Statistical genetics 2019 day1

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 14 11月 2019.

第4回ゲノムコホート研究における遺伝統計学 1日目

ゲノムコホート研究における遺伝統計学の朝は早い。午前8時スタートいう気合の入りよう。関係者 …

アノテーソン2019

Annotatho(n=Annotation+Marathon)もこれで3回目。今回は、前回までの三島の遺伝研から場所を改めて、柏の葉キャンパス駅前のDBCLS柏にて …

RNAseqレシピ本の章立て

本日（2019年11月11日）に「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」（以下、RNAseqレシピ本）の表紙イメージと章立てが出版社（羊土社）のウェブページとAmazonで公開された。サムネールは準 …

RNAseqレシピ本とは

RNA-Seqが遺伝子発現測定手法として使われるようになって久しい。 2016年には、実験医学別冊としてRNA-Seq実験ハンドブックが出版され、RNA-Seqを利用したさまざまな実験手法が日本語で紹介された。私も「RNA-seqはこうして誕生したーそしてデータ再利用へ」と題したコラムを寄稿させていただき、著者の一人となっている …

次世代シークエンサーDRY解析教本改訂第2版第一報

言わずと知れた「次世代シークエンサー DRY解析教本」であるが、2015年9月の出版で色々と古くなっていた点も多く。特にRNAseqのTopHat→Cufflinksによるデータ解析など、使われなく …

RNAseqレシピ本第一報

2018年末より企画を開始して、多くの達人たちに依頼してきたRNA-Seqデータ解析のレシピが詰まった本が「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」として今月(2019年11月)末に発売開始されることが決まった。

著者による略称は、「RNAseqレシピ本 …

Talk on Comparative Insect Transcriptomics

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 04 11月 2019.

虫の会前座＠第42回日本分子生物学会年会

分セーにあわせて今年も開催される「虫の会（本会）」の前座で話します（意訳：第42回日本分子生物学会年会で開かれる「虫の会（まじめ版）6：昆虫 …

第4回RDF講習会

第4回RDF講習会が2019年10月31日に開催。これまでと異なり、今年は市ヶ谷駅に近いほうのJSTではなく、JST東京本部の地下会議室にて。今年も参加して復習。

去年と比べて、さらに洗練さ …

21st Workflow Meetup

21回目の今回も参加。 cwltoolが古いかも疑惑があり、 conda install -c conda-forge cwltool でconda-forgeからインストールし直し。ただ、達人的にはpipやapt-getによるインストールが推奨らしい …

必要な拡張子のファイルだけをrsync

AOEのindexを作成するためにArrayExpressのメタデータだけをダウンロードして使っていたのが始まりだったが、DDBJとの協力関係の下、ArrayExpressのファイル全体をmirrorしてきた。

しかしながら、諸事情あってそれを止めることになったので、AOEの更新のために必要なメタデータだけ取得することに。同梱されて …

Superoxide dismutase down-regulation and the oxidative stress is required to initiate pupation in Bombyx mori

Written by Hidemasa Bono in papers on 月 28 10月 2019.

蛹化が早まる現象の分子メカニズムの一端を解明

東京農工大学大学院農学研究院生物生産科学部門天竺桂弘子准 …

道場本出版1ヶ月

今日(2019/10/26)で日本癌学会学術総会の会場で売り始めてから1ヶ月。その間、2019年10月17日につくばの農研機構でセミナーさせていただいたり、2019年10月20日に大阪梅田にて「生命科 …

「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」読書会 @大阪

2019年10月20日に大阪梅田にて「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」の読書会が開催された。

道場本のまえがきにも書い …

停電からの復帰

bonohu.jpのブログ、マシンが通電して再開。台風19号による停電で約1週間ダウン。停電は早々に直ったようだがうまく自動再起動せず、結局手動で起動。 2019年10月20日の道場本読書会にギリギリ間に合った。

カイコのリファレンストランスクリプトームデータ公開

微力ながら参画させていただいたカイコリファレンスト …

生命科学データ解析セミナー＠農研機構

農研機構の生物機能利用研究部門にセミナーで呼ばれたので、つくばまで遠 …

Japan Spotfire User Group Meeting 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 11 10月 2019.

Japan Spotfire User Group Meeting 2019

去年はほぼ参加できなかったので、2年ぶりのJASPUG meeting。 160人ぐらい参加ということで、15年前ぐらいに始めた時と比べると人が格段に増えた。

分科会の盛り上がりは相変わらず。 GWAS Catalogのデータを再利用 …

トーゴーの日シンポジウム2019

今年で9回目。だが相変わらず、作る側の報告会的な色合いが強く感じられる。使う側に向け …

20th Workflow Meetup

今回も参加。話を聞いて、塩基配列のPSSMはオワコンかと思っていたが、復権するかもしれないかもと思ったり。 zatsu-cwl-generatorを動かして感銘を受けたり。

個 …

第78回日本癌学会学術総会3日目

3日目の最終日の午前にようやく自分の発表が。「公共データベースを活用したDRYながん研究入門 / Introduction to DRY-intensive cancer research that makes full use of public databases」と題して、入門的な話をさせていただいた。癌研究 …

第78回日本癌学会学術総会2日目

午前は、「モデル生物を用いたがん研究の最前線／Cutting edge of cancer research from model organisms」のシンポジウムに共同研究者の発表を聞きに …

第78回日本癌学会学術総会1日目

2019年9月26日からの3日間、京都国際会館で開催された第78回日本癌学会学術総会に参加。午前には、日本癌学会・日本医療情報学会合同シンポジウム：がんゲノム医療 …

Shizuoka.ngsもくもく会

前回のShizuoka.ngsとはまた別の貸し会議室＠静岡駅前で、Shizuoka.ngsもくもく会が開催された。

これまでのRNA-seqではなく、今回はメタゲノムデータ解析に用いられるQiime2のチュートリアルをみんなでやろうということで。 Oさんをはじめとして参加者によって、チュー …

Mishima.syk#14

14回目となったMishima.sykは7ヶ月ぶりに。場所はいつものプラザヴェルデ4階の会議室にて。

今回は、ちょうど阪医Python会の3人が三島合宿にきていたということもあり、彼らにも話してもらう機会を得た。彼ら …

OUM-python club in-turn 2019 autumn

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 17 9月 2019.

阪大医Python会秋合宿＠三島

半年前の春合宿に引き続き、阪大医Python会の優秀なる2人の医学部生が、秋合宿と称して職場に来襲。 9/17-21までの5日間滞在。ただし、最終日は職 …

Smart watch for blood pressure measurement

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 14 9月 2019.

血圧測定もできるスマートウォッチ

2019年9月発表のApple Watchの新機種に血圧測定機能を期待していたのだが、それは付かなかった。今月末で消費税も上がるので、失意の中、次な …

DrBonoDojo will be sold in JCA78

Written by Hidemasa Bono in drbonodojo on 金 13 9月 2019.

道場本は今年の第78回日本癌学会学術総会で販売開始

「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本は本日いよいよ印刷に入った模様。発売日は、2019年9月27日となっているが、2019年9月26日〜28日に京都国際会議場である第78回日本癌学会学術総会で …

Biohack19

今年のBiohackathonは福岡で開催。日曜日の公開シンポジウムで始まり、続く月曜日から土曜日まで丸1週間ハッカソンといういつものスタイ …

道場本の章立て

2019年9月4日に、Amazon.co.jpで「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」こと道場本の表紙イメージが公開された。サムネールは準備中の …

道場本第一報

今年(2019年)の年明けより書いていた原稿が「生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場」という名前の本になると正式決定。著 …

IT for Biological Data Analysis: a half year

Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 土 17 8月 2019.

生命科学分野の最新のデータ表現方法としてのRDF

いつの間にか、「生命科学データ解析を支える情報技術」が発売され …

お盆thon最終日

最終日の4日目も昨日に引き続き、vscodeでlive shareしつつ。 audioをonにするとwrap-upまでshareできてしまうという。

その際話題になったのが、condaで入れたcwltoolはバージョンが古いということだったが、どうもbiocondaチャンネルのcwltoolのバージョンが最新でも2018年製のそれでの模様。 conda-forgeチャンネルのは2019年製のそれにアップデートしているようだった。なので、cwltoolのインストールは conda install -c conda-forge cwltool で良いのでは …