RNAseq handson 22

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 10 1月 2022.

RNAseqハンズオン@阪大

かねてよりお願いされていた講演とハンズオンの講師をやりに阪大医学部へ。 2回延期されて3度目の正直。 しかし感染者急増があって …

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networkQuality command

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 06 1月 2022.

コマンドラインでネット速度測定

ニュース見てたら、こんなものを発見。

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Moving to M1 Mac

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 02 1月 2022.

M1 Macへの引越

最新のMacBookPro(MBP)などのCPUがM1に変更され、これまで本やブログに書いてあったことがそのままで動かなくなっている。 そのせいか、個 …

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Plan 2022

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 01 1月 2022.

2022年の計

明けましておめでとうございます。 本年もよろしくお願いします。

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December2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 28 12月 2021.

2021年12月を振り返って

大学の出勤日は今日28日まで、自分の出勤日は実は24日までだったということで、今年も少し早めの12月の振り返りエントリ。

先月から引き続き、来客やこちらから出かけて …

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Nights in hotels 2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 22 12月 2021.

2021年出張外泊数

去年(2020年)は15泊だった出張外泊数。 コロナの影響を受ける前の1月から3月までで14泊なのに対して、その後(=転職後)4月以降はわずか1泊であった。

今年2021年も偏っており、1-6月までで0泊。 その後、7月1泊、8月5泊、9,10月がそれぞれ0泊、11月3泊、12月2泊ということで、合計11泊ということで確定 …

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Wise2

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 09 12月 2021.

Wise2で直接DNA-protein alignment

EBIのdirector Ewan Birneyによる、DNA-protein配列をpairwise alignmentするプログラムWise2Biocondaにあってインストールは簡単だが、動かすのはちょっと大変かも。

まず、アミノ酸置換行列とコ …

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Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes

Written by Hidemasa Bono in papers on 金 03 12月 2021.

トランスクリプトーム公共DBのメタ解析による酸化ストレスおよび低酸素ストレス応答遺伝子の比較論文

ほぼ1ヶ月前に投稿と同時にbioRxivで公開した論文が査読論文誌であるBiomedicinesに出版された。 火曜日にaccepted、木曜日の夜にProofreadingが送られてきて、それを翌金曜日の午前に …

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The First Business Trip to Tokyo 21

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 05 11月 2021.

2021年度初東京出張

2020年12月以来、11ヶ月ぶりの東京出張。 もう普通にCOVID-19以前のラッシュに戻っていた。

全く電池が持たなくなって先月2021年10月にきたる出張に備えて買い替えたiPhoneであったが。 それにしてもiPhone13のカメラすごい。

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A new way of training students

Written by Hidemasa Bono in papers on 木 04 11月 2021.

新しい大学院生の育成方法

2021年4月に入学した博士課程前期の大学院生による以下の論文がbioRxivから公開された。 今回はなぜか通常は24時間程度で終わるbioRxivのスクリーニングに時間がかかり、uploadしてから60時間目にメールが来るというのはこれまでの最長記録だったが。

Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes https://doi.org/10.1101/2021.11.01.466837

公共DBから集めてきたヒト培養細胞の低酸素トランスクリプトームに対して先輩の大学院生が論文化し …

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October2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 31 10月 2021.

2021年10月を振り返って

先月末で緊急事態宣言が解除されて、研究者の行き来が再開。 そういうわけで多くの共同研究者に東広島に来てい …

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BMS seminar 2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 23 10月 2021.

所属プログラム必修のセミナー

ということで、現在のラボの学生3人全員(M1,D1,D2それぞれ1人)が集合した初めての機会となった。 みなさ …

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Web interface for BLAST in DDBJ suspended

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 15 10月 2021.

DDBJのBLASTウェブインターフェース停止

今日2021年10月15日に以下のようなアナウンスがDDBJよりあった。

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Mk1C is come

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 08 10月 2021.

Mk1Cがやってきた

7月末に発注してから2ヶ月以上かかってようやく、MinION Mk1Cが納品。 去年2020年の12月にMinION Mk1Bを買って以来

そしてタイミングの良いことにNanopore sequencingを(なぜか私が)教える会に間に合った。

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A chromosome-level genome sequence of Chrysanthemum seticuspe, a model species for hexaploid cultivated chrysanthemum

Written by Hidemasa Bono in papers on 木 07 10月 2021.

モデルギクの染色体レベルのゲノム配列 published

すでにbioRxivにアップロードしてあった6倍体栽培ギクのリファレンスとなる2倍体のモデルギクGojo-0 (Chrysanthemum seticuspe)の染色体レベルのゲノム配列の論文がCommunications Biologyから出版。

A …

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Symposium105 21

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 05 10月 2021.

トーゴーの日シンポジウム2021

10月5日は、トーゴーの日。 昨年に続いて、トーゴーの日シンポジウムもオンラインに。 去年の状況 …

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September2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 30 9月 2021.

2021年9月を振り返って

先月から引き続いての緊急事態宣言。 どこにも行けないし、来てももらえない日々再び。 しかし、翌月から始まるバイオイ …

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August2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 31 8月 2021.

2021年8月を振り返って

先月からまたCOVID-19感染者が増えて、月末にはまた緊急事態宣言。 そんな中、転職して初めてのお盆休みをとることができ、また月末には …

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Neurosecretory protein GL-induced fat accumulation is accompanied by repressing the immune-inflammatory response in the adipose tissue of mice

Written by Hidemasa Bono in papers on 日 29 8月 2021.

NPGLによる脂肪蓄積のトランスクリプトーム解析

マウスの脂肪組織におけるNPGL(Neurosecretory protein GL)による脂肪蓄積のトランスクリプトーム解析の論文がbioRxivから公開された。

Neurosecretory protein GL-induced fat accumulation is accompanied by …

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