes
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 20 5月 2021.
低酸素トランスクリプトームとビブリオームの統合メタ解析論文
bioRxivで公開した論文が査読論文誌であるBiomedicinesに出版された。 前回の研究で使 …
Genome Editing for the Future
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 18 5月 2021.
広島大学先端科学セミナー「ゲノム編集で未来を拓く」
「バイオインフォマティクスがどのようにゲノム編集に利用で …
Comparative stick insect midgut transcriptomes paper out
Written by Hidemasa Bono in papers on 金 14 5月 2021.
ナナフシ中腸比較トランスクリプトーム論文公開
2021年5月13日、かねてより取り組んできたナナフシの中腸トランスクリプト …
bonohu dthesis PDF
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 03 5月 2021.
失われたファイルを求めて
ググったら、なんと出てきた。
以前個人のウェブサイトで公開していた自分のD論のPDFであるが、マシ …
April2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 30 4月 2021.
2021年4月を振り返って
先月までとは打って変わり、ラボに人が常駐するようになった。 まずは彼らとやるべき課題を一緒に考え、そしてそ …
Best seller DrBonoBon2?
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 土 24 4月 2021.
Bono本第2版ベストセラー？
1ヶ月前に出版された「Dr.Bonoの生命科学データ解析」(Bono本)の第2版であるが、ベストセラーマークが付いていた。 しかし、そのベストセラーなカテゴリーを見ていると…。
お、ベスト …
Diversification of mineralocorticoid receptor genes in a naked mole-rat
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 15 4月 2021.
ハダカデバネズミの2つのMR遺伝子論文
Diversification of mineralocorticoid receptor genes in a subterranean rodent, the naked mole-rat.
https://doi.org/10.1530/JME-20-0325
ハダカデバネズミの2つのミネラルコルチコイド受容体遺伝子論文が査読論文誌である Journal of Molecular Endocrinology に出版された。
学振 …
Paper submission rush
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 09 4月 2021.
論文投稿ラッシュ
今週は、コラボ関係で論文が2本投稿された。 bioRxivへアップして、そして投稿という流れができつつあって、とてもいい感じ。
そうい …
RNAseqRecipe 3rd print
Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 月 05 4月 2021.
RNAseqレシピ本第3刷
「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」（略称、RNAseqレシピ本）の第3刷が送られてきた。 2019年11月末に上梓、2020年3月に第2刷をしたので、ちょうど1年ぶりに。
RNA-Seqデータ解析に特化したコンテンツで、同時期に出たDRY解析教本2にもRNA-Seq解析の章があったにもかかわらず、第3刷を出すことになるほどの売れ行き。
出版から1年後の2020年末にはAnnual Updateも公開され、売れ行きに拍車がか …
bonohulab becomes non-bocchilab
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 01 4月 2021.
ボッチラボではなくなった
新年度（2021年度）を迎え、bonohulabも新しいメンバーを4人も迎えることとなった。
210401 統合生命科学研究科 ゲノム編集先端人材育成プログラム（卓越大学 …
March2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 31 3月 2021.
2021年3月を振り返って
この3月は、年度末であることと、春の学会シーズンということもあって、外部講演が3つもあった。
- 「データ駆動型ゲノム育種技術の …
A new way of life, a new way of publishing papers
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 30 3月 2021.
新しい生活様式で新しい論文出版様式
2020年10月に入学した大学院生（社会人ドクター）による以下の論文がbioRxivから公開された。
Multi-omic meta-analysis of transcriptomes and the bibliome uncovers GPR146 as the novel hypoxia-inducible gene
https …
Shutoiten 1year
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 25 3月 2021.
酒都移転1年
今日で酒都西条に移転して丸1年。 職種の関係上、引きこもり生活になることが予測されていたが、COVID-19の影響でより完全に出張のない新しい …
PAGS Bioinformatics Book published
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 24 3月 2021.
独習 Pythonバイオ情報解析 出版
2週間ほど前のエントリの通り、独習 Pythonバイオ情報解析が出版された。 ご恵送、大変ありがとうございました。
先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム …
Onsite seminar at nearby institute
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 23 3月 2021.
オンサイトセミナーの効用
年度の終わりではあるが、近くの研究所でセミナー。 オンラインのセミナーは何回かあっ …
The Digital Cell
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 22 3月 2021.
デジタル細胞生物学
「デジタル細胞生物学」が出版された。 早速ご恵送いただく。ありがとうございました。
原著の題名は …
DrBonoBon2 foreword
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 月 15 3月 2021.
Bono本第2版序文
「Dr.Bonoの生命科学データ解析」(Bono本)が出版された。
そして、序文が公開されている。 それが出版社のウェブサイトだけでなく、Amazonにも。 というわけで …
Return the debt
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 12 3月 2021.
借りを返す
有給休暇取得5日達成、ということで。 自覚症状あるぐらいの、大変良いリフレッシュに。 このようなリフレッシュ …
DrBonoBon2 is come
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 木 11 3月 2021.
Bono本第2版落手
予告エントリにもあった通り、「Dr.Bonoの生命科学データ解析」(Bono本)の第2版が完成、あの震災からちょうど10年目の今日に手にとった。 中身は散々みて直したわけだが、実物となって素晴らしい表紙の …
TapeStation4150
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 10 3月 2021.
TapeStation他納品
これで自ラボでRIN値が測定できるように。 外注でRNA-Seq出す時にサンプルのRIN値を求められることが多く、そこがメインの目的であったが、説明を聞いてみるとそれだけではない色々が。 大昔に使 …
Samplingthon
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 09 3月 2021.
サンプリング大会
自分は最初と最後だけだったが、現場まで2往復してバトンを渡す。 どちらかというとサンプリングリレーかもしれない …
PAGS Bioinformatics Book
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 08 3月 2021.
独習 Pythonバイオ情報解析
これもまた、Twitterでその出版予定を知る。 2021年3月末に出版されるらしい。 副題が「Jupyter、NumPy、pandas、Matplotlibを理解し、実装して学ぶシングルセル、RNA-Seqデータ解析」で、 出版社のこの書籍のページの説明文に曰く …
Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing ACE2 via aryl-hydrocarbon receptor signal
Written by Hidemasa Bono in papers on 金 05 3月 2021.
AHRシグナルを介したACE2の抑制によるSARS-CoV-2感染のin vitroでの抑制
メンバー的には以前からの共同研究者との研究だが、広島に来てから始めた共同研究。 bioRxivにアップロードされたのが公開。
Inhibiting SARS-CoV-2 infection in vitro by suppressing its receptor, angiotensin-converting …
DrBonoBon2 dispatch
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 火 02 3月 2021.
Bono本第2版第1報
出版から3年経って、多くのウェブサイトがHTTPS化したことや、URL自体が変わってしまっていることなど、気がついたアップデートは山ほど見つかった。 これらは出版社に連絡して …
February2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 28 2月 2021.
2021年2月を振り返って
緊急事態宣言継続で引きこもりも継続だったが、大学や大学院の研究発表会の季節ということでそれを嘆く暇も …
Python for Bioinformatics 2nd Eds in Japanese published
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 27 2月 2021.
Pythonによるバイオインフォマティクス 原著第2版 出版
前にぼうのブログのエントリでも言及した、Pythonによるバイオインフォマティクス原著第2版が出版された。 そのせいか、ご恵送いただいた。ありがとうございまし …
HISAT2 by CWL
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 23 2月 2021.
CWL使ってHISAT2
約1年前にも似たようなことしていた（作成したCWL ツール・ワークフローを実際に動かしてみた）が、HISAT2をインストールしてない新しい環境で動かす必要が出てきて。
Common Workflow Language(CWL)に関しては、上述の過去のブログや次 …
Catalina's trap
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 22 2月 2021.
Catalinaの罠（Java編)
リモートからラボのmacOS Catalina(c10.15.7)なマシンにsshして計算させているときに。 なぜか、いつもはすぐに実行されるプロセスが開始しない。 おかし …
Meta-Analysis of Oxidative Transcriptomes in Insects
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 02 2月 2021.
昆虫における酸化ストレス刺激のメタ解析
公共データベースからストレス刺激のtranscriptomeを集めてきてメタ解析をする研究をずっとしてきて、2020年1月に最初の査読論文を公開した(DOI: 10.3390/biomedicines8010010)。
そのシリーズ第二 …
January2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 30 1月 2021.
2021年1月を振り返って
緊急事態宣言発令により、出張が全てキャンセルになってしまった。 職場のエリアには出なかったものの、出張先が …
31st Annual Scientific Meeting of Japan Epidemiological Association
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 27 1月 2021.
第31回日本疫学会学術総会
第28回疫学セミナー「ゲノム・オミックス解析技術の疫学研究への展開」にて
疫学研究における生命科学データベース利活用
と …
Full-length 16S rRNA gene amplicon analysis of human gut microbiota using MinION nanopore sequencing confers species-level resolution
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 26 1月 2021.
完全長16S rRNAをMinIONでアンプリコン配列解読
ヒト腸内細菌叢でそれを試したところ、種レベルの解像度で細菌の同定ができるという共同研究論文が …
Python for Bioinformatics 2nd Eds in Japanese
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 23 1月 2021.
Pythonによるバイオインフォマティクス 原著第2版
Twitterでその出版予定を知る。 2021年2月末に出版されるらしい。
BioPythonの本が出ます Pythonによるバイオインフォマティクス 原著第2版 / Sebastian Bassi 著 樋口 千洋 監訳 石井 学 大川 和史 玉木 聡志 樋口 千洋 堀田 倫英 山根 健治 訳 | 共立出版 …
Anaconda package repository is paid for "large scale" commercial use
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 22 1月 2021.
Anaconda パッケージリポジトリが「大規模な」商用利用では有償に
Twitterで流れてきて知る。 確かに最近Anacondaでのインストールが一発ではうまくいかないことが多く、数回時間を置いてから実行することが増 …
DrBonoDojo 2nd print
Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 金 15 1月 2021.
道場本重版
2020年の年末に生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場(道場本)の重版するという連絡が出版社からきた。
それが今日、出版社にブツが …
1 liner of 210114
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 14 1月 2021.
今日のワンライナー
今日重宝したワンライナー。
gene1
gene2
gene3
...
みたいなfile.txtというファイルに書き込まれた改行区切りの …
1 liner of 210106
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 06 1月 2021.
今日のワンライナー
今日重宝したワンライナー。
gene1 -2.0
gene2 -1.5
gene3 1
...
みたいなデータから-1以下の行だけ抽出。
% perl -anle 'print $_ if(@F[1] < -1)' DEG.txt
Gene …
CSE activates HIFs in a ROS-dependent manner in human endometrium stroma cells
Written by Hidemasa Bono in papers on 日 03 1月 2021.
共同研究論文が Antioxidants 誌に出版
初出勤よりも早く、査読ずみ論文として、関西医科大学の広田さんとの共同研究論文が出 …
Plan 2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 01 1月 2021.
2021年の計
明けましておめでとうございます。 本年もよろしくお願いします。 年頭恒例にしている「一年の計は元旦にあり」。 今年 …
Review 2020 latter part
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 31 12月 2020.
2020年を振り返って（後編）
2020年の振り返り、「前編」に引き続き。 こちらでは主に、今年の年頭に書いた「2020年の計」に沿って、今年2020年を振り返ってみたい。
1 公共DBのメタ解析結果にもとづいた新しい研究方向性を見出し、その筋道をつける
2 そこ …
Review 2020 1st part
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 30 12月 2020.
2020年を振り返って（前編）
もう今年(2020年）も振り返りエントリ。 2020年は13年ぶりに転職したので、盛りだくさん。 年頭の「2020年の計」に対する振り返りは「後編」にて。
まずはいうまでもな …
December2020
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 29 12月 2020.
2020年12月を振り返って
書類上の出勤日は昨日28までということで、少し早めの12月の振り返りエントリ。
先月からの流れで、（ウェットな）実験室整備を着々と進めた2020年12月であった。 特に注文していたMinIONが届いたり。
そん …