Open Lectures 2022
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 17 3月 2022.
大学の公開講座2022
ゲノム編集イノベーション～最先端のバイオテクノロジー～ の3回シリーズの2回目で「みんなのバイオDX」と題して話する …
syllabus2022
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 11 3月 2022.
シラバス入力
今年もシラバスを記載する季節が。 卓越大学院の方からは依頼があってそれを知るが、去年同様特に連 …
BioDX outreach event 2022
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 10 3月 2022.
バイオDXのアウトリーチイベント2022
2022年の計で書いた
- アウトリーチ活動に注力し、より多く人に理解してもらう
がついに具現化する。
来年には学内に …
customizing ikra
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 09 3月 2022.
異なるファイル拡張子のFASTQでikra実行
ikraは、発現定量するFASTQファイルのファイル拡張子として、デフォルトではfastq（厳密にはfastq.gz）が想定されているようで、fq（厳密に …
COVID-19 Vaccine 3rd shot
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 04 3月 2022.
コロナウイルスワクチン注射3回目
去年（2021年）7月末日に2回目を打った時はまさか次があるとは思わなかったが、ほぼ7ヶ月後に再び職域接種で3回目。
ワクチン3回目だん。今 …
Feburary2022
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 28 2月 2022.
2022年2月を振り返って
今月もずっとマンボウ地域入りで、県外には出れず。 予定していた2つの研究会へオンサイト参加するための出張は潰れた。 もちろん2月はいろいろな発表会があり、仮にマンボウでなくても出張で外 …
Routinely uniq
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 27 2月 2022.
uniqコマンドのオプション
さまざまな事情でuniqコマンドにはお世話になっている。
多くはsortコマンドと共に、sort -uというsortしたのちにuniqする …
Prediction of sex-determination mechanisms in avian primordial germ cells using RNA-seq analysis
Written by Hidemasa Bono in papers on 土 26 2月 2022.
RNA-seq解析による鳥類始原生殖細胞の性決定機構の予測
JST共創の場形成支援プログラム(COI-NEXT)の「バイオDX」産学共創拠点で共に取り組んでいる同じ研究科の研究室からのプレプリントが、 日本時間の2022年2月26日、bioRxivにプレプリントとして公開された …
SAQE papert 1st anniversary
Written by Hidemasa Bono in papers on 金 25 2月 2022.
SAQE論文1周年
論文投稿してから24日という爆速で出版された論文から1年。 厳密には、論文タイトルとしては「昆虫における酸化ストレス刺激のメタ解析」であるが …
Python for Bioinformatics 2nd Eds seminar done
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 22 2月 2022.
Pythonによるバイオインフォマティクス 原著第2版 輪読終了
bonohulabでの教育プログラムにも書いてあるように、研究室セミナーとして関連分野の図書の輪読を行なっている。
2021年度は、前期 …
NIG-JOINT 21 for insects
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 21 2月 2022.
21年度遺伝研研究集会「昆虫におけるNGSおよびゲノムデータベース利用によるデータ解析」
国立遺伝学研究所研究集会(NIG-JOINT)「昆虫におけるNGSおよびゲノムデータベース利用によるデータ解析」は、2020年度に行うはずがコロナ禍で実施できず翌年度に延期。 さらに2021年度も、オンサイトでの開催を目指してずっ …
Registering to DB for non-model RNA-Seq
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 19 2月 2022.
非モデル生物RNA-Seqの際のDBへの登録
RNA-Seqデータの公共データベースへの登録手続きは、「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」にも載っているが、これはモデル生物が想定されて書かれている。
しかしながら、非モデル生物 …
CBI seminar 431st done
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 18 2月 2022.
第431回CBI学会講演会done
「バイオ、化学、製薬業界で進むデジタルトランスフォーメーション（DX）」というテーマの講演会にて、「バイオDXー知のめぐりのよい生命科学研究を目指して｣と題し …
COI-NEXT continued
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 15 2月 2022.
COI-NEXT本格型へ昇格！
2020年12月というと2年前のようだが、正確には1年2ヶ月前。 現在所属の機関がJST共創の場形成支援プログラム(COI-NEXT)に「育成型」として採択されたのは。 それから体制づくりとしてデザイン思考ワ …
Special Issue "Insect Genome and Transcriptome Data"
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 10 2月 2022.
InsectsでSpecial Issueやります
Insectsにて、Insect Genome and Transcriptome Dataと題したSpecial IssueのGuest Editorを農研機構の共同研究者たちと共にすることに。 その名の通り、昆虫のゲノムとトランスクリプトームデータに関する論文な …
align_and_estimate_abundance.pl is not included in Trinity Docker image v2.13.2
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 07 2月 2022.
Trinityの発現定量スクリプトがDockerにない
前は動いたはずなのに…。
Trinity in Dockerにある例の
docker run -vpwd:pwdtrinityrnaseq/trinityrnaseq /usr/local/bin/trinityrnaseq/util/align_and_estimate_abundance.pl
で no such file or directory。
というわけで、どうも最近 …
1st Onsen Informatics 22
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 05 2月 2022.
2022年第１回温泉インフォマティクス研究会
ずっと缶詰になっているのも毒ということで、開催。 色々いいアイデアを浸透圧刺激とヒートショックで出して、さらに焼きなますことができた。
牡蠣づくし御膳！
🦪めし
🦪フラ …
January2022
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 31 1月 2022.
2022年1月を振り返って
今月は、華麗に加齢な上に。過冷な毎日だった。 年明け前から再び増え出した新規COVID-19感染者は増加の一途をたどり、ついに再びマンボウに。 さまざま …
Cite papers by DOI!
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 30 1月 2022.
論文はDOIで引用しよう
論文を引用するとき、今、ウェブブラウザで見ているURLを貼り付けるのが便利だが、それでは危険である。 そのURLが一時的なものである恐れがある。 なので、それはお勧めしな …
Searching fulltext of papers
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 29 1月 2022.
論文全文を探す方法
2020年代の今、多くの論文がオープンアクセスとなっていてインターネット検索によって自由に読めるよ …
ScanSnap access from Monterey
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 28 1月 2022.
MontereyからのScanSnap
どうしても必要な事務書類は、別の部屋に借りに行く方式で、ラボにプリンターを廃止してなんとかやっている。 次 …
Bottom right corner of the screen
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 23 1月 2022.
画面の右下
新しいM1 Mac with macOS Monterey (12.1)、基本的に快調に使えている。 ScanSnapが反応してくれなかったり、プリンタドライバーが対応してなかったり、という …
Hiroshima Bio Forum 21
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 20 1月 2022.
令和３年度広島バイオフォーラム
広島バイオテクノロジー推進協議会主催の広島バイオフォーラムという会で、講演。 コロナ感染者急増に伴い …
Biomedicines SI E-book
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 18 1月 2022.
Biomedicines Special Issue E-book
BiomedicinesのSpecial Issue, Hypoxia-Inducible Factors: Regulation and Therapeutic Potentialに掲載された論文を集めた、同名のE-bookが出版された。
ISBN 978-3-0365-2912-7 (Hbk); ISBN 978-3-0365-2913-4 (PDF) DOI: 10.3390/books978-3-0365-2913-4 © by the authors Hypoxia-Inducible Factors: Regulation …
RefEx English Review
Written by Hidemasa Bono in papers on 土 15 1月 2022.
RefExの英語総説
DBCLS時代に書いて既に提出してあったRefExの英語総説（レビュー）が Practical Guide to Life Science Databases (Eds: Imad Abugessaisa & Takeya Kasukawa) の一つの章として出版された。
RefEX: Reference Expression Dataset
https://doi.org/10.1007/978-981-16-5812-9_6
これを書いていたの …
BioDX.org
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 11 1月 2022.
一般社団法人バイオDX推進機構
天赦日と一粒万倍日が重なる「最強の吉日」という2022年1月11日に一般社団法人バイオDX推進機構が設立された。
一般 …
RNAseq handson 22
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 10 1月 2022.
RNAseqハンズオン＠阪大
かねてよりお願いされていた講演とハンズオンの講師をやりに阪大医学部へ。 2回延期されて3度目の正直。 しかし感染者急増があって …
networkQuality command
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 06 1月 2022.
コマンドラインでネット速度測定
ニュース見てたら、こんなものを発見。
“｢ターミナル｣を開いたら、｢networkQuality｣と入力して（大文字 …
Moving to M1 Mac
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 02 1月 2022.
M1 Macへの引越
最新のMacBookPro(MBP)などのCPUがM1に変更され、これまで本やブログに書いてあったことがそのままで動かなくなっている。 そのせいか、個 …
Plan 2022
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 01 1月 2022.
2022年の計
明けましておめでとうございます。 本年もよろしくお願いします。
明けましておめでとうございます🎍今年もよろし …
Review 2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 31 12月 2021.
2021年を振り返って
ラボをはじめて2年目の2021年は、飛躍の年になった。 研究室関係のニュースはラボのニュースに取り上げて溜めてきたが、2021年分を数えてみると47エントリにもなっていた。 その …
December2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 28 12月 2021.
2021年12月を振り返って
大学の出勤日は今日28日まで、自分の出勤日は実は24日までだったということで、今年も少し早めの12月の振り返りエントリ。
先月から引き続き、来客やこちらから出かけて …
It's been a hard week 21
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 25 12月 2021.
2021年末、怒涛の1週間
月火水、東へ西へそれぞれ別の2つの出張。 後半の木金は来客という怒涛の1週間。 そして、土には久しぶりに温泉インフ …
Nights in hotels 2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 22 12月 2021.
2021年出張外泊数
去年(2020年)は15泊だった出張外泊数。 コロナの影響を受ける前の1月から3月までで14泊なのに対して、その後（＝転職後）4月以降はわずか1泊であった。
今年2021年も偏っており、1-6月までで0泊。 その後、7月1泊、8月5泊、9,10月がそれぞれ0泊、11月3泊、12月2泊ということで、合計11泊ということで確定 …
Mid-term presentation of master's thesis 21
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 11 12月 2021.
修論中間発表会21
今年度からの取り組みということで、修論中間発表会が土曜日に。 所属プログラムでは別に10月にやっているから別にやらなくても、と思 …
Wise2
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 09 12月 2021.
Wise2で直接DNA-protein alignment
EBIのdirector Ewan Birneyによる、DNA-protein配列をpairwise alignmentするプログラムWise2はBiocondaにあってインストールは簡単だが、動かすのはちょっと大変かも。
まず、アミノ酸置換行列とコ …
Press release for meta-analysis paper for oxidative transcriptomes
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 07 12月 2021.
酸化ストレストランスクリプトームメタ解析論文のプレスリリース
今月（2021年12月）に出版されたトランスクリプトーム公 …
Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes
Written by Hidemasa Bono in papers on 金 03 12月 2021.
トランスクリプトーム公共DBのメタ解析による酸化ストレスおよび低酸素ストレス応答遺伝子の比較論文
ほぼ1ヶ月前に投稿と同時にbioRxivで公開した論文が査読論文誌であるBiomedicinesに出版された。 火曜日にaccepted、木曜日の夜にProofreadingが送られてきて、それを翌金曜日の午前に …
November2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 30 11月 2021.
2021年11月を振り返って
Bioinformatics Lecture 21 over
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 25 11月 2021.
バイオインフォマティクス講義終了
2021/11/24で2021年度の卓越大学院のバイオインフォマティクス講義15回目の配信を開始し、全ての公開を終えた。
今 …
What is MetaGenome data analysis recipe
Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 水 24 11月 2021.
メタゲノムデータ解析レシピ本とは
Research Field Trip
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 19 11月 2021.
研究社会見学
bioRxivに論文をアップして一息、というタイミングで、SPARQLthonに参加していろんな人がさまざまな研究をしていることを身をも …
Online seminar in the Japanese Association for Cancer and Hypoxia Research
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 13 11月 2021.
がんとハイポキシア研究会 オンライン講演会2021
がんとハイポキシア研究会オンライン講演会2021で「Bonohulab誕生 ～その経緯とこれ …
BioDX issue in Experimental Medicine
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 11 11月 2021.
実験医学 バイオDX特集
2021年5月に低酸素トランスクリプトームのメタ解析の論文が出た直後から企画させていただいていた、実 …
MetaGenome data analysis recipe dispatch
Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 月 08 11月 2021.
メタゲノムデータ解析レシピ本第一報
2020年10月に広島で開催された劇的に人が少ない第79回日本癌学会学術総会。 その会場の大幅に縮小された本売り場にて発売さ …
Home Coming Day 21
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 06 11月 2021.
第15回広島大学ホームカミングデー
広島大学ホームカミングデーは、広島大学と広島大学校 …
The First Business Trip to Tokyo 21
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 05 11月 2021.
2021年度初東京出張
2020年12月以来、11ヶ月ぶりの東京出張。 もう普通にCOVID-19以前のラッシュに戻っていた。
全く電池が持たなくなって先月2021年10月にきたる出張に備えて買い替えたiPhoneであったが。 それにしてもiPhone13のカメラすごい。
— トクニ …
A new way of training students
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 04 11月 2021.
新しい大学院生の育成方法
2021年4月に入学した博士課程前期の大学院生による以下の論文がbioRxivから公開された。 今回はなぜか通常は24時間程度で終わるbioRxivのスクリーニングに時間がかかり、uploadしてから60時間目にメールが来るというのはこれまでの最長記録だったが。
Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes
https://doi.org/10.1101/2021.11.01.466837
October2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 31 10月 2021.
2021年10月を振り返って
先月末で緊急事態宣言が解除されて、研究者の行き来が再開。 そういうわけで多くの共同研究者に東広島に来てい …
Bioinformatics Lecture 21 recording done
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 30 10月 2021.
バイオインフォマティクス講義収録完了
目下の最重要事項である卓越大学院のバイオインフォマティクス講義。 本 …