ROIS DS JOINT INSECT 2nd
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 10 8月 2018.
昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ解析2
ROIS-DS-JOINT共同研究集会として去年度より始めた「昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ …
ROIS-DS-JOINT共同研究集会として去年度より始めた「昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ …
冬休みに宿題として(一部)翻訳した本、ゲノム第4版がamazonに。
英語版の章立てはあるものの、日本語のそれはまだ …
出張が少なかった6月と打って変わって、7月は5月と同じ宿泊回数10日。 国内版バイオハッカソン@徳島がその半分以上の6泊。結果として、AOE関係の仕事はとても進んだのでよかったのだが。
あと、統合データベース講 …
徳島県徳島市の眉山にあるかんぽの宿で開かれた国内版バイオハッカソンBH18.7に参 …
毎年やっている中上級向け講習会AJACSadvanced(AJACSa)を今年も開催。今年は、DBCLS柏にて、2018年8月10日の午後に。詳細は案内のウェ …
前回に続いて、連続参加。おとなしく、聴衆に戻った。
第37回目の今回はPython教育がテーマということで、社内で導入した例や勉強するためのさまざ …
つくばの物質・材料研究機構で開催された統合データベース講習会:AJACS筑波4において、「ゲノム …
Nature Metabolismが2019年1月に発刊されるらしい。約20年前に日本生化学会の代謝マップを元にKEGGのデータを作成するお手伝いをしていた私にとってみると大変驚きの事実である。当時はシグナル伝達全盛で、なぜそんな時代遅れの代謝なんてやっているのかわ …
この2018年7月で、2007年7月にDBCLSに移ってはや11年が過ぎた。 日本を代表する生命科学のデータベースセンターとしてやるべきだと思ったことを自分なりに自分の …
このブログの過去のエントリにも書いた …
8ヶ月ぶりに開催されたMishima.sykは今回12回目。5年ほど前から開催されているので、年2-3回のペースということに。
今回は発表者も多く、話題が多岐にわたり、いろんな方の発表を聞かせてもらった。名指 …
奇跡の復活を果たした友人と。いろいろ絶望していたが、話しているとポロポロと良い考 …
関西医科大学 広田 喜一 学長特命教授を中心とした研究グループによる共同研究論文 “Suppression of mitochondrial oxygen …
2018年7月10日(火)につくばの物質材料研究機構で開催される統合データベース講習会:AJACS筑波4の詳細が公 …
2年前に初めて参加して以来、数ヶ月に一度ぐらいの割合で予定が合えば参加してきた、みんなのPython勉強会だが、ついに2018年6月の第36回で発表させていただ …
YouTube Live越しにこっそりエア参加させていただいた2018年5月のみんなのPython勉強会で辻さんが紹介されていた独学プログラマー Python言語の基本から仕事のやり方まで。これまで必要に迫られてPythonで書かれたプログラムの吐くエラーからコードをちょこっと直したりはしてきたものの、Pythonプログラミングをガッツリ勉強したことは実はないので、一から学 …
research for the best cure™::blogで紹介されていたのを見て、5月の連休前に注文。しかし、結局、連休後に手にすることになったのだが。
4月とうって変わって、宿泊回数10日。そのうち、海外出張で6泊で、大型連休期間もあり、あまり職場に居ない月となってしまった。その海外出張 …
拙著『Dr.Bonoの生命科学データ解析』を題材に、生命科学データ解析の初学者や学び直し …
半年ほど前にも前のブログでも書いたが2017年9月に上梓した本、Dr.Bonoの生命科学データ解析(通称Bono本)に関して、教科書として執筆した ということが …
年度始めとあって出張が極めて少なく、宿泊回数も2日。その分、本務先で仕事を大幅に進めることができた。
とくに、AOE …
今年度、初の外部出張で、国立がん研究センターにてセミナー。10年近く前に行ったことがあるから大丈夫、と思っていたが、入り …
ぼうのブログを復活させました。古いコンテンツのインポートを試みていますが、今のところWordPressのXMLからmarkdownへの変換がうまくいかないので、古 …
とは、Hidemasa U Bono のinitialである。middle initial 'U'は、以下のテーブルにあるように、「ゆう」を前に付けることで名前の4文字はすべて熟語になることに由来している(昔の友人から指摘されて …
自宅鯖にしているMac miniの調子がここのところ悪い。今朝はおそらく早朝に勝手に再起動していたし、さっきはちょっと出かけている間に固まっ …
ある本の分担翻訳をひとまずやり遂げてしまった。打ち込んだ文字数の合計、約5万字ほど。冬休みの宿題として持ってきたが …
かつて紹介したbyobu
であるが重宝している。とくに遠隔からたまにネットワークが切れたりすることが前提の環境に …
遠隔作業が可能なので、時間のかかる処理を仕込みつつ。
fastq-dump
でヘッダを変えたFASTQでは、Trim Galore!(cutadapt
)によるトリミングが失敗する …
年頭恒例にしているその年の計。「2018年、かくありたい」
引き続き、ずっと取り組んでいるメインの仕事、公共DBの全レコードを対象としたデータ解析研究に力を注ぎ、懸案の仕事を …
2017年を振り返って。今年は収穫の年であった。
ここのところの懸案だったDBCLSでのメインの仕事の論文が2本出版された。quanto論文とRefEx論文である。それぞれGigaScience、Scientific Dataというデータジャーナルと呼ばれる雑誌形態の論文誌。我々の活動を報告する場として今後もお世話になりそう。
このぼうのブログで書 …
温泉インフォマティクス研究会を単独開催して、2017年の反省会。場所はいつものところに。頭の整理をするために、この温泉に度々来た2017年であった …
三島に勤務しだした2014年から数えている「仕事で外泊」した日数。本日(12月28日)で仕事納め、というわけで、2017年の日数確定。 去年と同数の77泊。2014年50泊、2015年65泊、と年々増加してきたので、今年は抑 …
前のエントリを書いたら、pfastq-dumpを作っている@iNutさんからまた別のFASTQファイルを生成するdockerコンテナを教えてもらった。
docker run --rm -v "$(pwd)":/data -w /data
inutano/sra-toolkit fastq-dump --split-files SRR1864696.sra
こちらの …
SRAデータの再利用で困っているのでよく聞くのが、FASTQファイルが得られないという声。FASTQファイルでの配布は新規にはされていないので、SRA(.sra)形式でのファイルを取ってきてfastq-dumpコマンドを実行する必要があるわけであるが、このコマンドのインストールが上手く行かなかったりする模様。
そ …
Trinityが動かない問題再燃。使っているバージョンは2.4.0。
以前に言及したFASTQヘッダの問題かと思ってfastq-dumpをいじってみた。
fastq-dump --defline-seq '@$sn[_$rn]/$ri' --split-files hoge.sra
が、そうして生成されたFASTQファイルは逆に、trimming …
RefExの論文を2017年8月末に出したが、その英語版プレスリリースを11月頭に出してもらった。
すると、英語版のそういったニュースにも取り上げてもらい、その種の …
しばらくブログをホストしているサーバーが落ちている間に、Bono本の第2刷が出回り始めていたり。
それにしても9月末の第76回日本癌学会学術総会での発売開始(=出版)から三ヶ月も経たないうちに …
今日のワンライナー。普通なら
cut -f1,3 hoge.txt
で済ますところだが、さらなる処理、IDのバージョン情報を取る(s/.d+//)とか必要な場合にPerlで処理したい場合、こんな風に …
ナショナルバイオリソースプロジェクト(National BioResource Project; NBRP)のシンポジウムに参加。今年度(2017年)から第4期が開始ということであったが、それは5年を1期とするプロジェクトが3回行われ、今年度から4期目が始まったという意味で …
@oec014さんの呼びかけで、静岡駅近くでBono本読書会が2017年12月16日(土)に開かれた。どういった人が、どれぐらい集まるか、心配な感じだったが、案ずるより産むが易 …
BH17.11の続き。NCBI GEOのメタデータをDBCLS SRAのAPIから取得してこれるよう、AOEのコードを追加。そしてそれらをGitHubにアップすべくまとめたり、ドキュメントを充実させたり。短いコードであってもそれらを書き散らすのは楽し …
普段日程が合えば参加しているみんなのPython勉強会(Start Python Club)が、Pythonオープンサイエンスシンポジウムをつくばで開催。これまたちょうど都合がよかったので参加。
いろんな研究分 …
最終日は、RefExとAOEの口頭発表。今回は@h_ono氏が発表をやってくれた。2年前に同じく神戸で(その時は自分が)口頭発表したときに比べて、disり質問もなく。(今は)公共データを再利用しよう、という流れを …
この日には夜に癌研究者の集まりに。毎度研究コミュニティーのsmall world感を感じながらも、初めて会った人にも統合TVすごく使っていた …
2日目はブース対応をメインのはずだったが、Bono本サイン会があったりして迷惑かけてしまった…。そちらのイベント自体は大成功だったのだが。
ConBio2017は初日の午前にいきなり主宰ワークショップ「いかにして『使える』データベースを維持し続けるか?」から開幕。以下のような豪華な演者陣でバイオなデータベース …
次の日朝イチで主宰ワークショップだったので、午前にミーティングに出てから午後に移動で、前日入り。それに乗じ …
2017年の国内版バイオハッカソンは熊本にて、11月26日〜12月1日まで。 AOEのコード群をDBCLS傘下のGitHubに移し、書き散らしていたコードをまとめたり、発現定量値を使ったソレを議論したり。その裏で、共同研究 …
今回で2回目のアノテーソン。ゲノム配列解読系の人が多かったような。自分の考えていた「アノテーション」とは違う世界に戸惑うものの …
遅ればせながら、kallistoを試す。日本語でブログに書いている人もいる模様だが、最新の情報は英語の本家のドキュメント …