PHP×PostgreSQL reloaded

Written by bonohu in misc on 月 21 9月 2009.

改訂版 今すぐ導入!PHP×PostgreSQLで作る最強Webシステム (Gihyo Expert Books)

ちょうど10年前にも同じようにマイクロアレイデータを見せるためのウェブサイトを作るために「手習い」を始めたのを思い出した。しかも同じ著者によるPHPの本で。

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迷惑電話

Written by bonohu in misc on 金 18 9月 2009.

普段滅多に電話がかかってこないうちの部屋に電話がじゃんじゃんかかってきた。それも人間からじゃなくて機械から。よくある話なのではないかと思うが、犯人はFAX。切っても切ってもしばらくするとまたかかってくる。仕方がないので電話がかかってきてもでないで無視することにしたらかかってこなくなった。FAXを送る時は番号をちゃんとチェックしましょうね。

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統合TVも生命科学データベース横断検索

Written by bonohu in misc on 木 17 9月 2009.

でひっかかるようにインデックスされるようになった模様。横断検索して、「統合DBプロジェクト」でデフォルトでは解かれてない階層の中に「統合TV」が項目として存在するように。この生命科学データベース横断検索ではライフサイエンス辞書を用いた日英の単語で同時に検索がなされるため、例えば ”’primer’とかで検索する”と「プライマー」も一緒に検索されて興味深い結果が返ってくる。是非お試しあれ。

ただ、MacOSXなSafariで検索すると不具合があるみたい。治るといいな。

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会議三つ

Written by bonohu in misc on 木 17 9月 2009.

本当はもう一つあったのだが。その後の会議の準備もあってパス。さすがにこれだけあると他には何にもできない。復命届けをきっちり出張翌日に出せた&昼食をいつもどおりしっかり食べられただけでもよしとしたい。

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日本遺伝学会第81回大会

Written by bonohu in misc on 火 15 9月 2009.

もう81回もやっているのか…。何気に初めて参加するこの学会の大会。したがって、「アウェー」での戦い。スタンドからのブーイングに負けずに華麗にプレーしてきたい。

と思ったものの、会う人はこれまで知った人ばかり…でも彼らはここがホームのプレイヤー。私はすっかりこの学会が「ホーム」だと呼んでくれた人にまで思われていたようで当惑したが、自分としては与えられた役割を果たすのみ。ということでいつのも話(遺伝学会バージョン)をたっぷり時間を使って(与えられたのは30分、しかし実際には45分ぐらい)やってきた。とくにアップデートされたDNA目次まわりはリキを入れて紹介してみた。だって、某所の某サービスよりも劇的に速いんですもの。

次世代シーケンサー関係のランチョンセミナーとシンポジウムが階下でやっていたようだが、機械から産生される情報の「洪水」に溺れず生きながらえる手段は教えて下さったのだろうか?結局のところ「次世代」の人材に依るところが大なわけなのだ、どうあがいたって。教育こそがそれに建設的に対処していける手段だと信じて疑わない我々のミニ・シンポジウムに参加された賢者に幸あれ!

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スーパーあずさ29号

Written by bonohu in misc on 月 14 9月 2009.

で松本へ。明日からの日本遺伝学会第81回大会でのお話に備える。「プロジェクト」の説明のスライドを新規に作成。「センター」との関係を鮮明に。

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異種格闘技再開

Written by bonohu in misc on 月 14 9月 2009.

昨日からまた火がついて。パラメタいじってもっと閾値を上のほうで足切りした方がいいように思う。どうせ下の方まで参照しないだろうし、したい場合は再計算した方がよいだろうし。

なぜか生物学でPhDをとったはずのオレが情報科学研究者まがいのことをしている。もっともその状態が15年続いているのだが。いつまでこの「現役」の状態が続けられるのだろうか?

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emobile復帰

Written by bonohu in misc on 月 14 9月 2009.

朝起きてもだめだったので、さすがに今日帰って来たら何らかの対策(iPhoneでテサリング?)をしようかと思っていたら、直っていた…。障害情報にもリストされていないし、どないなっとんねん。でもこれで来週のシルバーウィーク、自宅で仕事ができる目処がたったというもの。一歩下がって、一歩進む。いいような、悪いような。

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明日の朝食

Written by bonohu in misc on 水 09 9月 2009.

どこにもそれとは書いていないが、どうやら北島康介さんのご実家の肉屋さんのそれ。マルチカにてゲット。

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AJACS蝦夷2 2日目

Written by bonohu in misc on 火 08 9月 2009.

今回初の試みの2日目は中・上級者編ということでこれまでの1日だけの講習会では時間が足りなくて紹介できなかったツールやちょっと高度な使い方を中心に。自分は「次世代シーケンサーから得られる遺伝子配列データの解析手法:配列データとしての発現データを扱う解析パイプラインの開発から」という話(&実習)を午前に、galaxyの使い方(実習のはずが…)を午後に担当する。後者はみんな(といっても約10人)でアクセスしたら正常な動作をしなくなってしまったりで実習は断念。講師用マシンのインターネット接続はemobileだったのが幸いしてそちらからアクセスするとうまくいってそれでデモを。アク禁を食らってしまっていた模様。

初めて企画してみた中・上級者編だが、これまでと比して途中での質問の数も多く、好評だったように思う。たださすがにこのレベルにまでなると、解くべき自分の問題を抱えていての参加者がほとんどで、これまでの講習会のスタイルだった統合データベースプロジェクトでの活動を中心に体系的にライフサイエンス分野のデータベースの使い方を教える形にはなりにくいことも痛感。今回やったように事前にアンケートでトピックを募る形が良かったのではないかと。今後この2日間にわたる形を可能であれば実施した方が良いだろう。

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AJACS蝦夷2 1日目

Written by bonohu in misc on 月 07 9月 2009.

去年と同じ部屋なものの、180°回転した状態で。Linux(CentOS)、WindowsXP, VISTAとOSを選べる中からXPで講習。ブラウザもIEをベーシックにFirefoxもインストールされていて良心的(しかしバージョンは2とちと古かったが)。

イントロとしていつもの話をするが、そろそろストーリーを替えた方がいいかも。「特務機関」を全面に出したネタでエヴァ調にしてみるかな…。

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某アブストラクト

Written by bonohu in misc on 木 03 9月 2009.

夢の共演がついに実現。あとは実際に発表してくるのみだ。そこはすべては私にかかっている。役割の重さをひしひしと感じながら、オールジャパンで臨むことができるようになった喜びを、ゆっくりと静かにそれでいて盛大に、爆発させていきたい。

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季節の変化から落伍

Written by bonohu in misc on 木 03 9月 2009.

朝から調子悪かったので、ドーピング。それでとりあえず持ち直していたが、薬が切れてくるとまた駄目に。そして、帰る途中に最悪に。早めに寝ることにする。

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雪パル丼-ome

Written by bonohu in misc on 火 01 9月 2009.

調子に乗ってさらに周りのマシンを「雪」化。多くは上書きインストールしたが、完全に消してクリーンインストールしたマシンも。そうするとこれまでのiLifeとかiWorkが消えてしまうので要注意、ということがわかった。

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WiiなOpera

Written by bonohu in misc on 火 01 9月 2009.

ネットニュースでタダでダウンロードできるようになったと知って、早速落として入れてみる。

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8日ぶりのWiiFit

Written by bonohu in misc on 日 30 8月 2009.

やはり週末しかできない…orz。ヨガをベーシックに、腕立て腹筋などで運動貯金32。体重が1kg増えたっぽいので、継続して減量しないと!

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ネット上に描いた餅

Written by bonohu in misc on 水 26 8月 2009.

今週末某学会年会の抄録が〆切とあって共同研究者からばらばらと送られてきている。ウェットな実験主体のも、ドライなそれなのも、ハイブリッド型なのも。いずれにしても、学会年会の発表はその研究をより多くの人に知ってもらうための「手段」であって、決してそれ自身は「目的」ではない。もちろん学会で発表することを「目標」にして頑張るということはあってしかるべきだし、私自身大学院生時代からそうしてきた。ここでも「手段」が「目的」にすり替えられてしまっていることが疑われる事態を複数散見するに至り、危惧している。発表するだけの進捗もない内容で発表演題が出され、学会発表したという事実を残すためだけとしか思えないのを。そういった発表回数を稼がないと成果がないとみなされてしまうからだろうか?研究成果を公にするという点ではインターネット上に研究結果をわかりやすく発信することでも、いやそちらのコンテンツ発信の方をより評価すべきかと思われる。そういうコンテンツ発信度合いをうまく指標化して多くの人に理解してもらえるようにするのが急務なのだろうな。

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虎の威を借る

Written by bonohu in misc on 火 25 8月 2009.

それほどライフサイエンス関係ではない3人が勤め先にいらっしゃる。東大本郷キャンパスツアーをやるということで。職場の宿主というか、実は非常勤先の大学でもあったりするところの七光りで。

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対偶

Written by bonohu in misc on 月 24 8月 2009.

結婚する方がいいのは金持ち。そんなことを言う奴が日本の首相だなんて。なんだかなあ。

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