Bono本はノウハウ本でなく教科書
Written by bonohu in drbonobon on 日 12 11月 2017.
Dr.Bonoの生命科学データ解析に関して、「この本を読んだら、(自分のやりたい配列データ解析)ができるのか?」という質問がちょっと気になっている。
まあ、中 …
Dr.Bonoの生命科学データ解析に関して、「この本を読んだら、(自分のやりたい配列データ解析)ができるのか?」という質問がちょっと気になっている。
まあ、中 …
日が変わってもなお議論。いつにも増してハードな会となった。
自分ですべての「データ」を出すだけでなく、公共データ …
今年は淡路夢舞台国際会議場にて。今年もhypoxia transcriptomeのメタ解析の続きをポスター発表。以前よりは関心持ってくれる人が増えたが、まだまだ。かつてのように …
無線LANのトラブルの中、いくつかのプロジェクトの打合せを進める。
2017年5月以来、半年ぶりに参加。期せずして3冊のPython本の著者の人が話される節目の勉強会30回目で、大変参考になった。その3冊とは、以下の通り。
日付変更線を越えてきたため、私にとっての今日の日は物凄く短く、すぐに終わってしまった。11月1日が37時間あった分のツケ。
カードキーがいきなり磁気が飛んで無反応になるやシャワーのお湯がなかなか温かくならない等、いろい …
日本は祝日らしいが、こちらはとくに祝日でもないので、普通にセッションが朝から晩まで。
最初だけかと思 …
twitterから得た、参加者らしき人のtweetによれば、229の発表があり、そのうち44が口頭発表で残り185がポスター発表とか。 参加者数は345とか。これもtwitter情報。
発表者のLast nameのアルファベット順にポスター番号が振られ、口頭発表も含めて分け …
2017/11/1-4まで Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) で開かれている Genome Informaticsに参加。 隔年でCSHLとWellcome Genome Campusとで開かれていて、今年は米国で。 実は、第1回目に出ていて口頭発表しているという最古参。 し …
セミナーから一夜明けて、また別の研究会の企画打合せ。「昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ解析」は …
セミナー企画ワーキンググループメンバーの担当と …
今日(2017/10/29)で出版から早一ヶ月。小規模な誤植は、有志のみなさんが報告してくれて大変感謝。正誤表としてまとめ、出 …
台風直撃により、前日入り。いろいろ作業を進めて、それぞれそれなりに進捗があったのだが、SPARQLthonでメインでやるべきAOEまわりはほとんど進まず、無念。今年度の開発の仕 …
実質アカデミックフリーになって、自分の共同研究者には便利なツールとして浸透しつつある。 その結 …
今年も、セミナー企画ワーキンググループに入ってやらせてい …
拙著の読書会の企画が公表され、参加者の募集が開始に。ConBio2017(第40回日本分子生物学会年会+第90回日本生化学会大会)の終わった次の週の2017年12月16日の土曜日に、場所は静岡駅前のビルの …
(このエントリは、Mishima.syk#11のLightning Talkネタ)
職場では、GitHubを日常的に使っている。その実例を紹介する。
統合データベース講習会AJACSでは講習会資料が基本GitHubで管理している …
githubに復活したものの、実行が終わらないxenome。他の人も同様な状況らしく。1.0.1に関することとか書かれていたので、ちゃんと見て試そうと思っていたが。そのバー …
気がついたら今年度の後半戦。ちょっとした研究会ラッシュ。これから広報を開始するフェーズの研究会や、旅費の申 …
Dr.Bonoの生命科学データ解析と同じ出版社(メディカル・サイエンス・インターナショナル)から同時に出版された本の一つがこの代謝ナビ …
原因不明だが、ブログをホストしている自宅サーバーがおちてて、ブログへのアクセスやアップデートがこの一週間 …
10月6日はトーロクの日。データを登録し、他の人に使ってもらう機会を増し、データの再利用性を高める機会にすると良い、ということでこ …
今年も巡ってきた10月5日。ということで、「トーゴーの日」シンポジウム。今年も東京大学弥生講堂にて2日間に渡って開催されたが、ポスター発表数が多 …
学会は、視野を広げて話を聞く良い機会であることを昨晩実感したので、それを更に実践。興味はあるものの、普段は聞 …
癌学会2日目は自分のポスター発表。デバネタで発表するのは今回が初めてだが、あくまでもDB再利用研究の実例として。張り付き義務時間になってポスターの前に行っ …
2017年9月28日からの3日間、パシフィコ横浜で開催された第76回日本癌学会学術総会に参加。今回のハイライトは、1年前からこの学会に照準を合わせて取り組んできたBono本の出版。
なんとか間に合ってよかった。
ArrayExpressがaspera経由でのmirrorできなくなっていた件。-Pでポート番号を指定するだけで復活。セキュリティのため、default以外のポート番号になった?
Google documentに直接書いていたことは前のエントリで書いたが、実際どこでBono本を書いていたか?その答えはシンプルで、家がほとんど、である。職場で、ではない。その方が仕事とそ …
いつBono本書いていたのか?本が出るという話を知ったオフラインにあった方によく訊かれる。社交辞令かもしれ …
Bono本の想定読者であるが、基本的には生命科学分野の大学院生やポスドクを想定している。とくに、出版社の名前を見 …
Bono本の著者は私1人であったが、編集者とのやり取りの即時性、ファイルでやり取りした際に原稿に複数のバージョン …
Twitterでの反応を見ていると、思ったよりも多くの方にBono本を出すというtweetがfavられているようで嬉しい半面、過剰な期待を抱かせていないか心配になってきた。出版社の人の許 …
生命科学データ解析界隈で本が出ないなあと思っていたが、これは日本だけじゃなくて世界的にもそのよう …
今後このブログでBono本に触れることが多くなりそうだから、それ関連を探す際の検索性向上の為、Bono本に関するカテゴリーを追加。twitterのハッシュタグ#drbonobonによるtwitter検索と併せて使えるように。
簡単に言えば、ぼうのブログを生命科学データ解析の教科書としてまとめたものが、「Dr. Bono の生命科学データ解析」 こ …
最終日は論文thonということで、今回取り組んだことをまとめて、BioHackathon2017論文のコンテンツをみんなでそれぞれに。参加者の皆さん、一週間おつかれさまでした。
「Dr. Bono の生命科学データ解析」。Amazonに出てしまったので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)にも書いておく。経験上、(amazonでの購入の場合)早く読みたい場合は予約 …
4日目は、温泉インフォマティクス研究会はやはり朝夕の2回開催。修学旅行生が入るという情報もあって夕方早めに。
翌朝になっても計算終わらず。その周りでごちゃごちゃと。 お昼周りを散歩するも、食事できるところは、かつてあった …
温泉インフォマティクス研究会は、朝と夜の2回開催。AOE3にあたるプロジェクトを粛々と進めるも、計算終わらず。
2日に渡るシンポジウムが終わり、ハッカソン開始。 SPARQLthonの時にやってきていたDBCLS SRAとAOEまわりで仕事を進める予定。その前に、まずは温泉インフォマティクス研究会。1日目は、夜に1回の開催。
今年で10回目のBioHackathon。10回目記念ということもあって、いつもならシンポジウムは1日のところ、今年は2日間でしかも東京開催。FAIR Principles (FAIR原則: Findable, Accessible, Interoperable, and Re-usable)で有名なMark Wilkinsonさん曰く、
[The final version of FAIR Principles were crafted by participants of #BioHack15 , led by …
RefEx論文発表のその後の顛末。 論文に関するプレスリリースが、職場(DBCLS)と共同研究先の研究機関(遺伝研)から出され、マイナビや医学関係のニュー …
今回は理研和光にてSPARQLthon開催。諸事情により、今回は今日だけの参加。 サンプル方向の検索実装はBioHackathonで頑張ることを確認。 今回はArrayExpressのデータ更新をしこめなかったため、インデックス更 …
NBDC/DBCLSの遺伝子発現のデータベースというかウェブツール、RefExの論文が公表された。 これは2006年に文部科学省統合データベースプロジェクトが始まったときにすでにその原型があったサービスで、さまざまな測定手法による遺伝子発現データを並べてみるというコンセプトでデー …
2017年8月24日に大阪府枚方市の関西医科大学で統合データベース講習会AJACS河内に講師やTeaching Assistant (TA)として参加。講師としては、「遺伝子発現DBを含む公共オミックスDBの使い方」を担当。1日のみの講習で開始時間も朝早くからで(しかも学長から挨拶 …
生化学若い研究者の会九州支部夏のセミナーの講師に呼ばれたので話しに。5年前に同じく生化学若い研究者の会の夏の学校で話ししたときのものを現時点版にアップデートしてお話し …
xenome続き。indexができたので、それを使って分類。 [shell] xenome classify -T 12 -M 48 -P fuga_in_hoge -i fuga_RNAseq1.fq [/shell] FASTQファイルであるが、どうもbz2圧縮のままでは実行できない模様で、展開してから。
これまで、三島の国立遺伝学研究所で開催して来た中上級向けの講習会、統合データベース講習会AJACSadvancedを、初めて外部(つく …