Trinity前処理

Written by bonohu in misc on 火 02 1月 2018.

遠隔作業が可能なので、時間のかかる処理を仕込みつつ。

fastq-dumpでヘッダを変えたFASTQでは、Trim Galore!(cutadapt)によるトリミングが失敗する …

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2018年の計

Written by bonohu in misc on 月 01 1月 2018.

年頭恒例にしているその年の計。「2018年、かくありたい」

  1. 引き続き、ずっと取り組んでいるメインの仕事、公共DBの全レコードを対象としたデータ解析研究に力を注ぎ、懸案の仕事を …

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2017年を振り返って

Written by bonohu in drbonobon on 日 31 12月 2017.

2017年を振り返って。今年は収穫の年であった。

ここのところの懸案だったDBCLSでのメインの仕事の論文が2本出版された。quanto論文RefEx論文である。それぞれGigaScience、Scientific Dataというデータジャーナルと呼ばれる雑誌形態の論文誌。我々の活動を報告する場として今後もお世話になりそう。

このぼうのブログで書 …

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2017年出張外泊数

Written by bonohu in misc on 水 27 12月 2017.

三島に勤務しだした2014年から数えている「仕事で外泊」した日数。本日(12月28日)で仕事納め、というわけで、2017年の日数確定。 去年と同数の77泊。2014年50泊、2015年65泊、と年々増加してきたので、今年は抑 …

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dockerでfastq-dump

Written by bonohu in misc on 火 26 12月 2017.

- Docker

SRAデータの再利用で困っているのでよく聞くのが、FASTQファイルが得られないという声。FASTQファイルでの配布は新規にはされていないので、SRA(.sra)形式でのファイルを取ってきてfastq-dumpコマンドを実行する必要があるわけであるが、このコマンドのインストールが上手く行かなかったりする模様。

そ …

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Bono本第2刷

Written by bonohu in drbonobon on 土 23 12月 2017.

しばらくブログをホストしているサーバーが落ちている間に、Bono本の第2刷が出回り始めていたり。

それにしても9月末の第76回日本癌学会学術総会での発売開始(=出版)から三ヶ月も経たないうちに …

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'今日のワンライナー: Perl -a'

Written by bonohu in misc on 金 22 12月 2017.

今日のワンライナー。普通なら

cut -f1,3 hoge.txt

で済ますところだが、さらなる処理、IDのバージョン情報を取る(s/.d+//)とか必要な場合にPerlで処理したい場合、こんな風に …

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NBRPシンポジウム2017

Written by bonohu in misc on 水 20 12月 2017.

ナショナルバイオリソースプロジェクト(National BioResource Project; NBRP)のシンポジウムに参加。今年度(2017年)から第4期が開始ということであったが、それは5年を1期とするプロジェクトが3回行われ、今年度から4期目が始まったという意味で …

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SPARQLthon63

Written by bonohu in misc on 木 14 12月 2017.

BH17.11の続き。NCBI GEOのメタデータをDBCLS SRAのAPIから取得してこれるよう、AOEのコードを追加。そしてそれらをGitHubにアップすべくまとめたり、ドキュメントを充実させたり。短いコードであってもそれらを書き散らすのは楽し …

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ConBio2017 4日目

Written by bonohu in misc on 土 09 12月 2017.

最終日は、RefExとAOEの口頭発表。今回は@h_ono氏が発表をやってくれた。2年前に同じく神戸で(その時は自分が)口頭発表したときに比べて、disり質問もなく。(今は)公共データを再利用しよう、という流れを …

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ConBio2017 3日目

Written by bonohu in misc on 金 08 12月 2017.

この日には夜に癌研究者の集まりに。毎度研究コミュニティーのsmall world感を感じながらも、初めて会った人にも統合TVすごく使っていた …

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ConBio2017 1日目

Written by bonohu in misc on 水 06 12月 2017.

ConBio2017は初日の午前にいきなり主宰ワークショップ「いかにして『使える』データベースを維持し続けるか?」から開幕。以下のような豪華な演者陣でバイオなデータベース …

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ConBio2017 0日目

Written by bonohu in misc on 火 05 12月 2017.

次の日朝イチで主宰ワークショップだったので、午前にミーティングに出てから午後に移動で、前日入り。それに乗じ …

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BH17.11

Written by bonohu in misc on 金 01 12月 2017.

2017年の国内版バイオハッカソンは熊本にて、11月26日〜12月1日まで。 AOEのコード群をDBCLS傘下のGitHubに移し、書き散らしていたコードをまとめたり、発現定量値を使ったソレを議論したり。その裏で、共同研究 …

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日付変更線

Written by bonohu in misc on 日 05 11月 2017.

日付変更線を越えてきたため、私にとっての今日の日は物凄く短く、すぐに終わってしまった。11月1日が37時間あった分のツケ。

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Genome Informatics 2017 day2

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 02 11月 2017.

Genome Informatics 2017 day2

twitterから得た、参加者らしき人のtweetによれば、229の発表があり、そのうち44が口頭発表で残り185がポスター発表とか。 参加者数は345とか。これもtwitter情報

発表者のLast nameのアルファベット順にポスター番号が振られ、口頭発表も含めて分け …

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SPARQLthon61

Written by bonohu in misc on 火 24 10月 2017.

台風直撃により、前日入り。いろいろ作業を進めて、それぞれそれなりに進捗があったのだが、SPARQLthonでメインでやるべきAOEまわりはほとんど進まず、無念。今年度の開発の仕 …

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xenomeその後

Written by bonohu in misc on 金 13 10月 2017.

githubに復活したものの、実行が終わらないxenome。他の人も同様な状況らしく。1.0.1に関することとか書かれていたので、ちゃんと見て試そうと思っていたが。そのバー …

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研究会ラッシュ

Written by bonohu in misc on 木 12 10月 2017.

気がついたら今年度の後半戦。ちょっとした研究会ラッシュ。これから広報を開始するフェーズの研究会や、旅費の申 …

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第2回RDF講習会

Written by bonohu in misc on 金 06 10月 2017.

10月6日はトーロクの日。データを登録し、他の人に使ってもらう機会を増し、データの再利用性を高める機会にすると良い、ということでこ …

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第76回日本癌学会学術総会1日目

Written by bonohu in misc on 木 28 9月 2017.

2017年9月28日からの3日間、パシフィコ横浜で開催された第76回日本癌学会学術総会に参加。今回のハイライトは、1年前からこの学会に照準を合わせて取り組んできたBono本の出版。

なんとか間に合ってよかった。

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