ScanSnap access from Monterey
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 28 1月 2022.
MontereyからのScanSnap
どうしても必要な事務書類は、別の部屋に借りに行く方式で、ラボにプリンターを廃止してなんとかやっている。 次 …
Bottom right corner of the screen
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 23 1月 2022.
画面の右下
新しいM1 Mac with macOS Monterey (12.1)、基本的に快調に使えている。 ScanSnapが反応してくれなかったり、プリンタドライバーが対応してなかったり、という …
Hiroshima Bio Forum 21
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 20 1月 2022.
令和３年度広島バイオフォーラム
広島バイオテクノロジー推進協議会主催の広島バイオフォーラムという会で、講演。 コロナ感染者急増に伴い …
Biomedicines SI E-book
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 18 1月 2022.
Biomedicines Special Issue E-book
BiomedicinesのSpecial Issue, Hypoxia-Inducible Factors: Regulation and Therapeutic Potentialに掲載された論文を集めた、同名のE-bookが出版された。
ISBN 978-3-0365-2912-7 (Hbk); ISBN 978-3-0365-2913-4 (PDF) DOI: 10.3390/books978-3-0365-2913-4 © by the authors Hypoxia-Inducible Factors: Regulation …
RefEx English Review
Written by Hidemasa Bono in papers on 土 15 1月 2022.
RefExの英語総説
DBCLS時代に書いて既に提出してあったRefExの英語総説（レビュー）が Practical Guide to Life Science Databases (Eds: Imad Abugessaisa & Takeya Kasukawa) の一つの章として出版された。
RefEX: Reference Expression Dataset
https://doi.org/10.1007/978-981-16-5812-9_6
これを書いていたの …
BioDX.org
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 11 1月 2022.
一般社団法人バイオDX推進機構
天赦日と一粒万倍日が重なる「最強の吉日」という2022年1月11日に一般社団法人バイオDX推進機構が設立された。
一般 …
RNAseq handson 22
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 10 1月 2022.
RNAseqハンズオン＠阪大
かねてよりお願いされていた講演とハンズオンの講師をやりに阪大医学部へ。 2回延期されて3度目の正直。 しかし感染者急増があって …
networkQuality command
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 06 1月 2022.
コマンドラインでネット速度測定
ニュース見てたら、こんなものを発見。
“｢ターミナル｣を開いたら、｢networkQuality｣と入力して（大文字 …
Moving to M1 Mac
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 02 1月 2022.
M1 Macへの引越
最新のMacBookPro(MBP)などのCPUがM1に変更され、これまで本やブログに書いてあったことがそのままで動かなくなっている。 そのせいか、個 …
Plan 2022
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 01 1月 2022.
2022年の計
明けましておめでとうございます。 本年もよろしくお願いします。
明けましておめでとうございます🎍今年もよろし …
Review 2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 31 12月 2021.
2021年を振り返って
ラボをはじめて2年目の2021年は、飛躍の年になった。 研究室関係のニュースはラボのニュースに取り上げて溜めてきたが、2021年分を数えてみると47エントリにもなっていた。 その …
December2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 28 12月 2021.
2021年12月を振り返って
大学の出勤日は今日28日まで、自分の出勤日は実は24日までだったということで、今年も少し早めの12月の振り返りエントリ。
先月から引き続き、来客やこちらから出かけて …
It's been a hard week 21
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 25 12月 2021.
2021年末、怒涛の1週間
月火水、東へ西へそれぞれ別の2つの出張。 後半の木金は来客という怒涛の1週間。 そして、土には久しぶりに温泉インフ …
Nights in hotels 2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 22 12月 2021.
2021年出張外泊数
去年(2020年)は15泊だった出張外泊数。 コロナの影響を受ける前の1月から3月までで14泊なのに対して、その後（＝転職後）4月以降はわずか1泊であった。
今年2021年も偏っており、1-6月までで0泊。 その後、7月1泊、8月5泊、9,10月がそれぞれ0泊、11月3泊、12月2泊ということで、合計11泊ということで確定 …
Mid-term presentation of master's thesis 21
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 11 12月 2021.
修論中間発表会21
今年度からの取り組みということで、修論中間発表会が土曜日に。 所属プログラムでは別に10月にやっているから別にやらなくても、と思 …
Wise2
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 09 12月 2021.
Wise2で直接DNA-protein alignment
EBIのdirector Ewan Birneyによる、DNA-protein配列をpairwise alignmentするプログラムWise2はBiocondaにあってインストールは簡単だが、動かすのはちょっと大変かも。
まず、アミノ酸置換行列とコ …
Press release for meta-analysis paper for oxidative transcriptomes
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 07 12月 2021.
酸化ストレストランスクリプトームメタ解析論文のプレスリリース
今月（2021年12月）に出版されたトランスクリプトーム公 …
Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes
Written by Hidemasa Bono in papers on 金 03 12月 2021.
トランスクリプトーム公共DBのメタ解析による酸化ストレスおよび低酸素ストレス応答遺伝子の比較論文
ほぼ1ヶ月前に投稿と同時にbioRxivで公開した論文が査読論文誌であるBiomedicinesに出版された。 火曜日にaccepted、木曜日の夜にProofreadingが送られてきて、それを翌金曜日の午前に …
November2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 30 11月 2021.
2021年11月を振り返って
Bioinformatics Lecture 21 over
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 25 11月 2021.
バイオインフォマティクス講義終了
2021/11/24で2021年度の卓越大学院のバイオインフォマティクス講義15回目の配信を開始し、全ての公開を終えた。
今 …
What is MetaGenome data analysis recipe
Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 水 24 11月 2021.
メタゲノムデータ解析レシピ本とは
Research Field Trip
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 19 11月 2021.
研究社会見学
bioRxivに論文をアップして一息、というタイミングで、SPARQLthonに参加していろんな人がさまざまな研究をしていることを身をも …
Online seminar in the Japanese Association for Cancer and Hypoxia Research
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 13 11月 2021.
がんとハイポキシア研究会 オンライン講演会2021
がんとハイポキシア研究会オンライン講演会2021で「Bonohulab誕生 ～その経緯とこれ …
BioDX issue in Experimental Medicine
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 11 11月 2021.
実験医学 バイオDX特集
2021年5月に低酸素トランスクリプトームのメタ解析の論文が出た直後から企画させていただいていた、実 …
MetaGenome data analysis recipe dispatch
Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 月 08 11月 2021.
メタゲノムデータ解析レシピ本第一報
2020年10月に広島で開催された劇的に人が少ない第79回日本癌学会学術総会。 その会場の大幅に縮小された本売り場にて発売さ …
Home Coming Day 21
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 06 11月 2021.
第15回広島大学ホームカミングデー
広島大学ホームカミングデーは、広島大学と広島大学校 …
The First Business Trip to Tokyo 21
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 05 11月 2021.
2021年度初東京出張
2020年12月以来、11ヶ月ぶりの東京出張。 もう普通にCOVID-19以前のラッシュに戻っていた。
全く電池が持たなくなって先月2021年10月にきたる出張に備えて買い替えたiPhoneであったが。 それにしてもiPhone13のカメラすごい。
— トクニ …
A new way of training students
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 04 11月 2021.
新しい大学院生の育成方法
2021年4月に入学した博士課程前期の大学院生による以下の論文がbioRxivから公開された。 今回はなぜか通常は24時間程度で終わるbioRxivのスクリーニングに時間がかかり、uploadしてから60時間目にメールが来るというのはこれまでの最長記録だったが。
Comparison of Oxidative and Hypoxic Stress Responsive Genes from Meta-Analysis of Public Transcriptomes
https://doi.org/10.1101/2021.11.01.466837
October2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 31 10月 2021.
2021年10月を振り返って
先月末で緊急事態宣言が解除されて、研究者の行き来が再開。 そういうわけで多くの共同研究者に東広島に来てい …
Bioinformatics Lecture 21 recording done
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 30 10月 2021.
バイオインフォマティクス講義収録完了
目下の最重要事項である卓越大学院のバイオインフォマティクス講義。 本 …
Resistance to chemical carcinogenesis induction via a dampened inflammatory response in naked mole-rats
Written by Hidemasa Bono in papers on 日 24 10月 2021.
ハダカデバネズミの炎症反応の抑制による化学発がん誘導への抵抗性論文
Resistance to chemical carcinogenesis induction via a dampened inflammatory response in naked mole-rats
https://doi.org/10 …
BMS seminar 2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 23 10月 2021.
所属プログラム必修のセミナー
ということで、現在のラボの学生3人全員（M1,D1,D2それぞれ1人）が集合した初めての機会となった。 みなさ …
Getting cold immediately 2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 17 10月 2021.
急激に寒くなった日曜日
暑い日がダラダラと続いていた2021年の秋。 数日前まで夜もクーラーをつけるかという日々だったのに、急に寒 …
Cancer Genome Data Analysis book preview
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 16 10月 2021.
がんゲノムデータ解析本の表紙公開
昨年2020年11月にがんゲノムデータ解析再現担当募集した、がんに特化したゲノム・オミ …
Web interface for BLAST in DDBJ suspended
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 15 10月 2021.
DDBJのBLASTウェブインターフェース停止
今日2021年10月15日に以下のようなアナウンスがDDBJよりあった。
“リソースの不足により安定運用が難しくなりました。 そのため、2021年11月10日～11/19日のスパコンメンテナンス時点より、Blast および ClustalW のサービスを一旦休止し …
Bioinformatics Lecture 21 two thirds done
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 13 10月 2021.
バイオインフォマティクス講義収録2/3
目下の懸案である卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズ …
Lunch at Gakusei-Kaikan
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 09 10月 2021.
学生会館でランチを
朝に（学生）会館食堂が土曜日もやっていること、そして他の食堂よりも多く集客したいというtweetを見て …
Mk1C is come
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 08 10月 2021.
Mk1Cがやってきた
7月末に発注してから2ヶ月以上かかってようやく、MinION Mk1Cが納品。 去年2020年の12月にMinION Mk1Bを買って以来。
そしてタイミングの良いことにNanopore sequencingを（なぜか私が）教える会に間に合った。
某実験をご一緒に。天国 …
A chromosome-level genome sequence of Chrysanthemum seticuspe, a model species for hexaploid cultivated chrysanthemum
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 07 10月 2021.
モデルギクの染色体レベルのゲノム配列 published
すでにbioRxivにアップロードしてあった6倍体栽培ギクのリファレンスとなる2倍体のモデルギクGojo-0 (Chrysanthemum seticuspe)の染色体レベルのゲノム配列の論文がCommunications Biologyから出版。
A …
BioDX special issue in JikkenIgaku
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 06 10月 2021.
実験医学バイオDX特集
今では唯一の生命科学系月刊紙となった実験医学でバイオDXの特集を企画。 単行本はこれまで出してきたもの …
Symposium105 21
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 05 10月 2021.
トーゴーの日シンポジウム2021
10月5日は、トーゴーの日。 昨年に続いて、トーゴーの日シンポジウムもオンラインに。 去年の状況 …
Bioinformatics Lecture 21 one third done
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 02 10月 2021.
バイオインフォマティクス講義収録1/3
昨年(2020年)と同じく、9月の中頃から始めた卓越大学院のバイオインフォマティクス講義シリーズ …
We are all alone
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 01 10月 2021.
bonohulab1年半
bonohulabを始めてから今日2021年10月1日で1年半。 そんなに感慨らしきものはなく、むしろ、なんとか科研費の申請書を仕上げたという感じの …
Ref16S report in BH21.8
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 30 9月 2021.
Ref16S report in BH21.8
2021年8月に参加した国内版バイオハッカソンBH21.8 での Metagenome analysis workflow group の報告が2021年9月30日、BioHackrXivにプレプリントとして公開された。
Rapid metagenomic workflow using …
September2021
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 30 9月 2021.
2021年9月を振り返って
先月から引き続いての緊急事態宣言。 どこにも行けないし、来てももらえない日々再び。 しかし、翌月から始まるバイオイ …
Kaiko transcriptomes paper press released
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 30 9月 2021.
カイコリファレンストランスクリプトーム論文プレスリリース
Insectsに論文を出版していたカイコリファレンストランスクリプト …
drbonodojo 2years
Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 日 26 9月 2021.
道場本出版2年
今日(2021/09/26)で日本癌学会学術総会の会場で売り始めてから丸2年。
去年も丸1年のエントリを書いたが、この1年でさらに状況が変わった。 それは、本当に大 …
zotero can export a file in bibTeX format
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 12 9月 2021.
ZoteroでbibTeX出力
最近は、論文の引用リストを作るのに大変お世話になっているfreeの引用管理ソフトZotero。 実はエクスポートのフォーマットにbibTeX形式も選ぶことができる。
それを …
Cancer-Hypoxia 21
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 09 9月 2021.
がんとハイポキシア研究会 オンライン講演会2021
第3回の2006年以来ほぼ毎回参加してきたがんとハイポキシア研究会。 それから今年でもう15年にもなるが、COVID-19の影響で去年に引き続いて今年も研究会はオンサイトでは開催されず。 だが、研究 …
Importance of outreach activity
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 04 9月 2021.
アウトリーチ活動の重要性
漫画家で医師の永田礼路先生による「ワクチンなんだろう」。
ワクチンなんで効くのか全く …