SPARQLthon30

Written by bonohu in misc on 金 13 3月 2015.

理研和光にて。NGSなツールたちをDocker上で実行するための検討を引き続き。 そのためにはそれぞれのツールを実際に動かしてみないと、ということでいろんなツールの使い方 …

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MacBookProのセットアップ2015

Written by bonohu in misc on 木 26 2月 2015.

MacBookProを使える状態にセットアップする機会があり、自分で能動的に入れたものをメモとして残しておく。

  • Xcode: 必須

  • Homebrew: macosx用パッケージマネージャー

  • vagrant: docker on macosx

  • Java: 最初から入っていないので

  • skype: chat用

  • f.lux …

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Trinity on docker in Mac

Written by bonohu in misc on 土 14 2月 2015.

- Docker

SPARQLthon29では何故かネットワークの調子も悪く(DHCPが急に取れなくなったり)。容量の大きなFASTQファイルが手元になく、ダウンロードしてくることもかなわず、実行できずじまい。そこで、RNAseqなFASTQファイルを入手してdocker runのテスト。coreos上で [shell] coreos> docker run -it -v pwd:/data aewing …

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BioDockerthon the last day

Written by bonohu in misc on 金 06 2月 2015.

- Docker

国内版Biohackathon(BH14.14)最終日。これまでやってきたことは

にすべてアップ。つくったDocker imageは以下の4つ。

  1. hmmemit

  2. debian-hmmsearch

  3. debian-hmmsearch2 (profileHMMと検索対象DBがdocker runの引数として選べる)

  4. ubuntu-tophat

ubuntu-tophatに関しては、defaultのcoreosでは動かないという問題点あり。現状判明し …

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BioDockerthon day4

Written by bonohu in misc on 木 05 2月 2015.

- Docker

国内版Biohackathon(BH14.14)4日目。昨日までのhmmerとは打って変わってより実際的なNGS解析のそれをということで、RNAseqにおけるspliced read mapperとしてデファクト・スタンダードのtophatを実行するそれに挑戦。 tophatのパッケージがdebianにはないらしいということで、ubuntuベースに。昨日まで作っていたhmmsearch用のDockerfileと同様に実行部分はシェルスクリプトに分けて実装。DockerhubのAutomated Buildを利用しているため、ファイル自体はgithubにあるが、再 …

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BioDockerthon day3

Written by bonohu in misc on 水 04 2月 2015.

- Docker

国内版Biohackathon(BH14.14)3日目。今日もDockerチームにて。昨日作成したhmmsearchを実行するDockerfileの汎用化。引数としてprofile HMMと検索対象DBを指定できるように。最後の行でしか引数指定できないようなので、別にシェ …

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Docker on CoreOS on Mac day2

Written by bonohu in misc on 火 03 2月 2015.

- Docker

国内版Biohackathon(BH14.14)2日目。まずは、昨日の続き。DockerfileをDockerHubに表示したいということで、GitHubとDockerHubの連携をやってみる。

まずは、'New repository'から新規に作成し(hmmemitという名前)、必要なファイルをgithubに上げる。 [shell] git add Dockerfile Sod_Cu.hmm git commit -m "first commit" git push -u origin master [/shell …

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Docker on CoreOS on Mac

Written by bonohu in misc on 月 02 2月 2015.

- Docker

国内版Biohackathon(BH14.14)1日目。色々話しあった結果、Dockerチームとして活動することに。これまでローカルに動かしてきた解析スクリプト(レシピ)をDockerfileとして記述していこうかということで。まずは動かし方を。

[shell] brew tap phinze …

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2015年の計

Written by bonohu in misc on 日 04 1月 2015.

2014年は職場の二度の引っ越し(3月に1回、4月にもう1回)でバタバタしていたこともあり、講演活動は前年ほど回数はなかったものの、新しく移った先近くで複数回実 …

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ダブルクリックしてシェルスクリプト実行

Written by bonohu in misc on 土 27 12月 2014.

MacOSXでシェルスクリプトなどのスクリプト言語をダブルクリックして実行するには、

  1. スクリプトのファイル名に.commandという拡張子を使う(例: hoge.command)

  2. ファイルに実行権を付与する。すなわち chmod +x hoge.command しておく

  3. スクリプトの先頭 …

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tophatのインストール

Written by bonohu in misc on 火 09 12月 2014.

Macosxの場合のtophatのインストールコマンド。もちろん、tophatのサイトからバイナリファイルを取ってきてそれを使うのでもいいのですが、tophatから呼び出される依存関係のあるプログラムも同時にインストールしてくれる点でhomebrewが便利なので、こちらを推奨します。

[shell] brew tap homebrew/science -v brew install -v tophat [/shell]

sratoolkitは、tophatとは依存関係がないものの、公共NGSデータベースのSRA(Sequence Read Archive)からダウンロードしてきたデータ …

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bamの切った貼った

Written by bonohu in misc on 月 08 12月 2014.

Reference genome配列に対するmappingの結果ファイル、bam。そこから特定の染色体などの場所を絞り込んだデータだけを作成する場合に以下のsamtoolsのオプションが大変有効です。 複数のbamファイル(1.bam 2.bam 3 …

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NO DATABASE, NO RESEARCH. DBCLS

Written by bonohu in misc on 木 27 11月 2014.

「種を超えて保存された生理代謝機構の解明に向けて：データベースによるアプローチ」と題して、第37回日本分子生物学会年会にてフォーラムという枠をいただいた。そもそもワーク …

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目訴本

Written by bonohu in misc on 月 24 11月 2014.

amazonにも目訴本のエントリが。Ensembl, Jalview, InterPro, GEO/ArrayExpressの項のほか、第1部の「ウェットな研究にデータベースやウェブツールを役立てるための秘訣」とい …

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Biohackathon2014終了

Written by bonohu in misc on 日 16 11月 2014.

宮城県松島で開催されたBiohackathon2014に参加してきました。目標にあげた、複数のマシンに分かれてやっているAOEのデータ更新の仕組みの統合化とgithubでの公開は達成しました。そして、データ更新も開発者がいる …

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Mishima.syk#4

Written by bonohu in misc on 日 26 10月 2014.

次回に引き続き、今回も発表させていただく。ただ前回のようにいつもの話じゃなくて、新ネタ披露の場としてみなさ …

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justRMAその後

Written by bonohu in misc on 火 09 9月 2014.

処理したい生データ(CEL.gzのファイル)だけを実行するdirectoryに集めて、justRMAを実行するのであるが、これらはとくにgzip圧縮を解凍する必要はなく、圧縮されたままでも実行されるようである。同じ生 …

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mtr

Written by bonohu in misc on 木 21 8月 2014.

あるホストから別のホストまでのネットワーク経路をリスト表示するコマンドtracerouteの今風版のmtrなのだが、homebrewで [shell] brew install mtr [/shell] で簡単にインスト …

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ゲノムマッピング結果をwigで表示

Written by bonohu in misc on 土 09 8月 2014.

Bowtieなどで単にゲノムマッピングした結果(sam/bam形式)を各位置ごとに数値で表現してみたいというときに。マシンパワーと出力されるデータ量の制限で10塩基刻みでwigに変換するには [shell] samtools mpileup …

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自家製BLAST用DBから必要な配列エントリ取得

Written by bonohu in misc on 金 08 8月 2014.

BLASTでヒットがあったエントリの配列データを切り出してきたい時はままあるかと。公共データベースのエントリならtogowsのRESTで取得するなり、ググるなりNCBIで検索するなりで配列データにありつけるかと思います。ところが、自分で作成したDBに対してBLASTした場合にはそうもいかないことがあるわけで。その場合どうする …

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github再入門

Written by bonohu in misc on 水 06 8月 2014.

某所の講習会でファイルの共有を(バックアップで)やっておく必要が出てきたので、新しいレポジトリを作成する必 …

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スパコンユーザー会

Written by bonohu in misc on 木 31 7月 2014.

他の方々の使い方を垣間見れて参考になった。公共データベースを利用して、という使い方はそれほどメジャーではなかったものの、そういう要望も出て …

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Soylatte事始め

Written by bonohu in misc on 水 30 7月 2014.

DBCLS SRA Metadata Search の結果をJSONで取ってくるのを教えてもらったので、備忘録的に。

まずは出力されるJSONを処理するコマンドとして、jqをインストールしておく。

[shell] brew install -v jq [/shell]

で。SRAデータの中で、Study typeが'Transcriptome'、キーワード …

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Python Imaging Library

Written by bonohu in misc on 日 27 7月 2014.
[http://www.pythonware.com/products/pil/](http://www.pythonware.com/products/pil/)

から入手できるとのことで、 Python Imaging Library 1.1.7 Source Kit (all platforms) (November 15, 2009) をダウンロード。5年近くアップデートされていないようで、libjpegもfreetypeもすでに入れていたのだが [shell] python setup.py …

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続・Selenium+PhantomJSで縦長のスクリーンショットを撮る

Written by bonohu in misc on 木 24 7月 2014.

前のエントリのSeleniumとPhantomJSを使ってブラウザを起動しないでスクリーンショットを撮るスクリプトの汎用化をpythonの勉強がてら。

[shell] python scsho.py "http://sra.dbcls.jp/" [/shell]

以下のスクリプトをscsho.pyとして、コマンドライン引数としてURLを入れることでそのページのスクリーンショットがscshoXXXXX.pngというファイル名で保存されるようにした。XXXXXはそのスクリプトを実行した時のpid(プロセスID)。

[python] import …

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Mishima.syk#3

Written by bonohu in misc on 土 12 7月 2014.

Mishima.sykというライフサイエンス業界な勉強会に参加してきました。その名の通り、2014年4月からの職場である三島近辺のその業界の勇士^H^H有志たちの勉強会です。職場が引っ越す前に開かれた、前回の第2回目に参加させてもらって本業との意外な接点を認識し(もちろん、以前から知ってはいたものの…)、積極的に …

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NIG retreat 2014

Written by bonohu in misc on 月 07 7月 2014.

7/3-4と遺伝研のリトリートに参加させて頂いて参りました。遺伝研からバスで40分ほどの御殿場高原時之栖にあるホテルがリトリートの会場。リトリートとは、「仕事や家庭生活等の日常生活から離れ、自分だけの時間や人間関係に浸る …

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DDBJ-DBCLS連携研究会

Written by bonohu in misc on 月 30 6月 2014.

6月26-27日の二日間にわたって、今年度も遺伝研研究会をオーガナイズしました。正式名称は国立遺伝学研究所2014年度研究会「塩基配列データアーカイブをフ …

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データベースのID番号

Written by bonohu in misc on 木 20 3月 2014.

かつては塩基配列を解読したらそれをINSDC(International Nucleotide Sequence Database Collection; DDBJ/EMBL(ENA)/GenBankのこと)に登録してから論文を投稿するという流れで研究が …

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統合牧場移転

Written by bonohu in misc on 土 01 3月 2014.

統合牧場の郊外への移転が始まりました。一ヶ月のモラトリアム期間を経て、2014年4月からは静岡県三島市にある国立遺伝学研究所にその場を移します。

統合牧場の歴史は、統合TVを作成して頂く近隣の大学院生RA(Research Assistant)さんや …

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