Shutoiten 2years

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 25 3月 2022.

酒都移転2年

今日2022年3月25日で酒都西条に移転して丸2年。

1年目から継続してCOVID-19の影響で出張が満足に行けない1年だったけれども、まだ前年よりは行けるタイミングもあったということでマシではあったが。 国 …

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syllabus2022

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 11 3月 2022.

シラバス入力

今年もシラバスを記載する季節が。 卓越大学院の方からは依頼があってそれを知るが、去年同様特に連 …

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customizing ikra

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 09 3月 2022.

異なるファイル拡張子のFASTQでikra実行

ikraは、発現定量するFASTQファイルのファイル拡張子として、デフォルトではfastq(厳密にはfastq.gz)が想定されているようで、fq(厳密に …

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COVID-19 Vaccine 3rd shot

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 04 3月 2022.

コロナウイルスワクチン注射3回目

去年(2021年)7月末日に2回目を打った時はまさか次があるとは思わなかったが、ほぼ7ヶ月後に再び職域接種で3回目。

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Feburary2022

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 28 2月 2022.

2022年2月を振り返って

今月もずっとマンボウ地域入りで、県外には出れず。 予定していた2つの研究会へオンサイト参加するための出張は潰れた。 もちろん2月はいろいろな発表会があり、仮にマンボウでなくても出張で外 …

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Routinely uniq

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 27 2月 2022.

uniqコマンドのオプション

さまざまな事情でuniqコマンドにはお世話になっている。 多くはsortコマンドと共に、sort -uというsortしたのちにuniqする …

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Prediction of sex-determination mechanisms in avian primordial germ cells using RNA-seq analysis

Written by Hidemasa Bono in papers on 土 26 2月 2022.

RNA-seq解析による鳥類始原生殖細胞の性決定機構の予測

JST共創の場形成支援プログラム(COI-NEXT)の「バイオDX」産学共創拠点で共に取り組んでいる同じ研究科の研究室からのプレプリントが、 日本時間の2022年2月26日、bioRxivにプレプリントとして公開された …

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NIG-JOINT 21 for insects

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 21 2月 2022.

21年度遺伝研研究集会「昆虫におけるNGSおよびゲノムデータベース利用によるデータ解析」

国立遺伝学研究所研究集会(NIG-JOINT)「昆虫におけるNGSおよびゲノムデータベース利用によるデータ解析」は、2020年度に行うはずがコロナ禍で実施できず翌年度に延期。 さらに2021年度も、オンサイトでの開催を目指してずっ …

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CBI seminar 431st done

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 18 2月 2022.

第431回CBI学会講演会done

「バイオ、化学、製薬業界で進むデジタルトランスフォーメーション(DX)」というテーマの講演会にて、「バイオDXー知のめぐりのよい生命科学研究を目指して」と題し …

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1st Onsen Informatics 22

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 05 2月 2022.

2022年第1回温泉インフォマティクス研究会

ずっと缶詰になっているのも毒ということで、開催。 色々いいアイデアを浸透圧刺激とヒートショックで出して、さらに焼きなますことができた。

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January2022

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 31 1月 2022.

2022年1月を振り返って

今月は、華麗に加齢な上に。過冷な毎日だった。 年明け前から再び増え出した新規COVID-19感染者は増加の一途をたどり、ついに再びマンボウに。 さまざま …

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Cite papers by DOI!

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 30 1月 2022.

論文はDOIで引用しよう

論文を引用するとき、今、ウェブブラウザで見ているURLを貼り付けるのが便利だが、それでは危険である。 そのURLが一時的なものである恐れがある。 なので、それはお勧めしな …

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Hiroshima Bio Forum 21

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 20 1月 2022.

令和3年度広島バイオフォーラム

広島バイオテクノロジー推進協議会主催の広島バイオフォーラムという会で、講演。 コロナ感染者急増に伴い …

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RNAseq handson 22

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 10 1月 2022.

RNAseqハンズオン@阪大

かねてよりお願いされていた講演とハンズオンの講師をやりに阪大医学部へ。 2回延期されて3度目の正直。 しかし感染者急増があって …

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networkQuality command

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 06 1月 2022.

コマンドラインでネット速度測定

ニュース見てたら、こんなものを発見。

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Moving to M1 Mac

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 02 1月 2022.

M1 Macへの引越

最新のMacBookPro(MBP)などのCPUがM1に変更され、これまで本やブログに書いてあったことがそのままで動かなくなっている。 そのせいか、個 …

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Plan 2022

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 01 1月 2022.

2022年の計

明けましておめでとうございます。 本年もよろしくお願いします。

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December2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 28 12月 2021.

2021年12月を振り返って

大学の出勤日は今日28日まで、自分の出勤日は実は24日までだったということで、今年も少し早めの12月の振り返りエントリ。

先月から引き続き、来客やこちらから出かけて …

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Nights in hotels 2021

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 22 12月 2021.

2021年出張外泊数

去年(2020年)は15泊だった出張外泊数。 コロナの影響を受ける前の1月から3月までで14泊なのに対して、その後(=転職後)4月以降はわずか1泊であった。

今年2021年も偏っており、1-6月までで0泊。 その後、7月1泊、8月5泊、9,10月がそれぞれ0泊、11月3泊、12月2泊ということで、合計11泊ということで確定 …

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Wise2

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 09 12月 2021.

Wise2で直接DNA-protein alignment

EBIのdirector Ewan Birneyによる、DNA-protein配列をpairwise alignmentするプログラムWise2Biocondaにあってインストールは簡単だが、動かすのはちょっと大変かも。

まず、アミノ酸置換行列とコ …

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Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes

Written by Hidemasa Bono in papers on 金 03 12月 2021.

トランスクリプトーム公共DBのメタ解析による酸化ストレスおよび低酸素ストレス応答遺伝子の比較論文

ほぼ1ヶ月前に投稿と同時にbioRxivで公開した論文が査読論文誌であるBiomedicinesに出版された。 火曜日にaccepted、木曜日の夜にProofreadingが送られてきて、それを翌金曜日の午前に …

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The First Business Trip to Tokyo 21

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 05 11月 2021.

2021年度初東京出張

2020年12月以来、11ヶ月ぶりの東京出張。 もう普通にCOVID-19以前のラッシュに戻っていた。

全く電池が持たなくなって先月2021年10月にきたる出張に備えて買い替えたiPhoneであったが。 それにしてもiPhone13のカメラすごい。

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