drbonobon 1year and 1month
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 日 28 10月 2018.
Bono本出版1年と1ヶ月
明日(2018/10/29)で出版から1年と1ヶ月。 去年の今頃の時点では、まだ2刷を、という話はなかったようだが。 1年経ってみると3刷まで出ているなど、先月末に判明した2018年5月までで1刷りの分を上回る冊数が売れた模様。
ただ …
SPARC Japan seminar 2018 2nd done
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 26 10月 2018.
第2回SPARC Japan セミナー2018「オープンサイエンス時代のクオリティコントロールを見通す」で講演
結果として、今年もオープン …
Mishima-bar 10th
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 13 10月 2018.
第10回三島バル
個人的には5回目の参戦の三島バル。 今年行った店は結果として、以下の通り。
No hope without data sharing
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 12 10月 2018.
同業種交流会
ひょんなことからローカルな飲み会。 どのようなデータセットを選択すべきか、閾値をどう指定したら …
SPARC Japan seminar 2018 2nd
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 10 10月 2018.
第2回SPARC Japan セミナー2018「オープンサイエンス時代のクオリティコントロールを見通す」
今年度はセミナー企画ワーキング …
recollection of togofarm
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 07 10月 2018.
統合牧場の追憶
休みの日だったが、職場近くで行われていた若手の会が終わって、3人の若手がDBCLS見学に。 かつて、DBCLSが東大本郷に間借りしていた時はよくこうやって人がやってきたな、と思 …
What they call GO analysis
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 06 10月 2018.
GO解析という言い方
最近よく「GO解析（ジーオーカイセキ）」という言い方を聞く。 よく話を聞いてみると、発現差などのあった遺伝子群をエンリ …
Symposium105 2018
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 05 10月 2018.
トーゴーの日シンポジウム2018
今年も。作る側の報告会的な色合いが強い会だったが、大分使う側に向けた口頭発表が …
drbonobon eratta by author
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 木 04 10月 2018.
著者版の正誤表
Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)上梓から丸1年すぎた。 いただいた誤字脱字等の情報を、例によってGoogle Documentで書き記して来た。 隠す理由もなく、むしろ積極的 …
Trami
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 02 10月 2018.
ぼうのブログ復電
ぼうのブログをホストしているマシンが41時間ぶりに通電して復活。 台風による停電はおそらく初めて。 これまでは瞬電が …
September2018
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 30 9月 2018.
2018年9月を振り返って
9月は出張が多かった。 まず月初めから8月末からの熊本出張があり、その翌週には蓼科での若手支援技術講習会、広島でのゲノム編集特化型講習会、獣医学会のシ …
77th annual meeting of the Japanese Cancer Association
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 土 29 9月 2018.
第77回日本癌学会学術総会
2018年9月27-29日の日程で、今年も日本癌学会学術総会に参加してきた。今年は、大阪国際会議場（グランキューブ）＋リーガロイヤルホテル大 …
GENOMES 4 in Japanese published
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 21 9月 2018.
ゲノム第4版出版
翻訳を分担した最新の生命科学教科書、ゲノム第4版を3連休前の金曜日、2018年9月21日に拝受した。 500ページを超える分量の割には薄くて軽かった。帯にもあるようにスリム化した賜物であろ …
ROIS Tachikawa
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 18 9月 2018.
ROIS立川
研修で初めてROIS立川へ。 国立極地研究所と統計数理研究所が都内から移転してきて、現在ここに。
多摩都市モノレールも初 …
What is BioRxiv
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 15 9月 2018.
BioRxivとは何か
BioRxivにアップした論文をポスター発表していたら意外な質問が。
「このBioRxivって何ですか？」
そもそも読み方からして知られていない。「バ …
161st meeting of Japanese Society of Veterinary Science
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 水 12 9月 2018.
第161回日本獣医学会学術集会
2018年9月12日(水)、第161回日本獣医学会学術集会の生理学・生化学分科会シンポジウム「生理・生化学におけるバイオインフォーマティクスの潮流」に …
AJACS advanced specialized for genome editing 2
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 11 9月 2018.
ゲノム編集特化型DB講習会
2018年9月11日(火)に広島大学東広島キャンパスにて「ゲノム編集特化型DB講習会」が開催され、それの講師に。
参加者は …
Tateshina wakate 2018
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 09 9月 2018.
若手支援技術講習会2018
2018年9月6-8日、若手支援技術講習会2018に参加。 ずっとこの集まりとは縁がなかったのだが、昨年度ROIS-DS-JOINTというデータサイエンス共同利用基盤施設の活動で共同研究集会「若手カ …
Visit to Kumamoto August 2018
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 日 02 9月 2018.
熊本訪問2018年8月
熊本へ共同研究打ち合わせに。 それに便乗して、先方にお願いしてセミナーをやらせていただく。 「トーゴー …
drbonobon 3rd print
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 月 13 8月 2018.
Dr.Bonoの生命科学データ解析第3刷
早いもので来月(2018年9月)末で、Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)上梓から丸1年となる。 それを待たずして2018年8月に第3刷と相成った。 typoのほとんどは第2刷の時点で訂正されており、3刷においては2刷の後に見つかったtypoと以下の二点が追加されている。
- EnsemblとEnsemblGenomesは別物だという追記(p46)
- ArrayExpressがGEOデータの取り込みを止めた件に関する追記(p52)
Alignment-freeなRNAseqデータ解析に関しても追記した方がよかったかもしれないが、これは次回(or第2版)があれば検討し …
ROIS DS JOINT INSECT 2nd
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 10 8月 2018.
昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ解析2
ROIS-DS-JOINT共同研究集会として去年度より始めた「昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ …
GENOMES 4 in Japanese
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 09 8月 2018.
ゲノム第4版
冬休みに宿題として（一部）翻訳した本、ゲノム第4版がamazonに。
英語版の章立てはあるものの、日本語のそれはまだ …
July2018
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 31 7月 2018.
2018年7月を振り返って
出張が少なかった6月と打って変わって、7月は5月と同じ宿泊回数10日。 国内版バイオハッカソン＠徳島がその半分以上の6泊。結果として、AOE関係の仕事はとても進んだのでよかったのだが。
あと、統合データベース講 …
BH18.7
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 20 7月 2018.
国内版バイオハッカソンBH18.7
徳島県徳島市の眉山にあるかんぽの宿で開かれた国内版バイオハッカソンBH18.7に参 …
AJACS advanced 5th
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 金 13 7月 2018.
統合データベース講習会AJACSa5柏
毎年やっている中上級向け講習会AJACSadvanced(AJACSa)を今年も開催。今年は、DBCLS柏にて、2018年8月10日の午後に。詳細は案内のウェ …
Start Python Club 37th
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 11 7月 2018.
みんなのPython勉強会#37
前回に続いて、連続参加。おとなしく、聴衆に戻った。
第37回目の今回はPython教育がテーマということで、社内で導入した例や勉強するためのさまざ …
AJACS 70th done
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 火 10 7月 2018.
統合データベース講習会:AJACS筑波4を終えて
つくばの物質・材料研究機構で開催された統合データベース講習会:AJACS筑波4において、「ゲノム …
Navigating Metabolism
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 07 7月 2018.
代謝ナビゲーション
Nature Metabolismが2019年1月に発刊されるらしい。約20年前に日本生化学会の代謝マップを元にKEGGのデータを作成するお手伝いをしていた私にとってみると大変驚きの事実である。当時はシグナル伝達全盛で、なぜそんな時代遅れの代謝なんてやっているのかわ …
11 years passed
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 01 7月 2018.
DBCLS11年
この2018年7月で、2007年7月にDBCLSに移ってはや11年が過ぎた。 日本を代表する生命科学のデータベースセンターとしてやるべきだと思ったことを自分なりに自分の …
Shizuoka.ngs#1 done
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 30 6月 2018.
エンジニアのための生命科学データ解析の勉強会＠静岡に参加しての雑感
このブログの過去のエントリにも書いた …
Mishima.syk 12th
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 23 6月 2018.
Mishima.syk#12
8ヶ月ぶりに開催されたMishima.sykは今回12回目。5年ほど前から開催されているので、年2-3回のペースということに。
今回は発表者も多く、話題が多岐にわたり、いろんな方の発表を聞かせてもらった。名指 …
Like Nishino Japan Tonight
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 19 6月 2018.
憂しと見し世ぞ 今は恋しき
奇跡の復活を果たした友人と。いろいろ絶望していたが、話しているとポロポロと良い考 …
Suppression of mitochondrial oxygen metabolism mediated by the transcription factor HIF-1 alleviates propofol-induced cell toxicity
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 12 6月 2018.
共同研究論文がScientific Reportsに掲載
関西医科大学 広田 喜一 学長特命教授を中心とした研究グループによる共同研究論文 “Suppression of mitochondrial oxygen …
AJACS 70th
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 月 11 6月 2018.
統合データベース講習会:AJACS筑波4
2018年7月10日(火)につくばの物質材料研究機構で開催される統合データベース講習会:AJACS筑波4の詳細が公 …
Start Python Club 36th
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 04 6月 2018.
みんなのPython勉強会#36
2年前に初めて参加して以来、数ヶ月に一度ぐらいの割合で予定が合えば参加してきた、みんなのPython勉強会だが、ついに2018年6月の第36回で発表させていただ …
The self taught programmer
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 02 6月 2018.
独学プログラマー Python言語の基本から仕事のやり方まで
YouTube Live越しにこっそりエア参加させていただいた2018年5月のみんなのPython勉強会で辻さんが紹介されていた独学プログラマー Python言語の基本から仕事のやり方まで。これまで必要に迫られてPythonで書かれたプログラムの吐くエラーからコードをちょこっと直したりはしてきたものの、Pythonプログラミングをガッツリ勉強したことは実はないので、一から学 …
MOVE book
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 01 6月 2018.
トップジャーナル395編の型で書く医学英語論文
research for the best cure™::blogで紹介されていたのを見て、5月の連休前に注文。しかし、結局、連休後に手にすることになったのだが。
May2018
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 31 5月 2018.
2018年5月を振り返って
4月とうって変わって、宿泊回数10日。そのうち、海外出張で6泊で、大型連休期間もあり、あまり職場に居ない月となってしまった。その海外出張 …
Shizuoka.ngs#1
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 04 5月 2018.
エンジニアのための生命科学データ解析の勉強会＠静岡
拙著『Dr.Bonoの生命科学データ解析』を題材に、生命科学データ解析の初学者や学び直し …
drbonobon is a textbook
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 火 01 5月 2018.
「Dr.Bonoの生命科学データ解析」は教科書
半年ほど前にも前のブログでも書いたが2017年9月に上梓した本、Dr.Bonoの生命科学データ解析（通称Bono本）に関して、教科書として執筆した ということが …
April2018
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 28 4月 2018.
2018年4月を振り返って
年度始めとあって出張が極めて少なく、宿泊回数も2日。その分、本務先で仕事を大幅に進めることができた。
とくに、AOE …
Seminar at NCC
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 23 4月 2018.
セミナー＠国立がん研究センター
今年度、初の外部出張で、国立がん研究センターにてセミナー。10年近く前に行ったことがあるから大丈夫、と思っていたが、入り …
ぼうのブログ resumed
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 08 4月 2018.
ぼうのブログ再開
ぼうのブログを復活させました。古いコンテンツのインポートを試みていますが、今のところWordPressのXMLからmarkdownへの変換がうまくいかないので、古 …
HUB
Written by Hidemasa Bono in about on 土 20 1月 2018.
HUB
とは、Hidemasa U Bono のinitialである。middle initial 'U'は、以下のテーブルにあるように、「ゆう」を前に付けることで名前の4文字はすべて熟語になることに由来している（昔の友人から指摘されて …
自宅鯖絶不調
Written by bonohu in misc on 金 05 1月 2018.
自宅鯖にしているMac miniの調子がここのところ悪い。今朝はおそらく早朝に勝手に再起動していたし、さっきはちょっと出かけている間に固まっ …
冬休みの宿題その1
Written by bonohu in misc on 木 04 1月 2018.
ある本の分担翻訳をひとまずやり遂げてしまった。打ち込んだ文字数の合計、約5万字ほど。冬休みの宿題として持ってきたが …
Bonoがbyobuで上手にbashのスクリプトを書いた
Written by bonohu in misc on 水 03 1月 2018.
かつて紹介したbyobuであるが重宝している。とくに遠隔からたまにネットワークが切れたりすることが前提の環境に …
Trinity前処理
Written by bonohu in misc on 火 02 1月 2018.
遠隔作業が可能なので、時間のかかる処理を仕込みつつ。
fastq-dumpでヘッダを変えたFASTQでは、Trim Galore!(cutadapt)によるトリミングが失敗する …
2018年の計
Written by bonohu in misc on 月 01 1月 2018.
年頭恒例にしているその年の計。「2018年、かくありたい」
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引き続き、ずっと取り組んでいるメインの仕事、公共DBの全レコードを対象としたデータ解析研究に力を注ぎ、懸案の仕事を …
2017年を振り返って
Written by bonohu in drbonobon on 日 31 12月 2017.
2017年を振り返って。今年は収穫の年であった。
ここのところの懸案だったDBCLSでのメインの仕事の論文が2本出版された。quanto論文とRefEx論文である。それぞれGigaScience、Scientific Dataというデータジャーナルと呼ばれる雑誌形態の論文誌。我々の活動を報告する場として今後もお世話になりそう。
このぼうのブログで書 …