19th Workflow Meetup 4

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 16 8月 2019.

お盆thon最終日

最終日の4日目も昨日に引き続き、vscodeでlive shareしつつ。 audioをonにするとwrap-upまでshareできてしまうという。

その際話題になったのが、condaで入れたcwltoolはバージョンが古いということだったが、どうもbiocondaチャンネルのcwltoolのバージョンが最新でも2018年製のそれでの模様。 conda-forgeチャンネルのは2019年製のそれにアップデートしているようだった。 なので、cwltoolのインストールは conda install -c conda-forge cwltool で良いのでは …

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19th Workflow Meetup 2

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 14 8月 2019.

お盆thon2日目

実は、昨日にもやっていたのだが、vscodeのlive shareを使って、会場にいない人とも共同作業。 今日は、CWLを書くところを、Dockerfileを書くところから live codingしていただいて大変参考になった。 しかもlive shareにaudioまで加わって、実際にやって …

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ROIS DS JOINT INSECT 3rd

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 09 8月 2019.

昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ解析3

ROIS-DS-JOINT共同研究集会として2017年度より始めた「昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ …

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AJACS advanced 6th done

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 27 7月 2019.

統合データベース講習会AJACSa6河内を終えて

大阪府枚方市の関西医科大学にて、2019年7月25-26日に開催した、中上級向け講習会AJACSadvanced(AJACSa)のAJACSa6河内が終了した。

salmonの実行だけなら30分ほどで終了してしまうセミナーとなってしまうところだが、RUNデータの取得やSRAからFASTQへのフォーマット変換、トリミ …

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AJACS 77th

Written by Hidemasa Bono in togotv18 on 金 05 7月 2019.

統合データベース講習会AJACS番町3

10年以上やっている統合データベース講習会AJACS。 元々はDBCLSが「統合データベースプロジェクト」の一環でやっていたデータベース講習会から始 …

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June2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 30 6月 2019.

2019年6月を振り返って

前半は、5月から実行してきたメタ解析。 Dockerなスクリプトのikraを使ったわけだが、FASTQの取得を別でやったこともあって最初に書いたらそれで終わり、というわけにはいかなかった。 取得失敗するエント …

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QuickLook

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 29 6月 2019.

less-less なファイル操作

ファイルシステムにあるファイル(多くはダウンロードしてきたファイルだが)の中身を確認す …

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Install pelican with markdown

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 21 6月 2019.

PelicanをMarkDown付きでinstall

condaの不具合から一度全部アンインストール。 そのため、このブログが更新できなくなってしまったので、再度pelicanをインストール。 単純にpelicanをcondaで入れればいいだけでなく、MarkDownも必要。

#!/bin/sh
conda install pelican
conda install MarkDown

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JSGEDIT 4th

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 05 6月 2019.

日本ゲノム編集学会第4回大会

東京(船堀)開催だったというのもあって、初めて参加。 有用物質生産や育種での応用を調査す …

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ikra revisted

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 22 5月 2019.

ikra再び

tximportで定量する部分を使わせてもらった、阪大医学部Python会のyyoshiaki氏によるikraであるが、また別プロジェクトで使わせてもらうことに。 Docker以外は特にデータ解析ソフトウェアをインストールしていない環境で手っ取り早くsalmonによる発現定量をしたかったため …

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Always on SSL for AOE

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 16 5月 2019.

AOEのHTTPS化

業界の多くのウェブページがHTTPS化する中、取り残されていた。 特に必要性を感じなかったからだが、やはり多くの人にそのサ …

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Jet Lag in 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 15 5月 2019.

時差ボケ

今回は13時間時差のあるところに5日間(4泊)だったのだが、やはり帰ってきても時差ボケに。 いつもなら帰ってきても欠かさずmelatonin投与してそれほどでもなかったのだが、今回はそれ …

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Apple Watch Theater mode

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 12 5月 2019.

Apple Watchのシアターモード

Apple Watchを普段から愛用している。

hoge

これまでApple Watchをつけて飛行機に長時間乗るとすぐに電池が消耗し、しかも飛行機によくついているUSBにApple Watch磁気充電ケーブルをさして充電しても全然充電が進まないどころか、むしろ電池が減るという事態に。

hoge

それをtweetしたところ、シアターモー …

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The Biology of Genomes 2019 day5

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 11 5月 2019.

The Biology of Genomes 2019 day5

meeting最終日。 来た日には、5日間もあって長いなあと思っていたが、実際にはあっという間だった。

全体的な雑感としては、順調に女性参加者の割合が増え …

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The Biology of Genomes 2019 day3

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 09 5月 2019.

The Biology of Genomes 2019 day3

Population Genomicsのセッションを聴いていて、ゲノムデータを使った研究の広がり、を感じた。 その使った研究がもっと増えていかねば。 もちろん …

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The Biology of Genomes 2019 day2

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 08 5月 2019.

The Biology of Genomes 2019 day2

ポスター発表は会期中の2,3,4日目に、毎日日替わりで、発表者のLast Name、アルファベット順。 ということで、Bから始まる私は初日に。

2日目だとバッチリ日周期(circadian …

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what is tilde

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 03 5月 2019.

チルダ

電子メールなどの文書には出てこないがUNIXコマンドラインで出てくる文字として、~がある。 読み方は、「にょろ」ではなく、「チルダ(tilde)」である。

かつてはウェブ …

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what is backquote

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 02 5月 2019.

バッククオート

クオート(quote)にはシングル(')とタブル(")があるのはよく知られているだろう。 実は、さらに第3のクオートが存在する。 それがバッ …

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how to type backslash

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 01 5月 2019.

バックスラッシュを打つ設定

新学期でUNIXコマンドを使い始めた方も多いだろう。 その際によく受ける質問で最近気になっているのは、アルファベットや数 …

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Exit Wordpress

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 30 4月 2019.

過去のブログコンテンツの統合

休日ともなると余裕ができる。 一年前からの懸案である、WordPressで作りためたコンテンツの統合。 再開当時はWordPressのXMLからmarkdownへの移行ツールが見つけられなかったが、今ならどう …

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