Impression on 2018 ESA, ESC and ESBC Joint Annual Meeting

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 16 11月 2018.

2018 ESA, ESC and ESBC Joint Annual Meeting に参加して

最終日の11/14には、あったPrenary lectureはRyan Churchさんという方で、またもやハリウッド関係という。どんだけ映画好きな方がプログラム編成されたのだろう。いや、北米がこういう文化なのかもしれない、と話を聴いてて思い至るように。 実は彼も虫屋だという話から始まり、スター・ウォーズ・シリーズに出てくる宇宙船などのデザインは昆虫にヒントを得たものが多数あるというのを紹介されていた。 やっぱり、昆虫すごい。

だからというわけではないが、今回は珍しく行き帰り共にずっと映画を見ていた。

行き

  • ミッション:インポッシブル/フォールアウト
  • ハンソロ
  • パシフィックリム

帰り

  • Logan
  • カメラを止めるな!
  • La La Land
  • Deadpool2

最終日には自分のポスター発表もあったが、最終日の午後ということもあって全般的に人が少ない上に機能アノテーション手法開発の研究ということもあって…。 現にたくさんデータが出てきてて、まさに博物館の標本のようにきっちりと整理して蓄えた上で、必要な時にすぐに取り出せるようにしていかないと。 ぜひ興味を持って、コミュニティー全体で取り組んでいってほしい、一緒にやっていくので …

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togotv18 dispatch

Written by Hidemasa Bono in togotv18 on 火 13 11月 2018.

統合TV本第一報

「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」。Amazonに出てしまったので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)にも書いておく。経験上、(amazonでの購入の場合)早く読みたい場合は予約はお早めに。詳報は後日。 なお、twitterのハッシュタグは #togotv18

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2018 ESA, ESC and ESBC Joint Annual Meeting

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 11 11月 2018.

2018 ESA, ESC and ESBC Joint Annual Meeting

11/10-11/14まで、アメリカ昆虫学会の年会に参加。 カナダとブリティッシュコロンビア州の昆虫学会との合同年会ということで、バンクーバーにて。 バンクーバーはすでに冬で季節外れの暖かさの日本とは大違い。

初日のkeynote speechにはRandy Olsonさんが登壇。 非常にわかりやすい話で、あとで調べたら著書は邦訳されていた。これは、読まねば、という内容かと。

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16th cancer hypoxia

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 10 11月 2018.

16th cancer hypoxia

がんとハイポキシア研究会に今年も参加。 今回の会場は前回と打って変わって、JR京葉線海浜幕張駅前のアウトレットの真ん前のホテル。 今回は合宿形式ではなかったものの、遠方組はやはり泊まりで。 しかも多くの知り合いは同じホテルということで、遅くまで夜の部で意見交換ができた。 近い分野の研究やっている人がオフラインに会って知り合いになれるとてもいい機会であったかと。

自分は海外出張のため、そのまま成田空港へ。 海浜幕張駅からだと電車よりもバスが乗り換えもなく、便利なようだった。

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3rd RDF tutorial

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 01 11月 2018.

第3回RDF講習会

第3回RDF講習会が2018年11月1日に開催。 一昨年昨年に続き、今年も市ヶ谷のJSTにて。 今年も参加して復習。 二週間前に申し込みサイトがオープンになったばかりで短かかった割には、多数集まった印象。 トーゴーの日で予告されていたり、他の要因があったからだろうか。

去年と同じ内容と聞いていたが、さらに洗練された印象。 具体例も身近なコンテンツを使っていて、わかりやすく。 昨年の講習会の時点では近日公開予定だったtogoDBの新バージョンが実際に使えるようになってて、ゲノム弁当のデータの例で紹介されたのは、実務的にはとてもよかったのではないだろうか。 今回の講習会もすべて録画されていて、後日統合TVから配信される予定なので、参加できなかった方は是非。

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drbonobon 1year and 1month

Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 日 28 10月 2018.

Bono本出版1年と1ヶ月

明日(2018/10/29)で出版から1年と1ヶ月。 去年の今頃の時点では、まだ2刷を、という話はなかったようだが。 1年経ってみると3刷まで出ているなど、先月末に判明した2018年5月までで1刷りの分を上回る冊数が売れた模様。

ただ、相変わらずだが、本のハッシュタグ使っているのはもっぱら筆者だけという。 もっと不明な点や感想、これがあったら良かったのに等、twitter上に出てくると嬉しいのだが。

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SPARC Japan seminar 2018 2nd done

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 26 10月 2018.

第2回SPARC Japan セミナー2018「オープンサイエンス時代のクオリティコントロールを見通す」で講演

結果として、今年もオープンアクセスウィークに企画されたSPARC Japanセミナー、第2回 SPARC Japan セミナー2018 (オープンアクセス・サミット2018)「オープンサイエンス時代のクオリティコントロールを見通す」で話してきた。

今回は、話題提供的な20分の口頭発表とパネラーということだったが、この一年に起こったことの体験談を話してきた。 その体験談とは、去年のこのSPARCセミナー(2017年10月末)でプレプリントの洗礼を受けた後に、さらにCold Spring Harbor Laboratoryで「プレプリント出してないのになんで発表しているの?」という世界観を植えつけられた。 そして、共同研究論文が2018年2月にPLOS ONEに出たのをきっかけに自分のパートをより詳しく生命科学系のプレプリントサーバであるBioRxivにアップロード。 さらに、しばらく経ってからそのアクセス状況、他の共同研究でもプレプリントに出すように次第になっているというそういう話。 自分が思うところのプレプリントのメリット、デメリットなども。

それにしてもF1000ResearchのManaging Director の Rebecca Lawrence …

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Mishima-bar 10th

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 13 10月 2018.

第10回三島バル

個人的には5回目の参戦の三島バル。 今年行った店は結果として、以下の通り。

  1. MASTICAVINO
  2. パステリア地中海
  3. メロン・ドゥ・メロン 三島広小路店
  4. Lantern
  5. abierto
  6. ラーメンやんぐ
  7. ル・パサージュ

最後は雨が降ってきて、終了という感じで。

メロンでふと確認したところ、ナンバーズが的中してしまい、メロンパン3つゲットしてしまった。これで運を使い果たして居なければいいが。

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No hope without data sharing

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 12 10月 2018.

同業種交流会

ひょんなことからローカルな飲み会。 どのようなデータセットを選択すべきか、閾値をどう指定したらいいか、はところ変われど共通の悩みであることを再認識。 いい研究にしたいと思うのなら、多くの人に見てもらえるようにすべし。 いくらデータを出しましたと言っても、そのデータが科学コミュニティで共有されないようでは。 その想いを新たに。

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SPARC Japan seminar 2018 2nd

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 10 10月 2018.

第2回SPARC Japan セミナー2018「オープンサイエンス時代のクオリティコントロールを見通す」

今年度はセミナー企画ワーキンググループから御役御免になったSPARC Japanなのだが。 今年もオープンアクセスウィークに企画されたSPARC Japanセミナーに関わることに。 具体的には、第2回 SPARC Japan セミナー2018 (オープンアクセス・サミット2018) 「オープンサイエンス時代のクオリティコントロールを見通す」と題して、2018年10月25日(木)に国立情報学研究所 12階 1208,1210会議室にて。

去年は司会だったが、今年は話題提供的な20分の口頭発表とパネラーということで。 「生命科学研究におけるプレプリント活用の現状」と題して、生命科学系のプレプリントサーバであるBioRxivにアップロードした経験を踏まえて話す予定。

本日2018年10月10日から参加募集開始。

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recollection of togofarm

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 07 10月 2018.

統合牧場の追憶

休みの日だったが、職場近くで行われていた若手の会が終わって、3人の若手がDBCLS見学に。 かつて、DBCLSが東大本郷に間借りしていた時はよくこうやって人がやってきたな、と思い出した。

その中で、我々のいた部屋は「統合牧場」と呼ばれるようになっていったんだったなーと(参考資料:統合牧場に関する動画)。 そして、我々の職場が今のところに2014年初めに移動、続けてやりたかったが学生が通ってこれないという場所的な問題から、消滅。 統合TVを作成するなどの開発は、クラウド化して続けているものの。 今日のような人との出会いは激減したんだな、と人が来てくれたことで思い出した。

平日じゃないからしょうがないのだが、ここにもっと若手の研究者を呼びたいのであれば、もっとうまく連携すればいいのに。 オレオレで連携する気はないのかな、そもそもデータベース系のバイオインフォマティクスな人が居ない10月5日トーゴーの日にぶつけてくるあたりとか。 でも私はもっと積極的に研究者とのリアルの交流をしていきたい。 ええ、ちょっと辺鄙なところにある職場だけれども。

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What they call GO analysis

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 06 10月 2018.

GO解析という言い方

最近よく「GO解析(ジーオーカイセキ)」という言い方を聞く。 よく話を聞いてみると、発現差などのあった遺伝子群をエンリッチメント解析して、Gene Ontologyのtermで有意な値が出て来たものをみるということのようだが。 Gene Ontology以外のKEGGのPATHWAYやMeSHなども見ていることも多いのではないかと思う。 不正確なので、その都度直しているのだが。 そういうOntologyとその遺伝子へのアノテーションを手軽に使えるようになっている対象生物での研究ならではの悩みなのかもしれないが。

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Symposium105 2018

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 05 10月 2018.

トーゴーの日シンポジウム2018

今年も。作る側の報告会的な色合いが強い会だったが、大分使う側に向けた口頭発表が多くなり、そちら側の参加が増えた印象。 某賞のアレもあったし、世間的な関心度は以前より上がっているのではないかと。 だからこそ、続けてやっていく必要性をもっと訴えていくべきかと。

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drbonobon eratta by author

Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 木 04 10月 2018.

著者版の正誤表

Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)上梓から丸1年すぎた。 いただいた誤字脱字等の情報を、例によってGoogle Documentで書き記して来た。 隠す理由もなく、むしろ積極的に出すべき情報だと思うので、公開してある。 新しいものを見つけたら、お知らせいただければ幸いである。

出版社のサイトから正式なものも出ているが、こちらの方が反映は早い。

この情報は、1刷を読んでいる方向けに主に提供している。 というのは、ここで把握したものは2刷以降には反映されているからである。

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Trami

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 02 10月 2018.

ぼうのブログ復電

ぼうのブログをホストしているマシンが41時間ぶりに通電して復活。 台風による停電はおそらく初めて。 これまでは瞬電が原因でネットワーク接続が切れてしまうパターンが多かったが、本当に電力供給がこんなに長い時間止まってしまったのは初めて。 電気のありがたさを感じた次第。 復旧に尽力していただいた方々、ありがとうございました。

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September2018

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 30 9月 2018.

2018年9月を振り返って

9月は出張が多かった。 まず月初めから8月末からの熊本出張があり、その翌週には蓼科での若手支援技術講習会、広島でのゲノム編集特化型講習会、獣医学会のシンポジウムでの講演が連続して。 そして、月の最後に大阪での日本癌学会学術総会。 しかしながら、外泊数としては8で、5月や7月に記録した10ほどではなかった。 それでも出払っていることが多く、データ解析野郎としては不完全燃焼。

その間に分担翻訳したゲノム第4版の出版があったり。

そして、Dr.Bonoの生命科学データ解析も発売から丸一年を迎えるなど。 多くの方に読んでいただけたようだが、教科書として使っていただいてより多くの方に読んでいただければと。

でも、気がついたら、2018年の3/4が今日で終わるわけで。 自らのoutputを出すことに10月以降、注力したい。

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77th annual meeting of the Japanese Cancer Association

Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 土 29 9月 2018.

第77回日本癌学会学術総会

2018年9月27-29日の日程で、今年も日本癌学会学術総会に参加してきた。今年は、大阪国際会議場(グランキューブ)+リーガロイヤルホテル大阪にて。

今回は翻訳を分担したゲノム第4版が新刊として並び、去年と2年連続で関わった本が癌学会でお披露目という嬉しい事態となった。 ちょうど発売から丸1年となったDr.Bonoの生命科学データ解析は、それでもまだ買ってくれる知り合いがいて、サインを求められるシーンもあったり。 結果として、丸1年間で75冊サインしたことになった。

去年に引き続き行われた、若手企画に参加してきた。 今年は2日間に渡って、2コマ分開催された。 1日目の「研究格差社会をどう生きるか」はパネルディスカッション方式に加えて、インターネット上の「掲示板」を活用して意見を集める企画がなされ、斬新であった。 中でも、投票の機能を使ってリアルタイムに意見の集計を行うやり方はおもしろく、その結果を受けてパネラーに意見を求めるという「筋書きのないドラマ」であった。 かつて一緒に研究していた後輩も登壇してくれたのだが、その際感じたのは、自分は最近リスクを避けて、挑戦することを恐れてor忘れてないか、ということ。 もっと積極的に、challengingでなければ、と自分に猛省を促した次第。

また、2日目の「研活マッチングーlabワゴンで見つけよう共同研究者」はフロアー参加型で、共同研究者を求める人が登壇し、自分の求める人を募集するという新しいスタイルのセッションであった。 僭越ながら …

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GENOMES 4 in Japanese published

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 21 9月 2018.

ゲノム第4版出版

翻訳を分担した最新の生命科学教科書、ゲノム第4版を3連休前の金曜日、2018年9月21日に拝受した。 500ページを超える分量の割には薄くて軽かった。帯にもあるようにスリム化した賜物であろう。

翻訳したとはいえ、担当した5,6章以外は見たこともなく、どうなっているかはそれまで全く知らなかったので、翻訳をされた方は最終的な訳者一覧の校正で知っていたものの、新鮮な感じ。 第4章の4.2節「次世代塩基配列決定法」でNGSによる配列決定方法がバッチリ解説されている。PacBioもNanoporeも。最新の教科書だからこそのコンテンツかと。 じっくり読ませてもらいたいと思う。

この本の章立て(目次)が出版社のページで公開されたので、こちらも参考に。

そして、2018年9月24日にはamazonで(予約ではなく)即時購入可能となった。

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ROIS Tachikawa

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 18 9月 2018.

ROIS立川

研修で初めてROIS立川へ。 国立極地研究所と統計数理研究所が都内から移転してきて、現在ここに。

多摩都市モノレールも初めて。 一区間(立川北→高松)だけ乗るのもったいないな、と思いつつ、しかし歩いて行くほどの時間もないので乗ったら100円でビックリ。 そして高松駅で降りると、進行方向にまだモノレールの高架があって。 車庫があるための施設のようだが、ROIS立川(もしくは立川市役所)近くに駅が出来るといいなと勝手に思ったり。

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What is BioRxiv

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 15 9月 2018.

BioRxivとは何か

BioRxivにアップした論文をポスター発表していたら意外な質問が。

「このBioRxivって何ですか?」

そもそも読み方からして知られていない。「バイオアーカイブ」と読む。Rxivのxは「エックス」でなく、「カイ二乗検定」のχ(カイ)。それで「アーカイブ」と読む。なお、アーカイブの本来の綴りはarchive

そしてこれは、一体全体何なのか、だが。 新たなる論文誌ではなく、preprint(プレプリント)と呼ばれるものである。 論文として査読に出す前に論文をpreprint serverと呼ばれるウェブサイトにアップロードすることで公開する仕組み、なのだ。

詳しくは2017年10月に、第2回 SPARC Japan セミナー2017 (オープンアクセス・サミット2017)「プレプリントとオープンアクセス」というセミナーをオーガナイズさせていただいたので、そちらの資料が参考(PDF)になると思うが、かいつまんで私のイメージを以下に。

物理学の一部の分野では昔からこの仕組みが採用され、本家arXivに論文をアップすることで研究者同士が論文を共有してきた …

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161st meeting of Japanese Society of Veterinary Science

Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 水 12 9月 2018.

第161回日本獣医学会学術集会

2018年9月12日(水)、第161回日本獣医学会学術集会の生理学・生化学分科会シンポジウム「生理・生化学におけるバイオインフォーマティクスの潮流」に演者としてお呼びいただき話してきた。

「データベース統合化によるオミックス獣医学とバイオインフォマティクス」と題して1時間話させていただいた。 バイオインフォマティクスの概論的な内容を話して欲しいということだったので、ここ最近はあまりやらなくなったものの、昔のスライドをアップデートして。 Dr.Bonoの生命科学データ解析の第5章にあるデータ解析手法を、獣医学系の研究に関係深そうなところに重点をおいて概説させていただいた。

なぜか私以外の2人の演者が生物物理系だったのでそこはお任せして、いつもの塩基配列解析と発現解析における公共DB利用した研究の紹介。 事例を4つほど紹介したが、ちょっと盛りだくさんすぎて最後のはだいぶん端折ってしまった。 3つで十分だったと反省。でも話の流れの都合上、こうならざるを得なかったのも事実。今後、要検討。

座長をしていただいた先生は所属からしてそうかと思っていたが、共同研究でお世話になっている先生がよくご存知の先生だった。 全然知らない分野なのに知り合いで繋がってしまう、いつもの展開。 だが、その縁で講演に呼ばれたわけではなかったわけではなかった様子。 最初にメールしてきてくれた若手の先生が私を指名してくれたようで、講演終了後にお話ししたところ、やはりデータ解析で四苦八苦している模様。 そういうことが身近に相談できる先生が各大学いるといいのにね、といういつもの思いをまたここでも。 だったらいいな、で終わらせたくないね、本当に。

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AJACS advanced specialized for genome editing 2

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 11 9月 2018.

ゲノム編集特化型DB講習会

2018年9月11日(火)に広島大学東広島キャンパスにて「ゲノム編集特化型DB講習会」が開催され、それの講師に。

参加者は30人ほどで、自分は「統合DBの便利なサービス」と題して40分でざっと紹介させていただいた。 講習の内容は統合データベース講習会AJACS同様、GitHubに。

実は、広島大学東広島キャンパスは初めて。 残念ながら、講習会を午前中にしただけで他に時間がなく、見学とかは全然できなかった。 近くで広島風お好み焼きを食べにいったり、生協で売っていたスケルピョンを捕獲したぐらい。 機会があれば、また行ってみたい。

帰りにバスを間違えて危うく広島駅まで行ってしまいかけるなどもあったものの、予定通りミッションを果たして来た。 公共DBの広く知ってもらうという意味でも、ミッション(mission; 「布教、伝道」)なのかなと思ったり。

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Tateshina wakate 2018

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 09 9月 2018.

若手支援技術講習会2018

2018年9月6-8日、若手支援技術講習会2018に参加。 ずっとこの集まりとは縁がなかったのだが、昨年度ROIS-DS-JOINTというデータサイエンス共同利用基盤施設の活動で共同研究集会「若手カンファレンス:がん研究とデータサイエンスのコミュニケーション」を一泊二日で主催し、こういう集まりがあることを教えてもらって、今回参加させていただくこととなった。 招待講演などではなく、ただの参加者として。 自分の視野を広げる勉強のため、ということで仕事ではなく、有給休暇を取得しての参加で。

元々はがん分野の若手の集まりだったということらしい。 現在では先進モデル動物支援プラットフォームの若手支援技術講習会ということで、神経や発生、免疫の分野の若手研究者が参加して、二泊三日で長野県茅野市蓼科で合宿、というスタイルになっているとのこと。 それらの多岐にわたる分野のお話が聴けた他、主催となっている文部科学省 新学術領域研究 学術研究支援基盤形成 先端モデル動物支援プラットフォーム の各種支援事業に関する紹介もあった。 知り合いの研究者がそういった活動に実は関与していることを初めて知るなど、色々新規に知る気付きがあった。

基調講演的な位置づけのSpecial Scientific Lectureでは、翻訳に参加させていただいたゲノム第4版の監訳者である石川冬木先生がお話しされるなど、私にとってはタイムリーであった。

ポスター発表も議論が盛り上がるよう工夫されてて、比較的近い分野の10人以下のグループに分かれ、それぞれで内容説明と議論を行う形で、その狙い通り予定されていた時間が足りなくなるぐらい議論が盛り上がった。 その発表内容の研究は、次世代シークエンサーDRY解析教本で勉強してできるようになったという方も複数いて、まさに筆者冥利に尽きる、状況。 それを書いた人が、同じ枠でポスター発表している、というのは彼らには不思議に思われたようだが …

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Visit to Kumamoto August 2018

Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 日 02 9月 2018.

熊本訪問2018年8月

熊本へ共同研究打ち合わせに。 それに便乗して、先方にお願いしてセミナーをやらせていただく。 「トーゴー」でやって来た便利なDBやツールを、まだ知らなかった人に知っていただくキッカケを作りたいという気持ちが半分。 Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)のお礼行脚的な気持ちが半分。

うまく伝えられた!という感じがなくて、ちょっと不完全燃焼。 ちょっと内容を詰め込み過ぎたのが主要因かと。 聴衆が読めない状況ではある程度しょうがない気もするが、反省点を今後に活かしていきたい。 数日前に知り合いになった方も別キャンパスから足を運んでいただいたり、多くの方にお集まりいただき、とてもありがたかったです。 ありがとうございました。

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drbonobon 3rd print

Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 月 13 8月 2018.

Dr.Bonoの生命科学データ解析第3刷

早いもので来月(2018年9月)末で、Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)上梓から丸1年となる。 それを待たずして2018年8月に第3刷と相成った。 typoのほとんどは第2刷の時点で訂正されており、3刷においては2刷の後に見つかったtypoと以下の二点が追加されている。

  • EnsemblとEnsemblGenomesは別物だという追記(p46)
  • ArrayExpressがGEOデータの取り込みを止めた件に関する追記(p52)

Alignment-freeなRNAseqデータ解析に関しても追記した方がよかったかもしれないが、これは次回(or第2版)があれば検討したい。

過去のぼうのブログをベースに教科書としてまとめたこの本を、ここまで多くの方に読んでいただけるとは、著者としては嬉しいかぎり。 ただ、ブログとは違ってその後の情報を加えてアップデートされ、他のエントリとの関連も数多く述べられて、だが。 最大の違いは、現時点で考えられる知識の体系化を行なっていることで、それは成書ならではの産物であろう。 技術的な細かいアップデートは引き続き、英語版のbonohu blogにログを刻んでいっているので、そちらを。

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ROIS DS JOINT INSECT 2nd

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 10 8月 2018.

昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ解析2

ROIS-DS-JOINT共同研究集会として去年度より始めた「昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ解析」を今年度も開催。今回もDBCLS柏にて。2018年8月9,10日に。

2回目ということもあって比較的準備は馴れたものだったが、それでも色々とややこしい事態は発生。今回は開催日に開催地への台風直撃の予報という天災まで。結局、最後で台風は逸れ、2時間開始時間を遅らせただけの被害で無事開催できたのだが。毎度、もうこれで最後にしようと開催直前には思うのだが、終わってみればまたやろう、という気持ちになるのが不思議。

今回も何人かに長く話してもらい、他の参加者は5分間のライトニングトークをするという構成で、全員が話をするという形。JST NBDCによるNGSハンズオン講習会に出た上で、次世代シークエンサーDRY解析教本を読んで勉強したという学生さんの話に、ああやっぱり出してよかったなあと。

古くなった部分があるとはいえ、必要だと思ったことをできる限りカバーしたつもりなので、もっと読んで勉強して欲しいと思ったりもしたものの、これらの書籍やブログ、twitterなどを通して情報発信してきたことが見られているんだなということを再確認する機会ともなった

今回は2日目終了後の午後にAJACSa5柏と称して中上級向けの講習会を連続開催してみた。前回の研究会終わった時に、2日目午前で終了ということなら、午後にも残ってやりたい人だけで講習会をやったらいいんじゃないかと思ったのがキッカケ。内容的には割と高度だったのだが、受講生の皆さんのリテラシーが相対的に高く、また学びたいというモチベーションも高かかったこともあって、予定していた時間よりはるかに早く終わってしまった。もうちょっと発展課題を用意しておくべきだったと反省。

それなりに充実した会になったのではないだろうか。リアルに顔を合わせて話をすると良いことがある、ということが広まるといいな。もちろんここには書けないけどw。

オーガナイザーの横井さん、そして参加者の皆さん …

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GENOMES 4 in Japanese

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 09 8月 2018.

ゲノム第4版

冬休みに宿題として(一部)翻訳した本、ゲノム第4版がamazonに。

英語版の章立てはあるものの、日本語のそれはまだ公開されていない模様(リクエストはした)。

翻訳担当した章はそのうち、

  • 第5章 Genome Annotation (ゲノムアノテーション)
  • 第6章 Identifying Gene Functions (遺伝子の機能を同定する)

実は、前版では元上司たちが担当していた章で、結果としてその後を引き継ぐ形となった。 11年ぶりの改訂ということで、ヒトゲノム解読後であっても新しい技術に関して加筆された部分が多く、CAGE法に関しても第5章で、CRISPR/Cas9を用いた機能解析に関しては第6章に詳細な記述がある。

原著はこちら。

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July2018

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 31 7月 2018.

2018年7月を振り返って

出張が少なかった6月と打って変わって、7月は5月と同じ宿泊回数10日。 国内版バイオハッカソン@徳島がその半分以上の6泊。結果として、AOE関係の仕事はとても進んだのでよかったのだが。

あと、統合データベース講習会AJACS筑波4の講師業。広報活動にももちろん、寄与した。 DB利活用の広報活動的な外部講演は、つくばと徳島のそれぞれの出張に併せて外部セミナーというものを実施したりで、AJACSも含めると7月は3件。出張に併せてやるというのは聞いてもらえる機会を増やすので、今後も積極的にやっていきたい。

公共DBを使いこなした研究も並行してやってきてはいるが、なかなか形にはなっていない。 色々な締め切りがヤマを越して時間が取れそうな来月以降、キッチリ形にしていきたい。

夏休みシーズンを迎えて、Dr.Bonoの生命科学データ解析は細々と売れているようだが、実際に何冊売れたかは今のところ、不明。

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BH18.7

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 20 7月 2018.

国内版バイオハッカソンBH18.7

徳島県徳島市の眉山にあるかんぽの宿で開かれた国内版バイオハッカソンBH18.7に参加。公共発現データ目次AOEの開発維持管理を引き続き取り組む。

一つ目は、NCBI Gene Expression Omnibus(GEO) のより完全なメタデータをAOEで使えるように、GEOからsoft形式のファイルを取得してくるスクリプト群書き。GEOデータのダウンロードの説明ページを参考にしながら、eutilsの使い方をよく知っている同僚に教えて貰いつつ。ダウンロードしてくるべきデータのIDのリストをウェブインターフェースで事前に取得してから100個づつまとめてゲットしてくるやりかたで進めたが、途中で一時停止したり。なかなか思うようにすぐには取得できず。

二つ目は、SRAには登録されているものの、GEOには登録されていないデータに関してもAOEから検索できるようにするというプロジェクト。以前にも数えてみたことがあったが、今回DBCLS SRA APIを使ったやり方に変更し、BioProjectのID単位で数えてみると2万を超えるエントリがあったので、それらがどういうエントリかを詳しくみる手前まで漕ぎ着けることができた。続きは次回以降のSPARQLthonにて。

という感じで、自らのプロジェクトを進めることが今回も出来た。有意義で充実した、素晴らしい五日間だった。セッティングしていただいた、オーガナイザーの皆さん、ありがとうございました。

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AJACS advanced 5th

Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 金 13 7月 2018.

統合データベース講習会AJACSa5柏

毎年やっている中上級向け講習会AJACSadvanced(AJACSa)を今年も開催。今年は、DBCLS柏にて、2018年8月10日の午後に。詳細は案内のウェブサイトを。

今回は(も?)、非モデル生物における配列解析に焦点を当てて。DDBJにデータが蓄積しつつある、転写配列アッセンブリデータベース(Transcriptome Shotgun Assembly:TSA)を利用し、転写単位ごとの遺伝子発現を定量化する方法を学ぶハンズオンを、休憩を含めて4時間ほどでやる予定。

蛇足ながら、中上級向けということで、UNIX操作を一通りマスターした人が対象。次世代シークエンサーDRY解析教本のLevel1-2にある程度を一通りやった方を想定して話を進める予定。もちろん、Bono本の第3章でも構わないのだが。

この話は2018年3月に鹿児島であった第62回日本応用動物昆虫学会大会の小集会「公共データベースを利用した昆虫のデータ解析」で話した「公開されているRNA-seqデータを使い倒すには?」に端を発していて、講習としてやってみたいと思っていた内容。kallistoを使うものの、ヒトやマウスなどの使い方とは違うので、そちら方面しか興味ない方が参加されてもつまらない内容かと。あくまで、ゲノム未解読な新規モデル生物のトランスクリプトーム解析の講習会。

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