Navigating Metabolism

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 07 7月 2018.

代謝ナビゲーション

Nature Metabolismが2019年1月に発刊されるらしい。約20年前に日本生化学会の代謝マップを元にKEGGのデータを作成するお手伝いをしていた私にとってみると大変驚きの事実である。当時はシグナル伝達全盛で、なぜそんな時代遅れの代謝なんてやっているのかわ …

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11 years passed

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 01 7月 2018.

DBCLS11年

この2018年7月で、2007年7月にDBCLSに移ってはや11年が過ぎた。 日本を代表する生命科学のデータベースセンターとしてやるべきだと思ったことを自分なりに自分の …

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Mishima.syk 12th

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 23 6月 2018.

Mishima.syk#12

8ヶ月ぶりに開催されたMishima.sykは今回12回目。5年ほど前から開催されているので、年2-3回のペースということに。

今回は発表者も多く、話題が多岐にわたり、いろんな方の発表を聞かせてもらった。名指 …

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The self taught programmer

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 02 6月 2018.

独学プログラマー Python言語の基本から仕事のやり方まで

YouTube Live越しにこっそりエア参加させていただいた2018年5月のみんなのPython勉強会で辻さんが紹介されていた独学プログラマー Python言語の基本から仕事のやり方まで。これまで必要に迫られてPythonで書かれたプログラムの吐くエラーからコードをちょこっと直したりはしてきたものの、Pythonプログラミングをガッツリ勉強したことは実はないので、一から学 …

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May2018

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 31 5月 2018.

2018年5月を振り返って

4月とうって変わって、宿泊回数10日。そのうち、海外出張で6泊で、大型連休期間もあり、あまり職場に居ない月となってしまった。その海外出張 …

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April2018

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 28 4月 2018.

2018年4月を振り返って

年度始めとあって出張が極めて少なく、宿泊回数も2日。その分、本務先で仕事を大幅に進めることができた。

とくに、AOE …

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ぼうのブログ resumed

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 08 4月 2018.

ぼうのブログ再開

ぼうのブログを復活させました。古いコンテンツのインポートを試みていますが、今のところWordPressのXMLからmarkdownへの変換がうまくいかないので、古 …

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HUB

Written by Hidemasa Bono in about on 土 20 1月 2018.

HUB

とは、Hidemasa U Bono のinitialである。middle initial 'U'は、以下のテーブルにあるように、「ゆう」を前に付けることで名前の4文字はすべて熟語になることに由来している(昔の友人から指摘されて …

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自宅鯖絶不調

Written by bonohu in misc on 金 05 1月 2018.

自宅鯖にしているMac miniの調子がここのところ悪い。今朝はおそらく早朝に勝手に再起動していたし、さっきはちょっと出かけている間に固まっ …

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Trinity前処理

Written by bonohu in misc on 火 02 1月 2018.

遠隔作業が可能なので、時間のかかる処理を仕込みつつ。

fastq-dumpでヘッダを変えたFASTQでは、Trim Galore!(cutadapt)によるトリミングが失敗する …

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2018年の計

Written by bonohu in misc on 月 01 1月 2018.

年頭恒例にしているその年の計。「2018年、かくありたい」

  1. 引き続き、ずっと取り組んでいるメインの仕事、公共DBの全レコードを対象としたデータ解析研究に力を注ぎ、懸案の仕事を …

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2017年を振り返って

Written by bonohu in drbonobon on 日 31 12月 2017.

2017年を振り返って。今年は収穫の年であった。

ここのところの懸案だったDBCLSでのメインの仕事の論文が2本出版された。quanto論文RefEx論文である。それぞれGigaScience、Scientific Dataというデータジャーナルと呼ばれる雑誌形態の論文誌。我々の活動を報告する場として今後もお世話になりそう。

このぼうのブログで書 …

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2017年出張外泊数

Written by bonohu in misc on 水 27 12月 2017.

三島に勤務しだした2014年から数えている「仕事で外泊」した日数。本日(12月28日)で仕事納め、というわけで、2017年の日数確定。 去年と同数の77泊。2014年50泊、2015年65泊、と年々増加してきたので、今年は抑 …

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dockerでfastq-dump

Written by bonohu in misc on 火 26 12月 2017.

- Docker

SRAデータの再利用で困っているのでよく聞くのが、FASTQファイルが得られないという声。FASTQファイルでの配布は新規にはされていないので、SRA(.sra)形式でのファイルを取ってきてfastq-dumpコマンドを実行する必要があるわけであるが、このコマンドのインストールが上手く行かなかったりする模様。

そ …

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Bono本第2刷

Written by bonohu in drbonobon on 土 23 12月 2017.

しばらくブログをホストしているサーバーが落ちている間に、Bono本の第2刷が出回り始めていたり。

それにしても9月末の第76回日本癌学会学術総会での発売開始(=出版)から三ヶ月も経たないうちに …

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'今日のワンライナー: Perl -a'

Written by bonohu in misc on 金 22 12月 2017.

今日のワンライナー。普通なら

cut -f1,3 hoge.txt

で済ますところだが、さらなる処理、IDのバージョン情報を取る(s/.d+//)とか必要な場合にPerlで処理したい場合、こんな風に …

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NBRPシンポジウム2017

Written by bonohu in misc on 水 20 12月 2017.

ナショナルバイオリソースプロジェクト(National BioResource Project; NBRP)のシンポジウムに参加。今年度(2017年)から第4期が開始ということであったが、それは5年を1期とするプロジェクトが3回行われ、今年度から4期目が始まったという意味で …

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SPARQLthon63

Written by bonohu in misc on 木 14 12月 2017.

BH17.11の続き。NCBI GEOのメタデータをDBCLS SRAのAPIから取得してこれるよう、AOEのコードを追加。そしてそれらをGitHubにアップすべくまとめたり、ドキュメントを充実させたり。短いコードであってもそれらを書き散らすのは楽し …

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ConBio2017 4日目

Written by bonohu in misc on 土 09 12月 2017.

最終日は、RefExとAOEの口頭発表。今回は@h_ono氏が発表をやってくれた。2年前に同じく神戸で(その時は自分が)口頭発表したときに比べて、disり質問もなく。(今は)公共データを再利用しよう、という流れを …

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ConBio2017 3日目

Written by bonohu in misc on 金 08 12月 2017.

この日には夜に癌研究者の集まりに。毎度研究コミュニティーのsmall world感を感じながらも、初めて会った人にも統合TVすごく使っていた …

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ConBio2017 1日目

Written by bonohu in misc on 水 06 12月 2017.

ConBio2017は初日の午前にいきなり主宰ワークショップ「いかにして『使える』データベースを維持し続けるか?」から開幕。以下のような豪華な演者陣でバイオなデータベース …

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ConBio2017 0日目

Written by bonohu in misc on 火 05 12月 2017.

次の日朝イチで主宰ワークショップだったので、午前にミーティングに出てから午後に移動で、前日入り。それに乗じ …

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BH17.11

Written by bonohu in misc on 金 01 12月 2017.

2017年の国内版バイオハッカソンは熊本にて、11月26日〜12月1日まで。 AOEのコード群をDBCLS傘下のGitHubに移し、書き散らしていたコードをまとめたり、発現定量値を使ったソレを議論したり。その裏で、共同研究 …

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