trim_galoreでトリミングとQC

Written by bonohu in misc on 火 23 8月 2016.

トリミングしたうえでfastqcをかけてくれるソフトがこのtrim_galore。CutadaptとFastQCがすでにインストールされていることが必須(以下の使い方だと)。 singleの場合

[shell] trim_galore --fastqc --trim1 hoge.fq [/shell]

ペアエンドの場合

[shell] trim_galore --fastqc --trim1 --paired hoge_1.fq hoge_2.fq [/shell]

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1 week past rsyncing ArrayExpress data

Written by bonohu in misc on 金 19 8月 2016.

ArrayExpressのdataをrsync開始してから1週間。atlasディレクトリは終わったものの、残りの2つ、arrayとexperimentは終わらない。データ転送量的には、合計0.4Tbyteほどで、約44Tbyteと書かれている全体のデータからすると1/100ほど。ただ、全部ミラーしたらこの容量になるのかどうかも今のとこ …

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inodeの枯渇

Written by bonohu in misc on 土 13 8月 2016.

ストレージの容量は多くの場合ファイルサイズで問題になることが多いが、たくさんファイルを作るようなプログ …

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TIBCO Spotfire アカデミックフリー化

Written by bonohu in misc on 火 09 8月 2016.

先日の沼津でのワークショップで伺った、嬉しいニュース。

アカデミアの方々などに無料でご利用頂けるようになりました。 TIBCO started free of charge Spotfire License. http://spotfire.tibco.com/better-world-donation-program/

本当かと思 …

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SPARQLthon46 day2

Written by bonohu in misc on 火 26 7月 2016.

昨日の続き。直で職場のサーバーにsshできないのはやはり不便だ。 やはり、1日経ってもファイルリストの取得、終わっていない…。定期的にrsyncするように早くしたい。が、昼前に終わったので、実体の取得を開始 …

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SPARQLthon46 day1

Written by bonohu in misc on 月 25 7月 2016.

今回はいつもと違い、DBCLSではなく新潟大学での開催ということで、RDFやSPARQLの入門的な講習会がほぼ1日開催された。こういうスタイルは新しいが、こういう形の地方行脚重要。 こちらはいつものハッカソンで …

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SPARQLthon@新潟大学

Written by bonohu in misc on 日 24 7月 2016.

明日、明後日(2016/7/25-26)に、新潟大学にてSPAQRLthon開催(SPARQLthon46)。いつもの柏とは別の地域で開催することは、RDFの普及という意味で重要だと思う今日このごろ。そういった研究活動をしてい …

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非モデル生物から新規モデル生物へ

Written by bonohu in misc on 土 23 7月 2016.

前職では、基礎と臨床を医学の研究をやろうということで、ノーベル賞を取った線虫(C.elegans)を使ったprogramed cell deathの研究が当時もてはやされていたこともあってそちら方面の可能性を探っていた(ちなみに、「き …

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アクセッション番号のバージョン

Written by bonohu in misc on 金 22 7月 2016.

データベース(DB)、とくに塩基配列DBは公共DBに登録しないと論文が受理されないこともあって、DBのアクセッション番号(ID)に関する認知度は高いようである。しかしながら、アクセッション番号のバー …

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'Shizuoka.py #5'

Written by bonohu in misc on 日 10 7月 2016.

- Docker

静岡県富士市吉原で開催されたShizuoka.py #5に参加してきた。第3回目から参加しているものの、自分でscratchからPythonのコードを書くことは少なく、そのリソースを利用させてもらって何かを …

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SayaMatcherはどうなったのか?

Written by bonohu in misc on 金 01 7月 2016.

かつて埼玉県狭山地方に勤務していた時にSayaMatcherという計算する仕組みを作って、転写因子結合配列などをゲノム配列から探しだし、それらをBED形式やらで出力し、ゲノム …

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2016年前半戦終了

Written by bonohu in misc on 木 30 6月 2016.

今年も早いもので前半戦終了。出張はかなり多かったようで、外泊数がなんと合計43泊。一月に約7泊ということで、勤務日の約1/3は外勤だったという計算。どこ …

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2016 BioHackathon 4日目

Written by bonohu in misc on 木 16 6月 2016.

一昨日に仕込んだArrayExpress(AE)のファイルリストの取得が終わったので、AOE1の更新を続き。もうちょっとファイルリストが高速に得られれ …

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2016 BioHackathon 3日目

Written by bonohu in misc on 木 16 6月 2016.

中間発表を1時間で。午後はExcursionということで、目の前の温海岳(標高736m)にbug取りがてら山登り。意外に険しい山道だったが、珍しい蝶が採れたらしい。

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2016 BioHackathon 2日目

Written by bonohu in misc on 火 14 6月 2016.

温泉インフォマティクス研究会足湯支部に入部するも、蚊と雨の襲撃により敢え無く延期。今月のAOE1の更新も進めつつ、昨日入電した裏 …

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2016 BioHackathon 1日目

Written by bonohu in misc on 月 13 6月 2016.

本日6/13から6/17までBioHackathon。今回も引き続きAOE2.0に向けてhackします。メタボにならないように、今回はランチはホテルでとらない作戦で。夜にガッツリ方 …

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Homebrewと暮らす

Written by bonohu in misc on 月 06 6月 2016.

Homebrew便利だが、しばらく経つとソフトウェアがアップデートされていってローカルに持っているインデックス情報が古くなり …

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Trinity on MacOSX

Written by bonohu in misc on 月 09 5月 2016.

de novo transcriptome assemblyをするソフトウェアの定番のTrinityがhomebrewで入って動くようになりました(v2.2.0)。これまでhomebrewには入っていたものの、私の環境ではきちんのインストールできないでいました。必要なときはその都度DDBJのスパコンにお世話になっておりました。 それ …

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圧縮したファイルで処理する

Written by bonohu in misc on 日 17 4月 2016.

NGSデータ解析の出発点は、シーケンサーやSRA (Sequence Read Archive)から取得したFASTQ形式のファイルなのは同じだろうが、これを圧縮しない(ファイル拡張子が.fqや.fastqのことが多いが、ようするにテキスト形式のフ …

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行番号を付ける

Written by bonohu in misc on 月 11 4月 2016.

バイオの業界ではとくに、IDが重複していることがある。Rでの処理の場合、それでは入力が受け付けてもらえず実行できないことがよくある。そんな時には行番 …

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joinコマンドの出力をタブ区切りに

Written by bonohu in misc on 水 06 4月 2016.

joinというUNIXコマンドは、2つのファイルの同じ値のある行をjoinして、一行にまとめてくれるコマンド。

join -j 1 file1 file2

でタブ区切りテキストのfile1とfile2の一番左側のカラムの値が同じ行が結合されて出力される。

このコマンドのやってくれる事 …

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RNA-Seq実験ハンドブック

Written by bonohu in misc on 土 19 3月 2016.

RNA-Seq実験ハンドブックという本が出版されます。出版社のページによれば2016年03月23日発行予定とのこと(2016年3月発行予定に変わっていました)。「RNA-Seqはこうして誕生したーそしてデータ再利用へ」と題したコラムを書かせてもらいました。短いですが、遺伝子発現解析の歴史的な …

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BH15.15 3日目

Written by bonohu in misc on 水 16 3月 2016.

ArrayExpressのメタデータにBioProjectがなかったので、GEO由来のエントリだけでもBioProjectIDが付けられないか模索中…。すべてのデータをスクレイピングする以外に解決法はないのか?いろいろ調べた結果、結局bioprojectのXML(bioproject.xml)から生成する …

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BH15.15 2日目

Written by bonohu in misc on 火 15 3月 2016.

2日目は抽出したメタデータの抜けをチェックして出来る限り取りこぼさないようparserを改良。1つのメタデータに複数のデータ単位が含まれていることをランチ前に発見して、ランチタイム遅延。対処する目処をつけてからカレー、その後本格実装。タグの多様性がみとめられたので、IDの正規表現で最悪補完できるようにした。その …

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BH15.15 1日目

Written by bonohu in misc on 月 14 3月 2016.

今日2016年3月14日から、国内版Biohackathon(BH15.15)。2015年15月ということで、2016年3月の開催となったが、このパターンでの開催もついに今回で最後(というかルール破綻)になるとのこと。「SRA/BioProject/BioSample etc …

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あれから5年

Written by bonohu in misc on 金 11 3月 2016.

これからどうなるのか。そう思ったあの日から5年経ち、活動本拠地は静岡県三島市の国立遺伝学研究所に移動したものの …

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標準出力と標準エラー出力をまとめる

Written by bonohu in misc on 金 04 3月 2016.

UNIXのコマンドラインには標準出力と標準エラー出力があります。プログラムの出力結果は通常標準出力で、

[shell] sh run.sh > log.txt [/shell]

とすることでlog.txtにその出力結果が記録されます。このようにしてもまだ画面に何か表 …

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