Japan Spotfire User Group Meeting 2017
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 金 20 10月 2017.
Japan Spotfire User Group Meeting 2017
実質アカデミックフリーになって、自分の共同研究者には便利なツールとして浸透しつつある。 その結 …
SPARC Japan 2017 2nd
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 16 10月 2017.
第2回SPARC Japan セミナー2017「プレプリントとオープンアクセス」
今年も、セミナー企画ワーキンググループに入ってやらせてい …
Bono本読書会
Written by bonohu in drbonobon on 日 15 10月 2017.
拙著の読書会の企画が公表され、参加者の募集が開始に。ConBio2017(第４０回日本分子生物学会年会＋第９０回日本生化学会大会)の終わった次の週の２０１７年１２月１６日の土曜日に、場所は静岡駅前のビルの …
職場でのGitHubの利用法
Written by bonohu in misc on 土 14 10月 2017.
(このエントリは、Mishima.syk#11のLightning Talkネタ)
職場では、GitHubを日常的に使っている。その実例を紹介する。
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統合データベース講習会AJACSでは講習会資料が基本GitHubで管理している …
xenomeその後
Written by bonohu in misc on 金 13 10月 2017.
githubに復活したものの、実行が終わらないxenome。他の人も同様な状況らしく。1.0.1に関することとか書かれていたので、ちゃんと見て試そうと思っていたが。そのバー …
研究会ラッシュ
Written by bonohu in misc on 木 12 10月 2017.
気がついたら今年度の後半戦。ちょっとした研究会ラッシュ。これから広報を開始するフェーズの研究会や、旅費の申 …
代謝ナビゲーション
Written by bonohu in misc on 月 09 10月 2017.
Dr.Bonoの生命科学データ解析と同じ出版社(メディカル・サイエンス・インターナショナル)から同時に出版された本の一つがこの代謝ナビ …
著者版の正誤表
Written by bonohu in drbonobon on 日 08 10月 2017.
原因不明だが、ブログをホストしている自宅サーバーがおちてて、ブログへのアクセスやアップデートがこの一週間 …
第2回RDF講習会
Written by bonohu in misc on 金 06 10月 2017.
10月6日はトーロクの日。データを登録し、他の人に使ってもらう機会を増し、データの再利用性を高める機会にすると良い、ということでこ …
トーゴーの日シンポジウム2017
Written by bonohu in misc on 木 05 10月 2017.
今年も巡ってきた10月5日。ということで、「トーゴーの日」シンポジウム。今年も東京大学弥生講堂にて2日間に渡って開催されたが、ポスター発表数が多 …
第76回日本癌学会学術総会3日目
Written by bonohu in misc on 土 30 9月 2017.
学会は、視野を広げて話を聞く良い機会であることを昨晩実感したので、それを更に実践。興味はあるものの、普段は聞 …
第76回日本癌学会学術総会2日目
Written by bonohu in misc on 金 29 9月 2017.
癌学会2日目は自分のポスター発表。デバネタで発表するのは今回が初めてだが、あくまでもDB再利用研究の実例として。張り付き義務時間になってポスターの前に行っ …
第76回日本癌学会学術総会1日目
Written by bonohu in misc on 木 28 9月 2017.
2017年9月28日からの3日間、パシフィコ横浜で開催された第76回日本癌学会学術総会に参加。今回のハイライトは、1年前からこの学会に照準を合わせて取り組んできたBono本の出版。
なんとか間に合ってよかった。
ArrayExpressのmirror復活
Written by bonohu in misc on 火 26 9月 2017.
ArrayExpressがaspera経由でのmirrorできなくなっていた件。-Pでポート番号を指定するだけで復活。セキュリティのため、default以外のポート番号になった?
Where did I write drbonobon
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 日 24 9月 2017.
Bono本はどこで書いていたか?
Google documentに直接書いていたことは前のエントリで書いたが、実際どこでBono本を書いていたか?その答えはシンプルで、家がほとんど、である。職場で、ではない。その方が仕事とそ …
When did I write drbonobon
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 土 23 9月 2017.
いつBono本を書いていたか?
いつBono本書いていたのか?本が出るという話を知ったオフラインにあった方によく訊かれる。社交辞令かもしれ …
drbonobon for whom
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 金 22 9月 2017.
Bono本の想定読者とは?
Bono本の想定読者であるが、基本的には生命科学分野の大学院生やポスドクを想定している。とくに、出版社の名前を見 …
How did I write drbonobon
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 木 21 9月 2017.
どうやってBono本を書いたか?
Bono本の著者は私1人であったが、編集者とのやり取りの即時性、ファイルでやり取りした際に原稿に複数のバージョン …
drbonobon chapters
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 水 20 9月 2017.
Bono本の章立て
Twitterでの反応を見ていると、思ったよりも多くの方にBono本を出すというtweetがfavられているようで嬉しい半面、過剰な期待を抱かせていないか心配になってきた。出版社の人の許 …
Why drbonobon
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 火 19 9月 2017.
なぜBono本を書いたのか?
生命科学データ解析界隈で本が出ないなあと思っていたが、これは日本だけじゃなくて世界的にもそのよう …
Bono本のカテゴリー追加
Written by bonohu in drbonobon on 月 18 9月 2017.
今後このブログでBono本に触れることが多くなりそうだから、それ関連を探す際の検索性向上の為、Bono本に関するカテゴリーを追加。twitterのハッシュタグ#drbonobonによるtwitter検索と併せて使えるように。
what is drbonobon
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 日 17 9月 2017.
Bono本とは
簡単に言えば、ぼうのブログを生命科学データ解析の教科書としてまとめたものが、「Dr. Bono の生命科学データ解析」 こ …
BioHackathon2017 最終日
Written by bonohu in misc on 土 16 9月 2017.
最終日は論文thonということで、今回取り組んだことをまとめて、BioHackathon2017論文のコンテンツをみんなでそれぞれに。参加者の皆さん、一週間おつかれさまでした。
drbonobon dispatch
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 金 15 9月 2017.
Bono本第一報
「Dr. Bono の生命科学データ解析」。Amazonに出てしまったので、取り急ぎここ(ぼうのブログ)にも書いておく。経験上、(amazonでの購入の場合)早く読みたい場合は予約 …
BioHackathon2017 day4
Written by bonohu in misc on 木 14 9月 2017.
４日目は、温泉インフォマティクス研究会はやはり朝夕の２回開催。修学旅行生が入るという情報もあって夕方早めに。
BioHackathon2017 day3
Written by bonohu in misc on 水 13 9月 2017.
翌朝になっても計算終わらず。その周りでごちゃごちゃと。 お昼周りを散歩するも、食事できるところは、かつてあった …
BioHackathon2017 day2
Written by bonohu in misc on 火 12 9月 2017.
温泉インフォマティクス研究会は、朝と夜の2回開催。AOE3にあたるプロジェクトを粛々と進めるも、計算終わらず。
BioHackathon2017 day1
Written by bonohu in misc on 月 11 9月 2017.
2日に渡るシンポジウムが終わり、ハッカソン開始。 SPARQLthonの時にやってきていたDBCLS SRAとAOEまわりで仕事を進める予定。その前に、まずは温泉インフォマティクス研究会。1日目は、夜に1回の開催。
BioHackathon2017 symposium
Written by bonohu in misc on 日 10 9月 2017.
今年で10回目のBioHackathon。10回目記念ということもあって、いつもならシンポジウムは1日のところ、今年は2日間でしかも東京開催。FAIR Principles (FAIR原則: Findable, Accessible, Interoperable, and Re-usable)で有名なMark Wilkinsonさん曰く、
[The final version of FAIR Principles were crafted by participants of #BioHack15 , led by …
RefEx論文報道
Written by bonohu in misc on 木 07 9月 2017.
RefEx論文発表のその後の顛末。 論文に関するプレスリリースが、職場(DBCLS)と共同研究先の研究機関(遺伝研)から出され、マイナビや医学関係のニュー …
SPARQLthon59 day1
Written by bonohu in misc on 水 30 8月 2017.
今回は理研和光にてSPARQLthon開催。諸事情により、今回は今日だけの参加。 サンプル方向の検索実装はBioHackathonで頑張ることを確認。 今回はArrayExpressのデータ更新をしこめなかったため、インデックス更 …
RefEx論文
Written by bonohu in misc on 火 29 8月 2017.
NBDC/DBCLSの遺伝子発現のデータベースというかウェブツール、RefExの論文が公表された。 これは２００６年に文部科学省統合データベースプロジェクトが始まったときにすでにその原型があったサービスで、さまざまな測定手法による遺伝子発現データを並べてみるというコンセプトでデー …
統合データベース講習会AJACS河内
Written by bonohu in misc on 木 24 8月 2017.
2017年8月24日に大阪府枚方市の関西医科大学で統合データベース講習会AJACS河内に講師やTeaching Assistant (TA)として参加。講師としては、「遺伝子発現DBを含む公共オミックスDBの使い方」を担当。1日のみの講習で開始時間も朝早くからで(しかも学長から挨拶 …
木を見て森を見ず
Written by bonohu in misc on 土 19 8月 2017.
生化学若い研究者の会九州支部夏のセミナーの講師に呼ばれたので話しに。5年前に同じく生化学若い研究者の会の夏の学校で話ししたときのものを現時点版にアップデートしてお話し …
xenomeでclassify
Written by bonohu in misc on 月 14 8月 2017.
xenome続き。indexができたので、それを使って分類。 [shell] xenome classify -T 12 -M 48 -P fuga_in_hoge -i fuga_RNAseq1.fq [/shell] FASTQファイルであるが、どうもbz2圧縮のままでは実行できない模様で、展開してから。
統合データベース講習会AJACSa4つくば
Written by bonohu in misc on 木 10 8月 2017.
これまで、三島の国立遺伝学研究所で開催して来た中上級向けの講習会、統合データベース講習会AJACSadvancedを、初めて外部(つく …
xenomeのindex作成
Written by bonohu in misc on 水 09 8月 2017.
xenome続き。indexの作成だが、以下のように。 [shell] xenome index -v -T 6 -P fuga_in_hoge -H hoge.fa -G fuga.fa [/shell] 最初この実行が終わらず、プログラムが暴走しているのかと思 …
xenomeのインストール
Written by bonohu in misc on 火 08 8月 2017.
xenograft サンプルを分類するツールのxenomeだが、一時期ダウンロードできない状態が続いていたが、githubで復活した模様。 git cloneして、ドキュメ …
gffread
Written by bonohu in misc on 月 07 8月 2017.
Cufflinksパッケージに入っているコマンドgffreadは、以下のオプションでGFF3形式からGTFに変換してくれる。 [shell] gffread hoge.gff -T -o hoge.gtf [/shell] これまで知らなかったが、便利な局面がありそう、ということで。
訃報
Written by bonohu in misc on 日 06 8月 2017.
これまた信じられない訃報。直接一緒に働いたことはないものの、間接的にいろいろお世話になってきたこの分野の …
北大出張
Written by bonohu in misc on 木 03 8月 2017.
どちらかというと、こちらが教える立場であったはずだが、自分的にもいろいろ刺激を受けてきた。それを実現する方 …
SPARQLthon58 day2
Written by bonohu in misc on 金 28 7月 2017.
まず、昨晩飛び込んで来たproofの対処。 ArrayExpressにデータとして明に含まれなくなったINSTRUMENT_MODEL(Sequencerの情報)をSRAのmetadataから抜き出してくる実装をして、githubへpush。コードの整理しなきゃな…。
SPARQLthon58 day1
Written by bonohu in misc on 木 27 7月 2017.
三島にてSPARQLthon。まずは、AOEの拡張で発現データmatrixと格闘。
MEGA début
Written by bonohu in misc on 水 26 7月 2017.
分子系統樹の描画といえば、これまでJalviewで満足してきた。しかしながら、bootstrap値の計算など系統樹描画に限界を感じ、食わず嫌いはいかんと思い立ち、MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis …
土用の牛の日
Written by bonohu in misc on 火 25 7月 2017.
今年からはこれでいく。土用の牛の日は、牛肉(うし)を食べる。
[caption id="attachment_3888" align="aligncenter" width="640"]
160gランチステーキ&190g極みがんこコンビ[/caption]
metadataと格闘
Written by bonohu in misc on 月 24 7月 2017.
オミックスデータ目次となりつつあるAOEでシークエンサー情報の詳細が更新されなくなっている。いろいろ調べた …
統合TV10年
Written by bonohu in misc on 木 20 7月 2017.
統合TVを始めてから10年の月日が経った(「統合TVの歴史」参照)。その間、1,263件の動画を公開した。そのうち、554が講演動画、311が実習の動画。それ以外の約400がスクリーンキャプチャーによるチュートリアル動画ということに。
当初は、チュートリ …
統合TV動画チュートリアルのある論文公開
Written by bonohu in misc on 土 15 7月 2017.
統合TVで使い方チュートリアルを作成し、統合TVから公開したツールf-treeの論文が公開された。
f-treeGC: a questionnaire-based family tree-creation software for genetic counseling and genome cohort studies Tomoharu Tokutomi, Akimune Fukushima, Kayono Yamamoto, Yasushi Bansho, Tsuyoshi Hachiya and Atsushi Shimizu BMC Medical Genetics 20171 8:71 DOI: [10.1186/s12881-017-0433-4](http://doi …
markdownを何で書くか?
Written by bonohu in misc on 金 14 7月 2017.
かなりしばらくぶり(といっても約半年ぶり)に、いくつかの講習会の講師に指名された。そこで、またテキストを作るわ …
異分野のセミナー参加
Written by bonohu in misc on 木 13 7月 2017.
PerkinElmer Japan ヘルスケアITセミナー「病院に於ける医療ビッグデータの活用とその最新事例」に参加。結果として、異分野殴り込み。話題と …