GI1日目

Written by bonohu in misc on 月 26 10月 2009.

abstract bookの厚さから参加者のみならずポスター発表者の数が多いことがうかがいしれるレベル。そのなかでなんと幸運なことにこれまで泊まったことなかった食堂の真上の区画に泊まることに。ここはそれほど広くないが、勉強机とベッドを備えた一人部屋。シャワーとトイレはこの区画みんなで共有の模様。かなり快適。そういえば、abstract bookの地図もこれまでの単色からカラー版に変わっていた。

会議初日はアッセンブリの話。Transcriptome assembyの話もあったが、もちろんリファレンスゲノムがある場合にはマッピングした方がいいに決まっている。UniGeneとmegaBLASTはとおくになりにけり、といったところか。

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OICR

Written by bonohu in misc on 月 26 10月 2009.

Ontario Institute for Cancer Research。今日お世話になったBiomartのArek Kasprzykだけでなく、BINDをやっていたB. F. Francis Ouellette、HapMapとかReactomeとかWormbaseとかCGI.pmとかいろんなことでこの世界で超有名なLincoln Steinが「常勤で」居る研究所と知り、驚く。ここはこれからはもっとtranlational medicineを目指すBioinformaticsな研究者が集まり、さらに大きくなっていくであろうことを予感した。

トロント大学の古い病院の建物を残す形で建てられたMaRS Buildingと呼ばれる建物は8階建てで上の階の方に3,4フロアーにOICRが入っていて(Biomartなチームは6階に)、その一階にはインスリンの発見でノーベル賞を取った研究者の机が展示されていたり。そのときまで忘れていたが、そういえばインスリンの発見は、カナダ人でした。

うまく再利用されていくものを維持しつづけていく重要性と必要性を再確認した一日だった。使っている技術の一つ一つは普段から自分たちが使っているそれとほとんど違いないものなのだが、帰国してすぐに私と会ってデスクに居る合間にBiomartなソースツリーを自らチェックしている姿を見てそれを仕切るdirectorの凄さを垣間みた。将来、私もそういうdirectorになりたい。そして、うまいこと彼にはめられて(笑)、共同研究が今日スタートしたような感じ。これからどうなっていくのやら…。このトロントの街にはまた来そうな気がした。

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長い一日

Written by bonohu in misc on 土 24 10月 2009.

再び。ACなので機内エンターテイメントが日本人に最適化されておらずむしろ助かる(だが、まだ見ていなかった「おくりびと」はしっかり見たが)。しかもAC110VやUSB電源があって大助かり。それもあってこれを書いていたりする(アップされるのは後だろうけど)。これまで読むべきと思っていて読めていなかった論文を読んだり、科研費の書類を書き直したり。となりのねーちゃんもかわいかったり。ネットがないとこうもいいことばっかりかと思うとこれからネット切るようにしようかなーとか。

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Written by bonohu in misc on 金 23 10月 2009.

私にどうしろというのか。それを減らしたところでそっちに行くかというとそうでもないのではないだろうか?ま、私はそちらに向かっていますが、個性と自主性に委ねるのではなくもっとdirectorがdirectionすべきではないでしょうか。

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「ゲノム解析学」講義

Written by bonohu in misc on 木 15 10月 2009.

代打で、統合データベースプロジェクトについて90分話す。そのとき用いたスライドはこちら。ローカル統合TVの用意をわざわざしていったのに本番で装備しわすれて使えなかったのが大変心名残り。インターネット接続もemobileで回線が細くて遅く、各サービスのレスポンスが悪い印象を与えてしまったのはちょっと残念。

@yag_aysさんによるこの講義のログ。ありがとう、そしてお疲れさまでした!

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統合TVの統合TV 2009年版

Written by bonohu in misc on 木 15 10月 2009.

217ということで、前の時点の倍以上に。そのシステムの適当さを指摘されることもあるものの、コンテンツがないことにはすべてが始まらないのでそちらintensiveに進めて来た結果、現在の姿になったとそういう認識。始めて27ヶ月と半月、大分型が出来てきたと思う。

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口撃再開

Written by bonohu in misc on 火 13 10月 2009.

満を持して、DNA配列との格闘再開。喉が渇くのは気のせいではなかろう。オリジナルなSayaMatcherを久しぶりに動かし、某解析パイプラインを後進に伝授する。

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秋の日は釣瓶落とし

Written by bonohu in misc on 月 12 10月 2009.

週末のプレゼン資料に結局時間がかかってしまう。一年前のそれが使えないぐらいアップデートが多かったということで嬉しい悲鳴なのだが。それの中でも統合TVは去年書いていた数字の倍になっていたのが圧巻だろう。果たして時間内に収まるかどうか。

それ以外も出張事務処理の続き、マシンの置き換えとかやっていたら、あっというまに外が暗くなっていた。

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どうしてDBCLSで「教育」をするのか?

Written by bonohu in misc on 日 11 10月 2009.

よくDBCLSはDB統合のための拠点なのだからDBの構築維持管理だけしていればいいのにといぶかしがられるが、上に対する答えはきわめて簡単。使いたい人もこれから使うべき人も、生命科学分野のDBに関して多くの場合、教育されていないから。そして使って来た人も…。結構昔からバイオなデータのDB化ってなされてきたのに、自分の出したデータしか信じないという信仰の深いこの分野では他人の出したデータを集めたDBなぞを自分の研究に活かすということは軽視されてきた。実はnrを対象にBLAST検索をする時などに他人のシーケンスした塩基配列データを使っているのに、だ。

そういう現実を鑑みて、DBCLSでの私の仕事は「教育人材育成」と研究者向けの「広報」活動だと思ってこの二年ちょいやってきた。統合TVはその最たるものだし、統合データベース講習会AJACSシリーズはオフラインに全国展開したもので、確実に浸透していっていると考えている。またDBCLS HQにおいてg86たちをRAとして出入りしてもらっているのもこの「教育人材育成」の範疇なわけで、数百万から数千万単位で現在は行なわれている研究開発項目の代替手段とは考えていない。野球に例えれば、「育成枠」なわけだ。彼らのなかから「支配下登録」される「選手」が一人でも出ることを願ってやっているわけである。

「百俵の米も、食えばたちまちなくなるが、教育にあてれば明日の一万、百万俵となる」

今日の一枚は統合データベースプロジェクトの成果で、クリエイティブコモンズ・ライセンス 表示 2.1 日本 の下でライセンスされており、自由に使うことの出来る生物アイコンから。

生物アイコン, Copyright(c …

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帰路

Written by bonohu in misc on 土 10 10月 2009.

不思議な縁で学会で一緒だった人とずっと同じ。SFO行きが一時間ほど遅れたが、元々乗り換えに余裕があったためセーフ。SFOからNRTへは約11時間のフライトだったが、飯食って新劇場版エヴァンゲリオン序を見ていたら寝てた。いつものワイン接種と前の日あまり寝れなかったのが効いた模様。そして起きたら二回目の食事の時間で、といういつものパターン。もう一度じっくり序を見終わった頃に着陸態勢に。西に飛ぶのでずっと日が沈まないフライトだったが、日付変更線をまたいだので日が変わって、また元の時間帯に戻ってきた。

NRTからは、ちょうどいつも使う快速がいってしまったところだったのと、N'EXの車両がE259系にこの10月頭から切り替わって新しいもの好きの好奇心とで久しぶりにN'EXに乗ってみた。なんとここでもその人と一緒だったというのは本当の話。乗ってみた感想はすべての座席に一つづつ電源があるし、一部プロバイダと契約しているとWiFiでインターネットも使えるしよさげ。ただ、高い。横浜からだと、N'EXだと一時間半弱で+2290円(特急料金)。快速エアポート成田だと二時間ちょいでグリーンでも+950円(平日料金:土日祝日は750円)。わずか30分ちょいのためにというほどでもない気がするが、一時間に一本しかない快速エアポート成田の谷間の時間帯だったら今後もありかもしれない。

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'The Next-Gen: not only for sequencer but also for human resource'

Written by bonohu in misc on 金 09 10月 2009.

MGED12 で思ったこと。一介のメリーランド大学の大学院生が次世代シーケンサーからの配列データの定量用のプログラムとそのパイプラインを作成し、そのチュートリアルだけでなく講演まで自分でやってのける…10年前にもあった話だが(自分はチュートリアルこそしなかったけれども、10年前にこのPhoenixに来て大学院生ながら口頭発表をしたからそれに近かったといえよう)、逆の立場になるとついその彼と同じ世代のg86たちに発破をかけたくなる。ただ、おそらく彼は自分ですべてそのテーマを嗅ぎ付けて来たわけではなく周りに良い環境があったに違いない。そういういい環境をg86たちには今後作ってやりたいと思った。

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MGED12 最終日

Written by bonohu in misc on 木 08 10月 2009.

我らがR研のKさんが口頭発表。引き続きFANTOMアクティビティとして頑張ってくれているのを見るのは大変喜ばしく。今後どういう展開を考えているのだろう?そこで自分に対して思ったのは、以前の自分を引きずっていてはいけない。自分の役割をはっきり認識して、その部分で活躍できるようにしないと。

思っていた昔のMGEDとはかなり違っていたが、DBCLSの発現統合プロジェクトと最近始めた某プロジェクトを進める上で有用な情報をいろいろと入手できた大変有意義な学会だった。結果として来る前に掲げていた目標は変更する必要がないことを確認できた。むしろ論文にする縛りがない分、早めにどんどん公開していった方がいいような印象すら持った次第。Go for it!

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MGED12 3日目

Written by bonohu in misc on 火 06 10月 2009.

自分のポスター発表。なんとか凌ぐ。新しく始めたDBCLSの発現統合プロジェクト(togoexp)と、DRA(DDBJ Read Archive)との協力体制について早い時期に発表できたことは、いいスタートをきれたと思ってよかろう。これからさらに頑張っていかないと。

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MGED12 1日目

Written by bonohu in misc on 月 05 10月 2009.

チュートリアルな1日。午前にDeep sequencing analysisのtutorial、午後に3つのWorkshop(Submitting UTHS data to GEO/ArrayExpress, MAGE-TAB annotation, BioConductor)。いろいろ新しい有益な情報で知恵熱が出そう。

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Phoenix, AZへ

Written by bonohu in misc on 日 04 10月 2009.

ちょうど10年ぶり。「I'm drunken!」の迷言を産み出したマイクロアレイの会議で行って以来。自分は果たしてあの頃思い描いていた「10年後」になっているだろうか?

いつもどおり、エアポート成田でえっちらおっちら二時間ちょいほどかけてNRTへ。これだけ長いと快速のグリーン車はN'EXの普通車よりもお得な気がする。N'EXだと最寄り駅に止まらないので乗り換えないといけないのも効いているのだが。

最近は一つ手前の空港第二ビルで降りることが多く、終点まで乗るのは久しぶり。出国してからの免税品店の変貌に少々戸惑う。でもいつもどおり、プラスチックボトルなスコッチをJALカード割引にて。現在円高にふれているので、ちょっと多めにUSドルに替えておいた。また月末にも行くしね。

機内は割とすいていて、隣は空いていたぐらい。いつもどおりワインを注文すると自然と寝落ち。気がつくと朝食の時間。やっぱりSFOは近い。SFOは久しぶりだったので国際線の建物が新しくなっていてこれまた驚く。乗り換えで待っていると、NのDなK君に遭遇。一緒にこちら名物クラムチャウダーを喰らいながら某談義。PHXへはなぜかFlight予定時刻より早めに着いて、一路Sheraton Phoenix Downton Hotelへ。 部屋に着くとすぐに寝落ち。気がつくと外は真っ暗。

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Sheraton Phoenix Downton Hotel

Written by bonohu in misc on 土 03 10月 2009.

このホテル、高い割には便利じゃない。すなわち、部屋でネットが無料じゃない、お湯を沸かせるポットがない、テッシュペーパーがデスクの上にない、などなど。メモ用紙も最後の一枚だったり。ありえない。ただ、ロビー付近ではWiFiがフリーな模様。

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壁に耳あり障子に目あり

Written by bonohu in misc on 土 03 10月 2009.

みんな実は良く見ているということが判明。仕事中寝るような行為はこうやって広まっていくのだろうな…。そしてより重要なことに、同じようなことをおもっていることも。これから正念場だろうな…

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小さな世界

Written by bonohu in misc on 土 03 10月 2009.

昨日のそれに追い討ちをかけるように、普段お世話になっている方がそこに関係していることがさらに判明。この世界、すべてつながっていることを改めて実感することに。

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It’s a small world after all!

Written by bonohu in misc on 金 02 10月 2009.

やっぱり世界は狭い、ということが今回の学会参加でも明らかに。まさか、前の前の職場での知り合いが現職場の同僚の前の職場の知り合いだとは…。

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精神と時の同窓会

Written by bonohu in misc on 木 01 10月 2009.

異様に楽しいひとときなのは久しぶりに集合しただけではない気がした。あの、お互い切磋琢磨した時期を振り返り、それぞれのシンカを確認できたからではなかろうか。

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さすが変態牧場!

Written by bonohu in misc on 火 29 9月 2009.

やはりg86な変態たちには、実際にマシンを使って何かをやっている現実を見せるのが一番インパクトがあるようだ。例えばmysql一つとってもそれが実際にどう使われているのか、実際にコマンドを打っているところを見せつけるだけで全然違う。その作業とも言えることをネタに情報系と生物系での温度差に由来する議論が爆裂してとっても楽しかった。そういうギャップを埋めていくことこそが次の世代に求められていることだと思う。自分の旗色をとくに決めつけないで、いろんなことに興味がある、ということでええやん。それでみんなで前に進んでいけるのであれば!

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It’s a small world, again!

Written by bonohu in misc on 火 29 9月 2009.

もちろんありうることだが、まさかのニアミスというか、ハチ合わせ。なす術もなく、素直に自分がそこに居る理由を白状してことなきを得たはずだが…。

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