IT for Biological Data Analysis in print

Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 火 22 1月 2019.

生命科学データ解析を支える情報技術 印刷中

来月2019年2月9日に発売予定の「生命科学データ解析を支える情報技術」(以下、IT4BDA)、2019年1月22日にamazonにも表紙とより詳細な目次が公開された。

また、技術評論社のウェブサイトにも、IT4BDAのページができてて、表紙の画像や詳細な目次情報も。

なお、twitterのハッシュタグは #IT4BDA。乞うご期待!

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Genomic Expression Archive debut

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 18 1月 2019.

Genomic Expression Archive (GEA) に登録してみた

DDBJがメンテナンスから戻ってきた。 メンテナンスの前に投げてあった遺伝子発現データのアーカイブ、Genomic Expression Archive (GEA)から正式にアクセッション番号が発行されて戻ってきた。

これまでSequence Read Archive (SRA; DDBJではDRAともいうが)にすでに登録しているのであれば、それほど大変な手続きではない。 すでに登録したDRAの番号を入れれば、多くの情報が自動でGEAに書いてもらえるし、ヒトやマウスなどメジャーな実験動物をやっている場合は特に手間は少ないかと。 メタデータもSRAよりはサンプルやRNAの抽出方法など少々詳しく書かないといけないところはあるものの、それほど大変な分量ではなかった。

発現定量値のファイルフォーマットも特に決まっているわけでないようだし。 ここの定量結果を別々のファイルにしてもいいし、それらをまとめてexpression matrixにしてもいいし。 ただ、それらのファイルのMD5をメタデータとしてカラム中にそれを書いて登録しないといけないというのはさすがに気がつかなかったが。

SRAに配列は登録したものの …

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IT for Biological Data Analysis preview

Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 木 17 1月 2019.

生命科学データ解析を支える情報技術 予告編

来月2019年2月9日に発売予定の「生命科学データ解析を支える情報技術」(以下、IT4BDA)、ぼうのブログで本日(2019年1月17日)公開された表紙をいち早く公開させていただきます!

生命科学データ解析を支える情報技術の表紙

以下のamazonにも、まもなく反映されるとのこと。

なぜIT4BDAを書くにいたったか

これまで生命科学データ解析は、これまで主に生命科学系の大学や大学院を出た方が取り組んできたため、生命科学データ解析の教科書やデータ解析の手順書は、そのほとんどが生命科学研究者向けに出版されてきた。私もこれまでは医学生物学系出版社からのみ、書籍を出してきた。

しかしながら、ヒト個人のゲノムの解読が実際に行われる時代となってきており、これまでのように生命科学を修めた方だけでなく、より多くの人たちが生命科学データ解析に関わっていかねばならない状況となっている。

そこで、情報系のバックグラウンドを持ち、情報科学技術に軸足をおいている研究者に執筆陣に入ってもらい、さらにより多くの方、特にITエンジニア向けに、生命科学データ解析の面白さやノウハウを解説したいという想いで本書を書くにいたった。 そう、情報技術系で有名なあの技術評論社から。これまでの生命科学研究者とは違う聴衆(IT技術者を想定)に向けて「生命科学データ解析」を伝えることになるわけ、である。

IT4BDAのダイジェスト

IT4BDAは具体的な応用事例とあわせて、生命科学データ解析にいかに情報処理技術が利用されているかを紹介している。

まず生命科学データ解析とは何かについて、特にそのデータ解析の対象となるDNA配列データを中心に解説(第1章 生命科学データ解析入門)。それは生物のゲノム情報はDNA配列データとして書き込まれているがゆえである。 次に …

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MacMini 2018

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 13 1月 2019.

ぼうのブログ引越し

新しく買ったMacMini2018にサーバー移行作業。

基本、

  • 「画面共有」をオン
  • 「リモートログイン」をオン

にして手元のマシンから。 ブログコンテンツの引越しがメイン。 やったことは以下のような感じ。

SSHの設定

リモートログイン(ssh)を手軽に使うために、公開認証鍵を作成。

# ssh-keygenの実行
ssh-keygen -t rsa -b 4096

ホームディレクトリ以下の.sshディレクトリに出来たid_rsa.pubファイルの中身を、リモートマシンのホームディレクトリ以下の.sshディレクトリにあるauthorized_keysというファイルに書き込む。 そのファイルがなければ作成する。 すでにそのファイルがあれば、追記(1行1エントリ)。 その際気をつけるのが、そのファイルは自分しか見えないようにパーミッションを変更すること。

# chmod authorized_keysファイルのパーミッション変更
chmod 600 ~/.ssh/authorized_keys

ウェブサーバーを自動起動に

Apacheは最初からインストールされているので、 システムの起動と同時に自動でそうなるように …

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Homework in winter vacation 2019

Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 日 06 1月 2019.

冬休みの宿題2019

昨年(2018年)の冬休みは、ゲノム第4版の翻訳が冬休みの宿題で、

  • 第5章 Genome Annotation (ゲノムアノテーション)
  • 第6章 Identifying Gene Functions (遺伝子の機能を同定する)

の2章分。実は、前版では元上司たちが担当していた章で、結果としてその後を引き継ぐ形で、まっさらからではなかったのでそれなりにサボらせていただいた。

実に11年ぶりの改訂で新しい技術に関して加筆された部分が多く、CAGE法に関しても第5章で、CRISPR/Cas9を用いた機能解析に関しては第6章に詳細な記述が。

さて今年の冬休みの宿題だが、来月(2019年2月)に出版される生命科学データ解析を支える情報技術の紹介文を書いていた。

これまで面識がなかった情報科学系出版社の編集者の方にやはりほぼ1年前の2017年12月にStart Python Club主催のPythonオープンサイエンスシンポジウム in つくばでお会いしたところから始まった企画。 ITエンジニア向けに生命科学データ解析を紹介したいという想いで突っ走ってきた。 なれない点も多く色々とあったが、予定通りに進んでいて出版が楽しみ。

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PLOS ONE described in "Houston, we have a narrative"

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 03 1月 2019.

PLOS ONE

昨日のエントリで紹介した本「なぜ科学はストーリーを必要としているのか」のp266には、馴染みの深い論文誌PLOS ONEに関しても言及されている。

プロスワンの編集者たちの基本理念は、掲載論文を「研究の意義(significance)よりも健全・安定性(soundness)」に基づいて受理するというものだ。

その後にある程度はうまくいっている、という研究者のコメントが続いている。「重要性」に基づいて採用されるNature, Scienceとの対比で。

出す側としては意義があると思って出しているんだけどね…。

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Houston, we have a narrative

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 02 1月 2019.

なぜ科学はストーリーを必要としているのか

2018/11/10-11/14に参加したアメリカ昆虫学会の年会。 そのkeynote speech speaker、Randy Olsonさんの著作、やっと完読。

研究者は学会発表のための抄録をはじめとして文章を頻繁に書き、読む人に自分の発見や考えを伝える必要がある。 それらの書き方は場数を踏んで自然と身につけてきている。 現在では、論文に関してはIntroduction,Method,Result and Discussion (IMRAD)という文章構成がほぼ使われるようになっている。 しかし、事実だけを列挙する文章や、否定語で流れを振り回す文章が散見されるのが実態で、その専門家であるおかげでなんとか言いたいことが伝わっているのが現状であろう。 そこで、And-But-Thereforeで文章を組み立て、「ストーリー」を作るABTが本書で提唱され、それを中心とした詳細が説かれている。 単純な私は早速これに影響されて、日常的な書き物をはじめとしてこのぼうのブログを書く際にも意識するようになっている。

ABTに関する記述だけかと思ったが、それは広く科学コミュニケーションに関する話題にまで波及していた。 ちょっと考えればその通りなのだが、科学者にとっては予算獲得にもかかわり、とても大事なことである。 また、「ストーリーを作る」ということに対する反論もバッチリ書かれていて、一読に値するかと。 日本語に翻訳をしていただき、ありがとうございました。

気になった部分をいくつか。

p297真ん中あたり

四六歳位なってからやるよりは …

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Plan 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 01 1月 2019.

2019年の計

あけましておめでとうございます。本年もよろしくお願いします。 年頭恒例にしているその年の計。「2019年、かくありたい」

  1. 公共遺伝子発現DB目次の論文化
  2. プレプリント(BioRxiv)にアップした公共DBのメタ解析研究のデータ更新、そして査読論文化
  3. それらを利用した研究を各方面で進め、グラントを獲得できるように
  4. さらにSNSに割く時間を減らし、情報発信を英語と日本語の両方で

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Review 2018

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 31 12月 2018.

2018年を振り返って

年頭に書いた「2018年、かくありたい」に沿って、2018年の活動を振り返ってみたい。

引き続き、ずっと取り組んでいるメインの仕事、公共DBの全レコードを対象としたデータ解析研究に力を注ぎ、懸案の仕事を論文化したい。

公共DBのメタ解析に関しては長年やってきたことをbioRxivにプレプリントとして2月にアップできた。

さらに関西医科大学 広田喜一さんとの共同研究の論文も1本プレプリントにアップされている。

  • In renal cell carcinoma, cancerous phenotypes linked to hypoxia-inducible factors are insensitive to the volatile anesthetic isoflurane https://doi.org/10.1101/375311

それ以外にも …

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IT for Biological Data Analysis

Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 土 29 12月 2018.

生命科学データ解析を支える情報技術 第一報

予約販売開始は年越しと思われた「生命科学データ解析を支える情報技術」、Amazonに出ていたようで、取り急ぎここ(ぼうのブログ)にも。詳報は後日。

これまでの医学生物学系出版社からではなく、情報技術系(技術評論社)からの出版ということで、これまでの生命科学研究者とは違う聴衆(IT技術者を想定)に向けて「生命科学データ解析」が伝えられる!

なお、twitterのハッシュタグは #IT4BDA

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Nights in hotels 2018

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 28 12月 2018.

2018年出張外泊数

三島勤務になって以来、ここ5年数えて来た「仕事で外泊」した日数。2018年の日数が確定。

その結果、2018年は83泊で昨年より6泊増えて、さらに悪化。

泊数
2017 77
2016 77
2015 65
2014 50

今年も努めて抑制するようにして来たのだが、逆に増加してしまったという結果。

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NARO RCAIT

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 27 12月 2018.

農研機構 農業情報研究センター

農研機構に2018年10月にできたばかりの農業情報研究センターを訪問。 内閣府や内閣総理大臣官邸が眼の前という凄い立地。

「NBDC/DBCLSにおけるデータベース統合化とその活用事例」と題した講演を1時間半ほどさせていただく。 まだ先方specificに何もしていないのだが、統合TVに対する感謝の言葉をいただくなど。 それ以外にも積極的な質問やコメントを数多くいただき。 今後に乞うご期待。

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Bioinformatics primer book edited by Prof. Toh

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 23 12月 2018.

よくわかるバイオインフォマティクス入門

関西学院大学の藤博幸先生編集による「よくわかるバイオインフォマティクス入門」を買った。 藤先生自身は分担執筆されていないようだが…。

というのは、11章を同僚が担当し、「データベース」について書いており、その中身に興味があったから。 これは直接的な理由で、1章「配列解析」に関してどういったアプローチでその話を始められているかにも興味があり、岩部先生さすがだなと。

また、5章「NGSデータ概論」と7章「トランスクリプトーム解析」は、かつて理研時代の同僚でもある東大の門田幸二先生が書かれており、素晴らしい仕上がり。今後のリファレンスとして重宝するのは間違いなかろう。

さらに、自分が手薄な分野に関して、その道の専門家がきっちりとした内容で書かれているので、そこもしっかりと読ませてもらって勉強したい。

見た目にしても、中身に関しても、Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)とは毛色の違う構成になっており、こちらの方がよりadvancedな(踏み込んだ)、専門的な内容となっている。 6章「ゲノム解析」の参考文献にかつて監訳した「ゲノミクス」が挙げられていたり。 蛇足だが、多くの章で次世代シークエンサーDRY解析教本(DRY本) が参考文献として挙げていただいていたのは嬉しかった …

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Bonen2018

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 19 12月 2018.

2018年忘年会

早いもので、忘年会が行われれる、もうそんな季節に。 隣のセンターの長の交代や統合牧場第三のチルドレンの加入など、2018年に起きたさまざまな変化を振り返り、今後どうしていくべきか、考えさせられるいい機会であった。 来年2019年は攻めに出ないといけないかもしれない。

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BioHackathon2018 hackathon day6

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 15 12月 2018.

Biohack18 6日目

午前は今回やったことをdocumentathon。

個人的にはAOE関係でやろうと思っていたことが他のプロジェクトとの兼ね合いで進めれなかったものの、CWLで書くことを教わるということで別の形で自分のプロジェクトを進めることができた。 また、oec014さんが主に進めてくれたCellFishing.jlの件も、これまでスタックしていた案件が今後につながる形で再起動できた感。 終わってみれば、これまでにないレベルでやりがいのある、かつとても実りのあるBioHackathonだった。 教えていただいた側にとっても適用事例の1つとして認識してもらったようで、お互いにとって良かったなと。 これこそがBioHackathonの醍醐味なのだろう。

そして、片付け。みんなでやれば早く終わるという当然の理。

最後は、山陰ひとり旅。

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BioHackathon2018 hackathon day4

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 13 12月 2018.

Biohack18 4日目

AOEのCWL化に取り組む(CWLizationと呼んでる)。 CommandLineToolを2つ組み合わせて、1つのWorkFlowとした単純なものから。

色々なトラップがあったものの、プロフェッショナルの多大なる助言をいただいて、動くようになった。 GitHubにアップロードしてあるので、自動的に可視化できた

そして、いくつかのWorkflowを見直し、同じようなことをしているスクリプトに関して引数を変えるだけで動くように。 今回のCWLizationは、見直しするいい機会になっている。

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BioHackathon2018 hackathon day3

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 12 12月 2018.

Biohack18 3日目

ようやく、Common Workflow Language(CWL)でAOEのindex作成ワークフローを書いてみる。 ネットワークづたいにデータを取ってくるからか、cwlファイルはvalidであっても、コケる。

発現類似性検索プロジェクトの方も、テストデータに対しては動くが、自分でloom形式のファイルを作ってやるとエラーでコケる。 うまくいかないもんだな。

しかし、かつて統合TV黎明期に動画を作成して多大な貢献をしてくれた方と再会。 そのかたが作ってくれた「パワーポイントの図形描画機能でイラストをつくる方法」は直近の1年において統合TVの動画再生数ランキング2位というスーパーコンテンツ。 もう7年も前のコンテンツなのに。 人との繋がり、そして継続してやることの大事さを再確認した次第。 その功績を讃え、手持ちの統合TV本こと、「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」にサインして献本するなど。

いやしかし。初日にT先生が言っていたことと見事にかぶったな…。

Continuation is power

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BioHackathon2018 hackathon day2

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 11 12月 2018.

Biohack18 2日目

Common Workflow Language(CWL)でAOEのindex作成ワークフローを書き直したいとふと思って、取り組む。 cwltoolが入らず。typingが入らないというエラーだったため、一度消去した上でpipで入れ直したり。 テストコードは動くようになったので、いよいよ本格的に、というところでタイムアップ。

裏で、AOEの更新のためのArrayExpressデータのmirrorスクリプト改変。GEOのデータはもう更新されないだろうから、そこをskipするように。

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BioHackathon2018 hackathon day1

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 10 12月 2018.

Biohack18 1日目

会場は引き続き、松江のホテル、バイオハッカソン開始。 AOE周りのやるべき項目をまず、リストアップ。 SRAのRNA-seq取り込み周りは、他との兼ね合いで後回しに。

そこで、CellFishingを手元のマシンに入れ直そうとするが、エラーが出て入らず…。 しょうがないので、研究室のマシンでやることにする。

AOEのAPIに関しても訊かれたので、それもやらねば、というところ。

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BioHackathon2018 symposium

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 09 12月 2018.

Biohackathon2018 シンポジウム

今年は松江で開催のBiohackthon。 しかし電車が人身事後で3時間ほど遅延して、大遅刻。 YouTube Live発信でネット参加しつつ、午後からシンポジウム会場へ。 自分の発表は午後からで間に合った。 発表は去年に引き続き、Lightning talkの5分間でAOE周りを紹介。

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A cure within

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 07 12月 2018.

がん免疫療法の誕生 科学者25人の物語

ふとしたキッカケから、「がん免疫療法の誕生 科学者25人の物語」を献本いただいた。

この本を翻訳するかどうか、という時に出版社から相談を受けて意見したということなのだが、その時はまだ本庶佑先生がノーベル賞を取られる前。 だが、がん免疫療法に関する業界の注目度は高く、検討されているのなら翻訳されたらいいのでは、と軽い気持ちで意見したのが約8ヶ月前。 だが、現在の事態を予測できていたわけでは決してない。

10月頭の今年のノーベル生理学医学賞の発表を受け、急いで本を出されたのだろう。 その脚力には、(統合TV本に関してもだが)本当恐れ入る。 本を受け取ったばかりで、まだまえがきぐらいしか読んでないので、一通り読んだら読書感想文をここにアップしたい。

そして本日(2018年12月7日)は、授賞式当日。 本庶先生、おめでとうございます!! 日本で研究している生命科学研究者として、誇りに思います。

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togotv18 for sale

Written by Hidemasa Bono in togotv18 on 木 06 12月 2018.

統合TV本発売一週間

統合TV本こと、「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」が正式に発売され、流通するようになった。

出版した経緯公式ではないこと、だからtwitterで盛り上げようと書いてきたが、論より証拠、実際に見てもらっての反響がチラホラtwitter上にも出出した模様。 ぜひ、ご意見等は以前にも書いたハッシュタグ#togotv18をつけてtweetしていただけれると大変見つけやすくなってありがたい。

それによると、これまで知らなかった人が、紙の書籍から入るというのがスムーズな統合TVの動画への誘いなのかなと。 YouTubeにあるから検索して見てね、よりは障壁が低いのかなと。 そのような話が今後も出てくるといいな、と。

ほとんどスクリーンショットで文字が少ないからか、まだほとんど見つかってない誤植だが、今後見つかってくると思う。 それは見つけ次第、twitterのハッシュタグ #togotv18 をつけて呟いていただけるとありがたい。 増刷等あった時に訂正しますので。

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Impression on 41st annual meeting of the molecular biological society of Japan

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 01 12月 2018.

第41回日本分子生物学会年会を終えて

今年も日本分子生物学会年会(分生)が終わった。

例年通り、NBDC/DBCLSはブース出展、今年も日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーの一部で展示会/ポスター会場の一角にて。 データ解析よろず相談待機をしていたが、いる時にはほぼ相談もなく。

また今年もワークショップ(2PW1-15 いかにして公共データベースを生命科学研究に活用するか? )のオーガナイザーを務めた。2日目の午後の時間帯で、 昨日のエントリにも書いた通り、予想をはるかに上回る参加者に参加いただいた。 関心が高まっているのか、それとも年会が関東開催で、開催した時間帯も良かったせいなのか。 それはわからないが、とにかくたくさんの人に公共データベースを活用することに関して話を聞いてもらえたのは、純粋にとてもよかったと。

調べてみると、2009年の第32回日本分子生物学会年会にて中村保一さんと共に初めてワークショップ「ウェット研究者が情報技術的に自立するために:統合データベースプロジェクトからの提案」をオーガナイズしてから、毎年ワークショップを提案してきた。 それももう10年ほど続けていることになる。 もちろん採用されなかった年もあるが。

しかし、いつまでもだらだらと続けるのもよろしくないし、有志で企画してきた統合DB関係ワークショップは一度止めてみようかと。 誤解があるといけないので蛇足ながら書き加えると、統合DB関係のワークショップがまったく無くなるのではない。 バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)が企画するワークショップが開催されるようになってきたので、来年以降は自分は企画しない、単にそれだけである。 今後は …

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41st annual meeting of the molecular biological society of Japan day3

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 30 11月 2018.

第41回日本分子生物学会年会3日目

本日11月30日(金)で、最終日の3日目。

昨日はオーガナイズしたワークショップ、2PW1-15 いかにして公共データベースを生命科学研究に活用するか? が行われた。 これまでになく多くの方に参加いただいた。 その証拠に、パンフレットは200部用意してもらったが、始まる前にそれはなくなり、50部追加してもらったが、それも全部はけた。 つまり250人以上は来ていた、ということで、公共データベース利活用への関心の高まりを再確認。

日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーにてNBDC/DBCLSもブース出展しており、これも今日まで。 提供しているサービスの紹介とデモのほか、データ解析よろず相談をやっており、今日も基本その近くで待機する予定。

また、監修した本「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」の先行発売も本日午後3時半まで。 ここを見たといえば、買った本にサインしますので。

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41st annual meeting of the molecular biological society of Japan day2

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 29 11月 2018.

第41回日本分子生物学会年会2日目

本日11月29日(木)、2日目。

今年も日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーを展示会/ポスター会場の一角にてやっており、NBDC/DBCLSもブース出展しております。 提供しているサービスの紹介とデモのほか、データ解析よろず相談をやっており、今日も基本その近くで待機しているかと。

ただ本日は、DBCLSニュースにも出していただいたように、15:45-17:15に第15会場(5階 501)にて、2PW1-15 いかにして公共データベースを生命科学研究に活用するか? と題したワークショップのオーガナイザーを務めます。その概要は以下の通り。

オープンデータ、オープンサイエンスの潮流の中、生命科学研究における公共データベース(DB)は自らのデータを発表する場所としての役割も担うようになってきており、それらをいかに活用するかが研究をうまく進める鍵になってきている。そこで、どのように有用なDBを利用・維持していけばよいのかを実際にうまく利用している研究者やデータベースの運用に関わる研究者を交えて議論する場としたい。

監修した本「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」が先行発売中。 ここを見たといえば、買った本にサインしますので、気軽にお申し付けください。

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41st annual meeting of the molecular biological society of Japan day1

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 28 11月 2018.

第41回日本分子生物学会年会1日目

本日2018年11月28日より、今年の日本分子生物学会年会(分生)。 そして、自らの執筆し、監修した本「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」が先行発売、そして今日の12:00-13:00にサイン会が展示場 書籍売場 [B06] メディカル・サイエンス・インターナショナル(MEDSi)の書籍ブース行われます。

午後のポスター時間帯は、ディスカッサーというポスター発表を盛り上げるボランティアとしてポスター会場にいるのではないかと。

そして、それ以外の時間帯は、NBDC/DBCLSの出展ブースに。 日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーが展示会/ポスター会場の一角にて、今年も特別企画としてあるのだ。 提供しているサービスの紹介とデモのほか、データ解析よろず相談をやってますので、参加される方はぜひお立ち寄りを。 ただ、当方人見知りなので初対面の方には素っ気ないかもしれませんが、何卒ご容赦のほどを。

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41st annual meeting of the molecular biological society of Japan

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 27 11月 2018.

第41回日本分子生物学会年会0日目

いよいよ今年の日本分子生物学会年会(分生)が明日2018年11月28日から。

例年通り、NBDC/DBCLSはブース出展、今年も日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーの一部で展示会/ポスター会場の一角にて。 提供しているサービスの紹介とデモのほか、データ解析よろず相談をやっており、年会中は基本そこに居るはず。

また、年会会場にても、DBCLSニュースにも出していただいたように、2日目の11月29日(木) 15:45-17:15に第15会場(5階 501)にて、2PW1-15 いかにして公共データベースを生命科学研究に活用するか? と題したワークショップのオーガナイザーを務めます。その概要は以下の通り。

オープンデータ、オープンサイエンスの潮流の中、生命科学研究における公共データベース(DB)は自らのデータを発表する場所としての役割も担うようになってきており、それらをいかに活用するかが研究をうまく進める鍵になってきている。そこで、どのように有用なDBを利用・維持していけばよいのかを実際にうまく利用している研究者やデータベースの運用に関わる研究者を交えて議論する場としたい。

参加される方はぜひお目にかかりましょう。 ただ、当方人見知りなので初対面の方には素っ気ないかもしれませんが、何卒ご容赦のほどを。

あと、私事ですが、監修した本「生命科学データベース・ウェブツール …

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togotv18 for whom?

Written by Hidemasa Bono in togotv18 on 月 26 11月 2018.

誰のための統合TV本?

統合TV本こと、「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」に関して、出版した経緯公式ではないこと、だからtwitterで盛り上げようと書いた。 自分は関係ない、とお考えの方もいるかもしれない。 しかし、全ての生命科学研究者のための本だということをここで伝えたい。

もちろん、研究室に配属されたばかりの入りたての学部学生や修士課程の大学院生に向けて、Part1 生命科学系研究室の新人が絶対に知っておくべき5 つのツールが書かれている。 しかし、このようなコンテンツを必要としているのは当の新人だけでなく、それを教える上級生や先生方であるのは、これまでに教えた経験のある方ならわかることだろう。 教えるための情報が整備されているのは両方の立場の人にとって有用だからだ。 この本からDOIでリンクされている統合TVの動画は再生を止めれば待ってくれるし、また何回でも見れるし。

また、Part3 生命科学系データ解析の現場で,押さえておきたい「鉄板」ツールPart4 ビッグデータ時代の疾患ゲノム解析で使いこなしたいデータベースで紹介されているDBやツールは知っていて損はない。 自分の研究を支持する事実となったり、これまで思いもしなかった示唆があったりするかもしれない。 研究を始める新人さんにとっては、どういったことを研究するか、データベースから見つけられるかもしれない。 本書のガイドをきっかけに研究が始まった、なんてことが起こるといいなあと妄想したり。

新人のためだけでなく、現役の研究者の皆様にも参考になるコンテンツが満載で、そういう意味で …

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Therefore support togotv18 by twitter

Written by Hidemasa Bono in togotv18 on 日 25 11月 2018.

だから、twitterで統合TV本を盛り上げよう

統合TV本こと、「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」に関して、出版した経緯と、公式ではないことを書いた。

だからNBDCDBCLSの公式受付窓口に統合TV本に関することを問い合わることはしないで欲しい。 代わりに、意見やメッセージがある場合は以下のハッシュタグをつけてtwitterで気軽につぶやいて欲しい。 twitterのハッシュタグは#togotv18と出版前から決めてすでに使っており、書籍の中にも明記されている。

統合TVはtwitterに支えられて開発してきた。 新しい動画ができたときに告知し、見てもらうキッカケを作ってきたのはtwitterだ。 それだけでなく、twitterは動画作成のアルバイトをしてくれる人を集める場としても活躍してきた。 余談だが、現在も統合TVの動画や静止画作成のアルバイトを募集している。

また、アルバイトにいつ来てくれるかといった連絡も当初はtwitterでのやりとりで全部やっていた(現在はslackでのやりとりに移行してしまっているが)。 その結果、twitterを通じて多くの人と知り合いになった。 学会の年会やオフ会を通じてtwitterの外での交流も数知れない。 中にはそれがキッカケとなって共同研究が始まり、一緒に論文を出した例すらある。 twitterに支えられてきたのは統合TVだけでなく、何を隠そう、この私自身なのだ。

だから、せっかくの機会なので学会年会で声をかけて欲しい。 それを楽しみに今年もDBCLSブースでデータ解析よろず相談に居るので。 ここを見たといえば …

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