AJACSりんくう

Written by bonohu in misc on 金 06 11月 2009.

初めての関西開催。ホスト大学の大阪府立大学以外の参加者も5名ほど居たりで関心は高かったのかもしれないが…。毎回反省することが多い。今後の活動に活かしていきたい。

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第35回 情報処理 技術検討交換会

Written by bonohu in misc on 木 05 11月 2009.

というアツマリにて統合DB普及活動の一環のお話をしに大阪千里中央へ。

会場に着いた時の雰囲気ではちょっと違うかな、と思ったが、結果としてなかなかウケたのではないかと。とくに、Allieとアナトモグラフィーは後でもいろいろと話題に。交換した名刺29枚。とてもよい宣伝活動であった。ちょっとくどいぐらい利用とその意思表示をお願いしてみたが、果たして。

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EDW2日目

Written by bonohu in misc on 土 31 10月 2009.

講習が楽しみで早起きしてしまったのではなくて、単純に調子悪かったら早めに寝た結果。

というわけで万全を期して臨むが、時間通りに行っても部屋は空いておらずorz。最初は昨日のlectureの続き。実習は昼休み前からぼちぼちと。mysqlがある程度使えないと厳しい内容。

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GI4日目

Written by bonohu in misc on 金 30 10月 2009.

最終日。ほぼ午前で終了だが、Talkが合計16とちょっと過密スケジュール。なのでいつもより15分早めのスタートと連絡があったが果たしてどうなるか?

結果としてなんとか終了。これまでにない、かなり激しい最終日だった。いつもならわりとTalkのキャンセルとかがあって、ただでさえ緩いスケージュールがさらに緩くなるのに。終わってみればそういうのが皆無だった今回のGenome Informatics。ポスターの歯抜けもあるにはあったがこれまでよりも少なく。本当に有意義でかつ濃い4日間だった。

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EDW1日目

Written by bonohu in misc on 木 29 10月 2009.

Ensembl Developers' Workshop。講師5人に生徒11人だが、その生徒の中にもEnsembl staffのalumiが2,3人居たりという感じ。PCにVMwareを入れて講習するようだが、そのセットアップも講習開始の時点では出来ておらず…。明日の講習には間に合うのだろうか。初日の今日は講演だけで、よかったのだが。

講演の最初はEnsemblの紹介からだったのだが、とくにスライドも用意して来ていなくてビックリ。さらに、Ensemblだけで50人というからビックリ。昔私が4,5年前訪問したときよりもずーっと大きくなったんだなあと。でもそのあとにつづくgenebuildやWWW関係の講演をきくと大枠はそれほど大きくは変わっていないのがわかった。明日の講習が楽しみ。

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GI3日目

Written by bonohu in misc on 木 29 10月 2009.

普段の時間帯とほぼ半日ずれているために朝起きてメールがどかっと溜まっている。こちらに来ているせいで直接訊けずメールになっているものも多々あったりで…あまり気持ちのいいものではないもんだなと。

今日はようやく晴れて、本来のCSHLっぽく、ランチは野外でハンバーガー。午後はポスター発表(後半)のち、Lincoln SteinのKeynote Speech。その後、banquet。

そして、挙げ句の果てに出て来たつぶやき。そろそろ「矢面」引退させて下さい。

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GI2日目

Written by bonohu in misc on 火 27 10月 2009.

午前はEpigenomics & Gene regulationのセッション。午後からポスター発表。他のを見るために自分の説明は控えめで。やはりこちらはポスター発表もおもしろい。そもそも発表者と議論ができる。そういうレベルにならんといかんよな。

しかしネットがぶちぶち切れてその都度再接続しないといけないのは雪豹だから?

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LGAtoCSH

Written by bonohu in misc on 火 27 10月 2009.

LGAからは電車サービスがない。バス乗り換えで迷いたくなかったので、マンハッタン経由でLIRRに、と思ったのに空港からの高速バスの降りるところを間違ったようで、しっかり迷った…。これからは打ち出しの地図も用意しておかないとネットが使えない所でこういうことになるという教訓。なんとかこれまでの勘でそちらと思う方向に移動していって駅近くになると街のマップが歩道に設置されるようになったのをたよりにPenn駅へ。あとはいつもどおり。

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GI1日目

Written by bonohu in misc on 月 26 10月 2009.

abstract bookの厚さから参加者のみならずポスター発表者の数が多いことがうかがいしれるレベル。そのなかでなんと幸運なことにこれまで泊まったことなかった食堂の真上の区画に泊まることに。ここはそれほど広くないが、勉強机とベッドを備えた一人部屋。シャワーとトイレはこの区画みんなで共有の模様。かなり快適。そういえば、abstract bookの地図もこれまでの単色からカラー版に変わっていた。

会議初日はアッセンブリの話。Transcriptome assembyの話もあったが、もちろんリファレンスゲノムがある場合にはマッピングした方がいいに決まっている。UniGeneとmegaBLASTはとおくになりにけり、といったところか。

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OICR

Written by bonohu in misc on 月 26 10月 2009.

Ontario Institute for Cancer Research。今日お世話になったBiomartのArek Kasprzykだけでなく、BINDをやっていたB. F. Francis Ouellette、HapMapとかReactomeとかWormbaseとかCGI.pmとかいろんなことでこの世界で超有名なLincoln Steinが「常勤で」居る研究所と知り、驚く。ここはこれからはもっとtranlational medicineを目指すBioinformaticsな研究者が集まり、さらに大きくなっていくであろうことを予感した。

トロント大学の古い病院の建物を残す形で建てられたMaRS Buildingと呼ばれる建物は8階建てで上の階の方に3,4フロアーにOICRが入っていて(Biomartなチームは6階に)、その一階にはインスリンの発見でノーベル賞を取った研究者の机が展示されていたり。そのときまで忘れていたが、そういえばインスリンの発見は、カナダ人でした。

うまく再利用されていくものを維持しつづけていく重要性と必要性を再確認した一日だった。使っている技術の一つ一つは普段から自分たちが使っているそれとほとんど違いないものなのだが、帰国してすぐに私と会ってデスクに居る合間にBiomartなソースツリーを自らチェックしている姿を見てそれを仕切るdirectorの凄さを垣間みた。将来、私もそういうdirectorになりたい。そして、うまいこと彼にはめられて(笑)、共同研究が今日スタートしたような感じ。これからどうなっていくのやら…。このトロントの街にはまた来そうな気がした。

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長い一日

Written by bonohu in misc on 土 24 10月 2009.

再び。ACなので機内エンターテイメントが日本人に最適化されておらずむしろ助かる(だが、まだ見ていなかった「おくりびと」はしっかり見たが)。しかもAC110VやUSB電源があって大助かり。それもあってこれを書いていたりする(アップされるのは後だろうけど)。これまで読むべきと思っていて読めていなかった論文を読んだり、科研費の書類を書き直したり。となりのねーちゃんもかわいかったり。ネットがないとこうもいいことばっかりかと思うとこれからネット切るようにしようかなーとか。

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Written by bonohu in misc on 金 23 10月 2009.

私にどうしろというのか。それを減らしたところでそっちに行くかというとそうでもないのではないだろうか?ま、私はそちらに向かっていますが、個性と自主性に委ねるのではなくもっとdirectorがdirectionすべきではないでしょうか。

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「ゲノム解析学」講義

Written by bonohu in misc on 木 15 10月 2009.

代打で、統合データベースプロジェクトについて90分話す。そのとき用いたスライドはこちら。ローカル統合TVの用意をわざわざしていったのに本番で装備しわすれて使えなかったのが大変心名残り。インターネット接続もemobileで回線が細くて遅く、各サービスのレスポンスが悪い印象を与えてしまったのはちょっと残念。

@yag_aysさんによるこの講義のログ。ありがとう、そしてお疲れさまでした!

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統合TVの統合TV 2009年版

Written by bonohu in misc on 木 15 10月 2009.

217ということで、前の時点の倍以上に。そのシステムの適当さを指摘されることもあるものの、コンテンツがないことにはすべてが始まらないのでそちらintensiveに進めて来た結果、現在の姿になったとそういう認識。始めて27ヶ月と半月、大分型が出来てきたと思う。

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口撃再開

Written by bonohu in misc on 火 13 10月 2009.

満を持して、DNA配列との格闘再開。喉が渇くのは気のせいではなかろう。オリジナルなSayaMatcherを久しぶりに動かし、某解析パイプラインを後進に伝授する。

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秋の日は釣瓶落とし

Written by bonohu in misc on 月 12 10月 2009.

週末のプレゼン資料に結局時間がかかってしまう。一年前のそれが使えないぐらいアップデートが多かったということで嬉しい悲鳴なのだが。それの中でも統合TVは去年書いていた数字の倍になっていたのが圧巻だろう。果たして時間内に収まるかどうか。

それ以外も出張事務処理の続き、マシンの置き換えとかやっていたら、あっというまに外が暗くなっていた。

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どうしてDBCLSで「教育」をするのか?

Written by bonohu in misc on 日 11 10月 2009.

よくDBCLSはDB統合のための拠点なのだからDBの構築維持管理だけしていればいいのにといぶかしがられるが、上に対する答えはきわめて簡単。使いたい人もこれから使うべき人も、生命科学分野のDBに関して多くの場合、教育されていないから。そして使って来た人も…。結構昔からバイオなデータのDB化ってなされてきたのに、自分の出したデータしか信じないという信仰の深いこの分野では他人の出したデータを集めたDBなぞを自分の研究に活かすということは軽視されてきた。実はnrを対象にBLAST検索をする時などに他人のシーケンスした塩基配列データを使っているのに、だ。

そういう現実を鑑みて、DBCLSでの私の仕事は「教育人材育成」と研究者向けの「広報」活動だと思ってこの二年ちょいやってきた。統合TVはその最たるものだし、統合データベース講習会AJACSシリーズはオフラインに全国展開したもので、確実に浸透していっていると考えている。またDBCLS HQにおいてg86たちをRAとして出入りしてもらっているのもこの「教育人材育成」の範疇なわけで、数百万から数千万単位で現在は行なわれている研究開発項目の代替手段とは考えていない。野球に例えれば、「育成枠」なわけだ。彼らのなかから「支配下登録」される「選手」が一人でも出ることを願ってやっているわけである。

「百俵の米も、食えばたちまちなくなるが、教育にあてれば明日の一万、百万俵となる」

今日の一枚は統合データベースプロジェクトの成果で、クリエイティブコモンズ・ライセンス 表示 2.1 日本 の下でライセンスされており、自由に使うことの出来る生物アイコンから。

生物アイコン, Copyright(c …

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帰路

Written by bonohu in misc on 土 10 10月 2009.

不思議な縁で学会で一緒だった人とずっと同じ。SFO行きが一時間ほど遅れたが、元々乗り換えに余裕があったためセーフ。SFOからNRTへは約11時間のフライトだったが、飯食って新劇場版エヴァンゲリオン序を見ていたら寝てた。いつものワイン接種と前の日あまり寝れなかったのが効いた模様。そして起きたら二回目の食事の時間で、といういつものパターン。もう一度じっくり序を見終わった頃に着陸態勢に。西に飛ぶのでずっと日が沈まないフライトだったが、日付変更線をまたいだので日が変わって、また元の時間帯に戻ってきた。

NRTからは、ちょうどいつも使う快速がいってしまったところだったのと、N'EXの車両がE259系にこの10月頭から切り替わって新しいもの好きの好奇心とで久しぶりにN'EXに乗ってみた。なんとここでもその人と一緒だったというのは本当の話。乗ってみた感想はすべての座席に一つづつ電源があるし、一部プロバイダと契約しているとWiFiでインターネットも使えるしよさげ。ただ、高い。横浜からだと、N'EXだと一時間半弱で+2290円(特急料金)。快速エアポート成田だと二時間ちょいでグリーンでも+950円(平日料金:土日祝日は750円)。わずか30分ちょいのためにというほどでもない気がするが、一時間に一本しかない快速エアポート成田の谷間の時間帯だったら今後もありかもしれない。

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'The Next-Gen: not only for sequencer but also for human resource'

Written by bonohu in misc on 金 09 10月 2009.

MGED12 で思ったこと。一介のメリーランド大学の大学院生が次世代シーケンサーからの配列データの定量用のプログラムとそのパイプラインを作成し、そのチュートリアルだけでなく講演まで自分でやってのける…10年前にもあった話だが(自分はチュートリアルこそしなかったけれども、10年前にこのPhoenixに来て大学院生ながら口頭発表をしたからそれに近かったといえよう)、逆の立場になるとついその彼と同じ世代のg86たちに発破をかけたくなる。ただ、おそらく彼は自分ですべてそのテーマを嗅ぎ付けて来たわけではなく周りに良い環境があったに違いない。そういういい環境をg86たちには今後作ってやりたいと思った。

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MGED12 最終日

Written by bonohu in misc on 木 08 10月 2009.

我らがR研のKさんが口頭発表。引き続きFANTOMアクティビティとして頑張ってくれているのを見るのは大変喜ばしく。今後どういう展開を考えているのだろう?そこで自分に対して思ったのは、以前の自分を引きずっていてはいけない。自分の役割をはっきり認識して、その部分で活躍できるようにしないと。

思っていた昔のMGEDとはかなり違っていたが、DBCLSの発現統合プロジェクトと最近始めた某プロジェクトを進める上で有用な情報をいろいろと入手できた大変有意義な学会だった。結果として来る前に掲げていた目標は変更する必要がないことを確認できた。むしろ論文にする縛りがない分、早めにどんどん公開していった方がいいような印象すら持った次第。Go for it!

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MGED12 3日目

Written by bonohu in misc on 火 06 10月 2009.

自分のポスター発表。なんとか凌ぐ。新しく始めたDBCLSの発現統合プロジェクト(togoexp)と、DRA(DDBJ Read Archive)との協力体制について早い時期に発表できたことは、いいスタートをきれたと思ってよかろう。これからさらに頑張っていかないと。

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