Kaiko no jikkentan

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 16 3月 2019.

カイコの実験単

Amazonでは2019年3月22日発売予定のカイコの実験単。 この本の企画編集委員をされていた共同研究者よりご恵投いただく。 ありがとうございました。

この本の副題には「生物の授業やクラブ活動で使える実験集」とあり、難しい漢字にはふりがながふられていたり、中高校生向けに配慮されたやさしく書かれた内容である。

共同研究としてカイコの遺伝子配列解析には長年携わってきてはいるものの、生物としてのカイコに対してはまだまだ不勉強で、興味深く読み始めたところ。

p122の実験13「データベースを利用したカイコのもつ遺伝子の相同性検索と分子系統樹の作成」は普段自分自身が書くような内容で、そういった内容が本に収録されていることがとても興味深い。 コンピューターを使ったDRYな実験であり、カイコを飼わなくてもインターネットに繋がったコンピューターがあればすぐにできる。 また、発展的課題として統合TVが紹介されていて、大変嬉しく思った。

オールカラーで写真がふんだんに入っていてこの値段なのだから私などからすると大変お買い得な本ではないかと。

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IT for Biological Data Analysis in stapy 43rd

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 13 3月 2019.

みんなのPython勉強会#43

前回、参加できなかったみんなのPython勉強会。 ここのところスケジュールの都合がつかず、2018年の秋からの新しい会場になってから長い間参加できなかった。

今回は、スケジュールが合ったので、久しぶりに参加。 新しい会場もだが、内容的にもPyLadiesとのコラボmeet upということで、フレッシュな話を聞くことができた。 プレゼン術にしても、対象としている内容についても、自分の凝り固まったそれとは違うものであり、新鮮だった。

まーやさんのお話「PyLadies Tokyo About Us 〜ふんわりコミュニティ論〜」で、PyLadies Okinawaの立ち上げの話を聞いた。 そこで、バイオインフォマティクスなご当地の知り合いに聞いてみたところ、なんとオーガナイザーだとか。 ギョウカイの狭さを勉強会に来てまで思い知るなど。

また、LightningTalkで自ら「生命科学データ解析を支える情報技術」を紹介してきた。 研究会のウェブサイトからもリンクしておいたが、ここにもそのプレゼンを貼っておく。

stapyがきっかけになって出版されることになった本、ということで。 そういった本が他のいろんな分野で続けばいいなと期待。

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drbonobon 4th print

Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 月 11 3月 2019.

Dr.Bonoの生命科学データ解析第4刷

今月(2019年3月)で、Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)上梓から1年半あまりとなった。 そんな今日、第4刷をするという連絡が出版社からきた。

ここのところ、Amazonの「生命科学」カテゴリーでも上位に食い込んでおり、ひょっとしたら教科書と指定されて事前に買っていただいているのかな、と思ったり。

内容としてはぼうのブログなどに言及があったネタがほとんどであるが、ブログとは違ってその後の情報を加えてアップデートされ、他のエントリとの関連も数多く述べられてまとめられているのがこの本である。 すなわち、現時点で考えられる知識の体系化を行なっていることで、それは成書ならではの産物だと最近切に思う。

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IT for Biological Data Analysis 1month

Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 土 09 3月 2019.

生命科学データ解析を支える情報技術 発売一ヶ月

2019年2月9日に「生命科学データ解析を支える情報技術」(以下、IT4BDA)が発売されてから一ヶ月が経った。 これまでの本同様、amazonの「生命科学」や「バイオテクノロジー」カテゴリーでのランキングを見る限り、好調の模様。

ただ、今まで本が置いてあるのを目撃した本屋での陳列が、コンピューターコーナーでなくて、医学書コーナーなのが気になっている。 エンジニアさん向けに生命科学データ解析を紹介する入門書なんだから医学書コーナーでなく、コンピューターコーナーに置いていただきたいのだが。

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RNA-seq data analysis in-turn

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 08 3月 2019.

阪大医Python会春合宿@三島

阪大医Python会の優秀なる2人の医学部生が、春合宿と称して職場に来襲。 3/4-8までの5日間滞在。 その間、共同研究者も彼らの来襲に合わせて来訪して、その打ち合わせもあったり、DDBJミーティングなど、いくつかイベントがあったのだが。

RNA-seqデータ解析合宿、ということでリファレンスゲノムありのデータ解析も、なしのデータ解析も両方とも一通りやってもらった。 その様子は、かつての統合牧場を彷彿するありさまで、GitHubにログを残していってくれた。

かつて統合牧場では、はてなダイアリーにみんなログを残してくれていたのを思い出してたいへん懐かしかった。

富士山撮影

統合牧場の彼らがそうであったように、知識に貪欲で(美味い飯にも)、いろんなことに興味を持ってくれて、我々の方が却って活性化された感。

幅優先探索気味なのは、若さがゆえかな。 ものすごく最先端のことをよく知っている一方で、意外な知識が抜けてて驚くことも多数。 でも今なら、「Bono本のxxページに載っているよ」と返答できるのはいい時代になったな、と実感。

今後もこういう形式のインターンは学生さんの長期休暇を利用して受け入れられるといいな。 旅費などの金銭的な援助もなんらかの形で考えねばならないのが今後の課題。

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The Introductory Bayesian Statistics Course by High School Girl Ranko

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 03 3月 2019.

女子高生乱子によるベイズ統計学入門講座: とある弁当屋の統計技師(データサイエンティスト) 3

かつて職場に大学院生RA(Research Assistant)が多数来てくれるきっかけとなった「Rによるテキストマイニング入門」を著された石田基広先生より「女子高生乱子によるベイズ統計学入門講座: とある弁当屋の統計技師(データサイエンティスト) 3 」をご恵投いただく。

ベントウさんシリーズ3作目。

もちろん今回も共立出版から、なのだが、もっと堅い出版社というイメージを払拭するかのような表紙で。 実際には表紙だけでなく、挿絵にも同じイラストレーターによる絵が内容とキッチリ連動しており、素晴らしい。

前作も前々作も楽しく読ませていただいたが、今回も非常に明快に実例でベイズ統計学入門が説かれていた。 Excel方眼紙に関して例示があり、どういう形でデータを入力すべきかが書かれていて、今後のリファレンスとしたい。 端々にtwitterで話題となっている昨今の大学事情が織り交ぜられており、大変楽しい。 それだけでなく、最近の学問的な流行りなども会話口調で登場人物によって語られており、個人的には知識の整理に有用だった。

次回作、期待してます! (生命科学データ解析とかw)

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NARO NIAS

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 01 3月 2019.

農研機構 生物機能利用研究推進会議

農研機構の生物機能利用研究部門の会議に特別講演に呼ばれたので、つくばまで遠征。 「公共データベースを利用した知の巡りのより生命科学研究」と題して40分話させていただいた。 DBCLS/NBDCでやってきた通算13年の活動に関して、農研機構での活用を意識した形で紹介させていただいた。

私の話のあとには、農業情報研究センターのセンター長がお話しされた。 先駆的なearly adaptorは利用しているが、まだまだこれからというフェーズ。 使うのが当たり前という状態になるよう、これからも働きかけていきたい。

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IT for Biological Data Analysis in dennou

Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 水 20 2月 2019.

生命科学データ解析を支える情報技術の紹介記事

生命科学データ解析を支える情報技術」(以下、IT4BDA)が正式に発売されて早10日あまり。 かねてより用意してあった紹介文(拙作)が、技術評論社のサイトの新刊ピックアップに掲載された模様。 また、ほぼ同時に技術評論社の電脳会議 Vol.193にも同じ文章が組版された形で(p7)。

IT4BDAを紹介するのが大変やりやすくなった!

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Comparative analysis of seven types of superoxide dismutases for their ability to respond to oxidative stress in Bombyx mori

Written by Hidemasa Bono in papers on 火 19 2月 2019.

活性酸素を除去する新型酵素を昆虫から発見

東京農工大学大学院農学研究院生物生産科学部門 天竺桂弘子准教授を中心とした研究グループによる共同研究論文 “Comparative analysis of seven types of superoxide dismutases for their ability to respond to oxidative stress in Bombyx mori” が Scientific Reports に掲載された。

活性酸素を除去する酵素を、カイコガ(Bombyx mori)とタバコスズメガ(Manduca sexta)でタンパク質ドメイン検索して候補を選定、それを生物(ナマモノ)で様々な条件で発現を調べたという研究。 今回も主に、RNA-seqデータ解析とタンパク質ドメインの配列解析で共同研究に貢献した。 もちろん、それらのデータは公共DB(Sequence Read Archive)に登録され、再利用可能なようになっている。 今回のRNA-seqデータは、前回公開したRNA-seqデータの追加分なので、SRAのaccessionとしては別のID …

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IT for Biological Data Analysis 1week

Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 土 16 2月 2019.

生命科学データ解析を支える情報技術 発売一週間

2019年2月9日に「生命科学データ解析を支える情報技術」(以下、IT4BDA)が正式に発売され、流通するようになった。

数日前のエントリにも書かせてもらった通り、発売当日に偶然開催されたMishima.syk#13(第13回三島創薬勉強会)にて、「エンジニアのための生命科学入門本ができるまで」と題してLightning Talkさせていただいた。

また、自分は参加できなかったものの、ちょうどこの一週間の水曜日の夜に開催されたみんなのPython勉強会(stapy)#42の冒頭で、 当該勉強会(stapy)がきっかけになって出版されることになった本として紹介していただいたり。詳細は、数日前のエントリに。

これまでの本同様、amazonの「生命科学」や「バイオテクノロジー」カテゴリーでのランキングは時として一位を取ることもあったりと、好調の模様だが。

twitterのハッシュタグ #IT4BDAに寄せられた意見に「体系的に学べる」が目に付くが、果たしてそうだろうか。 体系的にまとめられないから、イントロダクションと環境構築以外はよく使われている要素技術を列挙しただけという構成となっているのだが。 批判的な内容も出てきてもおかしくないと思っているのだが、そういうのは表に出さないというものなのかな…。

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IT for Biological Data Analysis in stapy 42nd

Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 水 13 2月 2019.

みんなのPython勉強会#42で紹介

自分は参加できなかったのだが、「生命科学データ解析を支える情報技術」みんなのPython勉強会(stapy)#42の冒頭で紹介していただきました。 stapyがきっかけになって出版されることになった本、ということで。

紹介なう

会場に行けなくても、YouTube Liveで参加できる素晴らしい会となりました。

それにしても、twitterのハッシュタグは #IT4BDAだが、今までの本同様、私ばっかりが書いている感じ…。

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Mishima.syk 13th

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 10 2月 2019.

Mishima.syk#13

8ヶ月ぶりに開催されたMishima.sykは今回13回目。 もうすぐ、三島に来て丸5年ということは、この勉強会も約6年やっているということになる。

今回は、知り合いの研究者が関東から遠征してきて研究紹介をしてくれたり、ハンズオンも密度が濃かったということもあって、あっという間に昼の部が終わってしまった感じであった。

自分は、昨日のエントリでも書いたが、勉強会当日(2019年2月9日)に「生命科学データ解析を支える情報技術」(以下、IT4BDA)が発売開始。 図ったかのようだが、実に偶然の一致。 そういうご縁もあって、「エンジニアのための生命科学入門本ができるまで」と題したLightning Talkとして、紹介させていただいた。 IT4BDAを書いた

  • Why?
  • How?
  • For whom?

が新しい情報として上記リンクから公開してあるGitPitchによるプレゼンにも書かれているので、参考まで。

夜の部は、いつも通り素晴らしくオーガナイズされてて、いろんなネタでお話しができて盛り上がったように思う。 ただ今回は、比較的新規参加者が多かったと思うのだが、あまりお話しできなかったのが残念。

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IT for Biological Data Analysis for sale

Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 土 09 2月 2019.

生命科学データ解析を支える情報技術 発売

本日(2019年2月9日)、「生命科学データ解析を支える情報技術」(以下、IT4BDA)発売。 調べてみたら、ちょうど2018年2月9日にIT4BDAを書くことになった(企画案として出していたのが承認された)らしい。

そしてさらに、今日は三島エリアでやっている有志の勉強会、Mishima.syk#13の開催日。 LTでIT4BDAを紹介させていただいた。 題して、「エンジニアのための生命科学入門本ができるまで」

左が紙媒体、右が電子媒体(Kindle)で、出版社のサイトからはPDF版やEPUB:リフロー版も用意されている。 自分の書いたものがKindle版やEPUB版の書籍となったのはこれが初めてなので、とても嬉しい!

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Plan S

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 08 2月 2019.

Plan Sとは

論文を出すことを日常的にしている研究者にとって非常に関わりが深いことなのに、ほとんど知られてないので、ここで取り上げる。 下手な解説を私がするよりも、以下のブログエントリに明快にまとめられているので、そちらを。

解説記事「Plan S:原則と運用」を書きました

ただ、J-STAGEの方は「paywallの中(購読料を払わないと読めない)」。オープンアクセスに関することを書いた総説がオープンアクセスでないという皮肉な状況。 しかしながら、九州大学附属図書館のレポジトリに著者自らが登録されているため、全文読める。本当、ありがとうございます。ありがたくこうやって拡散させていただきます。

図書館情報学系の集まりに顔を出さなかったら、私も知らなかったとは思うものの。 今後イヤでも聞くことになるはずなので、早めに知っておいて損はないかと。

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IT for Biological Data Analysis Kindle version

Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 木 07 2月 2019.

生命科学データ解析を支える情報技術 Kindle版

Kidle版も2019年2月6日に予約発売開始になっていた。PDF版はこれまでも経験あるが、自分の著書がKindle化されたのは実は初めて。うれしい。

出張で受け取れていなかった実物も手元に届き、周りのお世話になった方々への献本を。 それ以外の宅配による献本もTwitterの反応を見るかぎり、順調にいっているようだ。

あとは発売日を待つのみ。

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IT for Biological Data Analysis for pre release

Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 月 04 2月 2019.

生命科学データ解析を支える情報技術 先行発売開始

立春の今日(2/4)、今週末土曜日(2/9)に発売予定の「生命科学データ解析を支える情報技術」(以下、IT4BDA)の先行発売が始まった(模様)。 当該書店さんのtweetを見ただけで、自分では売っているのを見たわけではないのだが。

IT4BDA 先行発売

また、技術評論社のウェブサイトが更新され、「電子化の予定があります」と。

なお、twitterのハッシュタグは #IT4BDAなので、tweetする際には是非ハッシュタグを、よろしく。

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HISAT2 Samtools workflow

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 02 2月 2019.

HISAT2→Samtoolsなワークフロー

以前書いたブログエントリなどを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ。

HISAT2でreference genomeにmappingして、genomeに対するアラインメントを得る場合。 HISAT2のウェブサイトにすでにindexずみのそれがある場合はしなくていいが、まずはindex作成。 hisat2-buildコマンドにて。 reference genome sequenceがhogenome.fa、作成するindexの名前をhogeとすると、

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#!/bin/sh

# HISAT2を使うためのindex作成
hisat2-build -p 12 hogenome.fa hoge

これはコア数が12あるMacProで動かした例(以下全て同じ)で、そこは環境に合わせて。 そして、実際のmapping。

1
2
3
4
#!/bin/sh

# HISAT2の実行
hisat2 -p 12 -x hoge -1 …

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CIBEX data reloaded to GEA

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 01 2月 2019.

かつてCIBEXに登録したデータがGEAで復活

かつてCIBEXという遺伝子発現データベースがあった。 日本での遺伝子発現データベースということで、自分が所属していた研究チームもそこにマイクロアレイによる遺伝子発現データを登録したこともあった(doi:10.1371/journal.pgen.1001019)。

しかしながら、CIBEXは続かなかった。 データ受け付けを停止し、かつてはあったウェブサイトもなくなり、それまで受け付けて来たデータがダウンロードできるだけ、となった。


そして時代は下り、塩基配列解読技術が劇的に進化し、配列解読で遺伝子発現を測定する方法がメジャーとなった。いわゆるRNA-seqである。 塩基配列解読をするため、生データとしてはSequence Read Archive (SRA)に登録すればデータの再現性は担保される。 しかしながら、実際には発現定量したデータも一緒に登録されていなければならない。 そのため、NCBIのGene Expression Omnibus (GEO)やEBIのArrayExpressといった遺伝子発現データベースにそれらの定量データが登録されてきた。

DDBJはDDBJ Sequence Read ArchiveとしてSRAの登録も受け付けているので、配列データを登録した延長上で発現定量データも登録できると便利だということで、2018年にGenomic Expression Archive (GEA)がDDBJの遺伝子発現データのアーカイブとして立ち上がった。

ここで話がCIBEXに戻る。 かつて我々がCIBEXに登録したデータ …

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pre Trinity

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 28 1月 2019.

Trinity前処理

以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ。 リンク先にあるスクリプトがちゃんと動かないので、動くように書き直した。

遠隔作業が可能なので、時間のかかる処理を仕込みつつ。 fastq-dumpでヘッダを変えたFASTQでは、Trim Galore!(cutadapt)によるトリミングが失敗するようなので、仕方がなくTrinity(当時v2.5.1だったが、2019年1月に再度v2.8.3になったので試したが、変わらず)が実行できるようなヘッダに書き換える以下のようなフィルタ(for_trinity.pl)を書いて処理。ペアエンドのみの対応。

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#!/usr …

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blastdbcmd2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 27 1月 2019.

localBLASTのblastdbcmdを使って配列エントリの特定の領域を取得する

以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ、blastdbcmd版。

新規なモデル生物では、ゲノム配列が公開されていても多くの場合染色体ごとに配列が一本につながっていない。 どうなっているかというと、scaffoldという単位でゲノム断片配列が記述されている。

そういった場合でも、コマンドラインで使用する際のNCBI BLASTをローカルにインストールした際に一緒にインストールされるmakeblastdbというプログラムを使ってインデックスを作成、同じくインストールされているblastdbcmdを使ってエントリ名(-entry)と領域(-range)を指定することで、その領域の塩基配列を取得することが可能である。

makeblastdb -in hoge.fa -dbtype nucl -hash_index -parse_seqids
blastdbcmd -db hoge.fa -entry scaffold001 -range 2000-2500

このコマンドでは、一行目でhoge.faファイル(FASTA形式)に対してインデックスを作成、二行目でscaffold001の2000塩基から2500塩基までの配列を抽出する例を示している。 通常のmakeblastdbのオプションに加えて …

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BLAT

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 26 1月 2019.

ぶらっとBLAT

以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ、BLAT版。

BLATはThe BLAST Like Alignment Toolというツールで、UCSC Genome Browser のサイトにあるリファレンスゲノム配列に特化した配列類似性というか配列マッピングツールである。 ゲノム配列中のどこかに着地するという意味を込めて、ゲノムランディングツールとも呼ばれる。 そういうわけで便利なのだが、商用利用にはライセンスが必要なためか、広まっていない。 そういうツールだからHomebrewにはまさか入っていないだろう、と。 ぶらっと

brew install -v blat

してみたら、インストールが始まった…。 なんと、Biocondaにもあるようだ。

conda install blat

商用でなければアカデミア、非商用、個人利用はライセンスいらない模様。 ちなみに

blat refgenome.fa query.fa output.psl

という感じで使い、出力はPSL形式でoutput.psl …

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Make GEA Searchable from AOE

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 25 1月 2019.

GEAをAOEから検索可能に

前にも触れた遺伝子発現データのアーカイブ、Genomic Expression Archive (GEA)であるが、公開データも出てきている。

それらのデータはEBIのOmicsDIからもいずれ検索可能になるらしいが、先回りしてAOEからできるように2019年1月のSPARQLthon76(DBCLSで月1回やっている統合DB関連のミニハッカソン)の自分の課題として取り組んだ。

基本的にArrayExpressと同じフォーマットのデータがGEAから公開されているということでArrayExpressと同様にparseしたものの。 やはりメタデータの記述が若干異なっているようで、全く同じにとはいかず。 一部手動で書き換えてなんとか検索可能に。 簡単にいうと、Last updateが取れなくなっていて、これが致命的エラーに。 よく見るとCommentに書かれているようで、そこからデータを取るように変更する必要あり。 Bioprojectに関しても同様。 先方と相談して直してもらうか、こちらで対処するか決めて、先に進めていこう。

それ以外のindex更新スクリプトも細々としたところを直して、GitHubにpushするなども。 より検索に引っかかるエントリを増やすため、更新ワークフローの延伸にも取り組んでいかねば。

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sequenceserver2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 24 1月 2019.

sequenceserver

需要あるので、以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載。

BioHackathon2015で参加者たちがそれぞれに持ってきた研究紹介のパンフレットを見ていて発見したのが、このsequenceserver。 何の事はない、Ruby製のlocalBLASTのGUIなinterfaceなのだが、これがinteractiveに複数BLASTをかけてそのalignmentの結果をチェックしたい時になかなか便利。

便利だと思っている点をまとめると

  • queryに対してDB中の配列がどのあたりにヒットしたかという、かつてのpaintBLAST的なアラインメントのイメージがトップに出る
  • queryをコピペしたら塩基配列かアミノ酸配列か自動判別してくれる
  • 検索対象のDBが塩基配列系とアミノ酸配列系でリストされ、チェックボックスで選べる
  • 足したいパラメータを追加で指定できる

といったところ。 繰り返して使う時に再度1から設定しないといけない点の少なさがとても良いかと。

BLASTをHomebrewやBiocondaで入れてある前提で、 インストールは、以下のとおり、gem installで。

sudo gem install sequenceserver

だが、これがかなり時間がかかるので、

sudo gem install -V sequenceserver

にしてverboseモードにしたほうが精神衛生上よいかと。インストールできたら

sequenceserver

でサーバー起動、ウェブブラウザも起動して …

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IT for Biological Data Analysis in print

Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 火 22 1月 2019.

生命科学データ解析を支える情報技術 印刷中

来月2019年2月9日に発売予定の「生命科学データ解析を支える情報技術」(以下、IT4BDA)、2019年1月22日にamazonにも表紙とより詳細な目次が公開された。

また、技術評論社のウェブサイトにも、IT4BDAのページができてて、表紙の画像や詳細な目次情報も。

なお、twitterのハッシュタグは #IT4BDA。乞うご期待!

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Genomic Expression Archive debut

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 18 1月 2019.

Genomic Expression Archive (GEA) に登録してみた

DDBJがメンテナンスから戻ってきた。 メンテナンスの前に投げてあった遺伝子発現データのアーカイブ、Genomic Expression Archive (GEA)から正式にアクセッション番号が発行されて戻ってきた。

これまでSequence Read Archive (SRA; DDBJではDRAともいうが)にすでに登録しているのであれば、それほど大変な手続きではない。 すでに登録したDRAの番号を入れれば、多くの情報が自動でGEAに書いてもらえるし、ヒトやマウスなどメジャーな実験動物をやっている場合は特に手間は少ないかと。 メタデータもSRAよりはサンプルやRNAの抽出方法など少々詳しく書かないといけないところはあるものの、それほど大変な分量ではなかった。

発現定量値のファイルフォーマットも特に決まっているわけでないようだし。 ここの定量結果を別々のファイルにしてもいいし、それらをまとめてexpression matrixにしてもいいし。 ただ、それらのファイルのMD5をメタデータとしてカラム中にそれを書いて登録しないといけないというのはさすがに気がつかなかったが。

SRAに配列は登録したものの …

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IT for Biological Data Analysis preview

Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 木 17 1月 2019.

生命科学データ解析を支える情報技術 予告編

来月2019年2月9日に発売予定の「生命科学データ解析を支える情報技術」(以下、IT4BDA)、ぼうのブログで本日(2019年1月17日)公開された表紙をいち早く公開させていただきます!

生命科学データ解析を支える情報技術の表紙

以下のamazonにも、まもなく反映されるとのこと。

なぜIT4BDAを書くにいたったか

これまで生命科学データ解析は、これまで主に生命科学系の大学や大学院を出た方が取り組んできたため、生命科学データ解析の教科書やデータ解析の手順書は、そのほとんどが生命科学研究者向けに出版されてきた。私もこれまでは医学生物学系出版社からのみ、書籍を出してきた。

しかしながら、ヒト個人のゲノムの解読が実際に行われる時代となってきており、これまでのように生命科学を修めた方だけでなく、より多くの人たちが生命科学データ解析に関わっていかねばならない状況となっている。

そこで、情報系のバックグラウンドを持ち、情報科学技術に軸足をおいている研究者に執筆陣に入ってもらい、さらにより多くの方、特にITエンジニア向けに、生命科学データ解析の面白さやノウハウを解説したいという想いで本書を書くにいたった。 そう、情報技術系で有名なあの技術評論社から。これまでの生命科学研究者とは違う聴衆(IT技術者を想定)に向けて「生命科学データ解析」を伝えることになるわけ、である。

IT4BDAのダイジェスト

IT4BDAは具体的な応用事例とあわせて、生命科学データ解析にいかに情報処理技術が利用されているかを紹介している。

まず生命科学データ解析とは何かについて、特にそのデータ解析の対象となるDNA配列データを中心に解説(第1章 生命科学データ解析入門)。それは生物のゲノム情報はDNA配列データとして書き込まれているがゆえである。 次に …

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MacMini 2018

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 13 1月 2019.

ぼうのブログ引越し

新しく買ったMacMini2018にサーバー移行作業。

hoge

基本、

  • 「画面共有」をオン
  • 「リモートログイン」をオン

にして手元のマシンから。 ブログコンテンツの引越しがメイン。 やったことは以下のような感じ。

SSHの設定

リモートログイン(ssh)を手軽に使うために、公開認証鍵を作成。

# ssh-keygenの実行
ssh-keygen -t rsa -b 4096

ホームディレクトリ以下の.sshディレクトリに出来たid_rsa.pubファイルの中身を、リモートマシンのホームディレクトリ以下の.sshディレクトリにあるauthorized_keysというファイルに書き込む。 そのファイルがなければ作成する。 すでにそのファイルがあれば、追記(1行1エントリ)。 その際気をつけるのが、そのファイルは自分しか見えないようにパーミッションを変更すること。

# chmod でauthorized_keysファイルのパーミッション変更
chmod 600 ~/.ssh/authorized_keys

ウェブサーバーを自動起動に

Apacheは最初からインストールされているので、 システムの起動と同時に自動でそうなるように。

# apacheを自動起動するように
sudo launchctl …

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Homework in winter vacation 2019

Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 日 06 1月 2019.

冬休みの宿題2019

昨年(2018年)の冬休みは、ゲノム第4版の翻訳が冬休みの宿題で、

  • 第5章 Genome Annotation (ゲノムアノテーション)
  • 第6章 Identifying Gene Functions (遺伝子の機能を同定する)

の2章分。実は、前版では元上司たちが担当していた章で、結果としてその後を引き継ぐ形で、まっさらからではなかったのでそれなりにサボらせていただいた。

実に11年ぶりの改訂で新しい技術に関して加筆された部分が多く、CAGE法に関しても第5章で、CRISPR/Cas9を用いた機能解析に関しては第6章に詳細な記述が。

さて今年の冬休みの宿題だが、来月(2019年2月)に出版される生命科学データ解析を支える情報技術の紹介文を書いていた。

これまで面識がなかった情報科学系出版社の編集者の方にやはりほぼ1年前の2017年12月にStart Python Club主催のPythonオープンサイエンスシンポジウム in つくばでお会いしたところから始まった企画。 ITエンジニア向けに生命科学データ解析を紹介したいという想いで突っ走ってきた。 なれない点も多く色々とあったが、予定通りに進んでいて出版が楽しみ。

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PLOS ONE described in "Houston, we have a narrative"

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 03 1月 2019.

PLOS ONE

昨日のエントリで紹介した本「なぜ科学はストーリーを必要としているのか」のp266には、馴染みの深い論文誌PLOS ONEに関しても言及されている。

プロスワンの編集者たちの基本理念は、掲載論文を「研究の意義(significance)よりも健全・安定性(soundness)」に基づいて受理するというものだ。

その後にある程度はうまくいっている、という研究者のコメントが続いている。「重要性」に基づいて採用されるNature, Scienceとの対比で。

出す側としては意義があると思って出しているんだけどね…。

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Houston, we have a narrative

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 02 1月 2019.

なぜ科学はストーリーを必要としているのか

2018/11/10-11/14に参加したアメリカ昆虫学会の年会。 そのkeynote speech speaker、Randy Olsonさんの著作、やっと完読。

研究者は学会発表のための抄録をはじめとして文章を頻繁に書き、読む人に自分の発見や考えを伝える必要がある。 それらの書き方は場数を踏んで自然と身につけてきている。 現在では、論文に関してはIntroduction,Method,Result and Discussion (IMRAD)という文章構成がほぼ使われるようになっている。 しかし、事実だけを列挙する文章や、否定語で流れを振り回す文章が散見されるのが実態で、その専門家であるおかげでなんとか言いたいことが伝わっているのが現状であろう。 そこで、And-But-Thereforeで文章を組み立て、「ストーリー」を作るABTが本書で提唱され、それを中心とした詳細が説かれている。 単純な私は早速これに影響されて、日常的な書き物をはじめとしてこのぼうのブログを書く際にも意識するようになっている。

ABTに関する記述だけかと思ったが、それは広く科学コミュニケーションに関する話題にまで波及していた。 ちょっと考えればその通りなのだが、科学者にとっては予算獲得にもかかわり、とても大事なことである。 また、「ストーリーを作る」ということに対する反論もバッチリ書かれていて、一読に値するかと。 日本語に翻訳をしていただき、ありがとうございました。

気になった部分をいくつか。

p297真ん中あたり

四六歳位なってからやるよりは …

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Plan 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 01 1月 2019.

2019年の計

あけましておめでとうございます。本年もよろしくお願いします。 年頭恒例にしているその年の計。「2019年、かくありたい」

  1. 公共遺伝子発現DB目次の論文化
  2. プレプリント(BioRxiv)にアップした公共DBのメタ解析研究のデータ更新、そして査読論文化
  3. それらを利用した研究を各方面で進め、グラントを獲得できるように
  4. さらにSNSに割く時間を減らし、情報発信を英語と日本語の両方で

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Review 2018

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 31 12月 2018.

2018年を振り返って

年頭に書いた「2018年、かくありたい」に沿って、2018年の活動を振り返ってみたい。

引き続き、ずっと取り組んでいるメインの仕事、公共DBの全レコードを対象としたデータ解析研究に力を注ぎ、懸案の仕事を論文化したい。

公共DBのメタ解析に関しては長年やってきたことをbioRxivにプレプリントとして2月にアップできた。

さらに関西医科大学 広田喜一さんとの共同研究の論文も1本プレプリントにアップされている。

  • In renal cell carcinoma, cancerous phenotypes linked to hypoxia-inducible factors are insensitive to the volatile anesthetic isoflurane https://doi.org/10.1101/375311

それ以外にも …

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IT for Biological Data Analysis

Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 土 29 12月 2018.

生命科学データ解析を支える情報技術 第一報

予約販売開始は年越しと思われた「生命科学データ解析を支える情報技術」、Amazonに出ていたようで、取り急ぎここ(ぼうのブログ)にも。詳報は後日。

これまでの医学生物学系出版社からではなく、情報技術系(技術評論社)からの出版ということで、これまでの生命科学研究者とは違う聴衆(IT技術者を想定)に向けて「生命科学データ解析」が伝えられる!

なお、twitterのハッシュタグは #IT4BDA

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Nights in hotels 2018

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 28 12月 2018.

2018年出張外泊数

三島勤務になって以来、ここ5年数えて来た「仕事で外泊」した日数。2018年の日数が確定。

その結果、2018年は83泊で昨年より6泊増えて、さらに悪化。

泊数
2017 77
2016 77
2015 65
2014 50

今年も努めて抑制するようにして来たのだが、逆に増加してしまったという結果。

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NARO RCAIT

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 27 12月 2018.

農研機構 農業情報研究センター

農研機構に2018年10月にできたばかりの農業情報研究センターを訪問。 内閣府や内閣総理大臣官邸が眼の前という凄い立地。

「NBDC/DBCLSにおけるデータベース統合化とその活用事例」と題した講演を1時間半ほどさせていただく。 まだ先方specificに何もしていないのだが、統合TVに対する感謝の言葉をいただくなど。 それ以外にも積極的な質問やコメントを数多くいただき。 今後に乞うご期待。

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Bioinformatics primer book edited by Prof. Toh

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 23 12月 2018.

よくわかるバイオインフォマティクス入門

関西学院大学の藤博幸先生編集による「よくわかるバイオインフォマティクス入門」を買った。 藤先生自身は分担執筆されていないようだが…。

というのは、11章を同僚が担当し、「データベース」について書いており、その中身に興味があったから。 これは直接的な理由で、1章「配列解析」に関してどういったアプローチでその話を始められているかにも興味があり、岩部先生さすがだなと。

また、5章「NGSデータ概論」と7章「トランスクリプトーム解析」は、かつて理研時代の同僚でもある東大の門田幸二先生が書かれており、素晴らしい仕上がり。今後のリファレンスとして重宝するのは間違いなかろう。

さらに、自分が手薄な分野に関して、その道の専門家がきっちりとした内容で書かれているので、そこもしっかりと読ませてもらって勉強したい。

見た目にしても、中身に関しても、Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)とは毛色の違う構成になっており、こちらの方がよりadvancedな(踏み込んだ)、専門的な内容となっている。 6章「ゲノム解析」の参考文献にかつて監訳した「ゲノミクス」が挙げられていたり。 蛇足だが、多くの章で次世代シークエンサーDRY解析教本(DRY本) が参考文献として挙げていただいていたのは嬉しかった …

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Bonen2018

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 19 12月 2018.

2018年忘年会

早いもので、忘年会が行われれる、もうそんな季節に。 隣のセンターの長の交代や統合牧場第三のチルドレンの加入など、2018年に起きたさまざまな変化を振り返り、今後どうしていくべきか、考えさせられるいい機会であった。 来年2019年は攻めに出ないといけないかもしれない。

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BioHackathon2018 hackathon day6

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 15 12月 2018.

Biohack18 6日目

午前は今回やったことをdocumentathon。

個人的にはAOE関係でやろうと思っていたことが他のプロジェクトとの兼ね合いで進めれなかったものの、CWLで書くことを教わるということで別の形で自分のプロジェクトを進めることができた。 また、oec014さんが主に進めてくれたCellFishing.jlの件も、これまでスタックしていた案件が今後につながる形で再起動できた感。 終わってみれば、これまでにないレベルでやりがいのある、かつとても実りのあるBioHackathonだった。 教えていただいた側にとっても適用事例の1つとして認識してもらったようで、お互いにとって良かったなと。 これこそがBioHackathonの醍醐味なのだろう。

そして、片付け。みんなでやれば早く終わるという当然の理。

最後は、山陰ひとり旅。

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BioHackathon2018 hackathon day4

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 13 12月 2018.

Biohack18 4日目

AOEのCWL化に取り組む(CWLizationと呼んでる)。 CommandLineToolを2つ組み合わせて、1つのWorkFlowとした単純なものから。

色々なトラップがあったものの、プロフェッショナルの多大なる助言をいただいて、動くようになった。 GitHubにアップロードしてあるので、自動的に可視化できた

そして、いくつかのWorkflowを見直し、同じようなことをしているスクリプトに関して引数を変えるだけで動くように。 今回のCWLizationは、見直しするいい機会になっている。

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BioHackathon2018 hackathon day3

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 12 12月 2018.

Biohack18 3日目

ようやく、Common Workflow Language(CWL)でAOEのindex作成ワークフローを書いてみる。 ネットワークづたいにデータを取ってくるからか、cwlファイルはvalidであっても、コケる。

発現類似性検索プロジェクトの方も、テストデータに対しては動くが、自分でloom形式のファイルを作ってやるとエラーでコケる。 うまくいかないもんだな。

しかし、かつて統合TV黎明期に動画を作成して多大な貢献をしてくれた方と再会。 そのかたが作ってくれた「パワーポイントの図形描画機能でイラストをつくる方法」は直近の1年において統合TVの動画再生数ランキング2位というスーパーコンテンツ。 もう7年も前のコンテンツなのに。 人との繋がり、そして継続してやることの大事さを再確認した次第。 その功績を讃え、手持ちの統合TV本こと、「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」にサインして献本するなど。

いやしかし。初日にT先生が言っていたことと見事にかぶったな…。

Continuation is power

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BioHackathon2018 hackathon day2

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 11 12月 2018.

Biohack18 2日目

Common Workflow Language(CWL)でAOEのindex作成ワークフローを書き直したいとふと思って、取り組む。 cwltoolが入らず。typingが入らないというエラーだったため、一度消去した上でpipで入れ直したり。 テストコードは動くようになったので、いよいよ本格的に、というところでタイムアップ。

裏で、AOEの更新のためのArrayExpressデータのmirrorスクリプト改変。GEOのデータはもう更新されないだろうから、そこをskipするように。

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BioHackathon2018 hackathon day1

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 10 12月 2018.

Biohack18 1日目

会場は引き続き、松江のホテル、バイオハッカソン開始。 AOE周りのやるべき項目をまず、リストアップ。 SRAのRNA-seq取り込み周りは、他との兼ね合いで後回しに。

そこで、CellFishingを手元のマシンに入れ直そうとするが、エラーが出て入らず…。 しょうがないので、研究室のマシンでやることにする。

AOEのAPIに関しても訊かれたので、それもやらねば、というところ。

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BioHackathon2018 symposium

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 09 12月 2018.

Biohackathon2018 シンポジウム

今年は松江で開催のBiohackthon。 しかし電車が人身事後で3時間ほど遅延して、大遅刻。 YouTube Live発信でネット参加しつつ、午後からシンポジウム会場へ。 自分の発表は午後からで間に合った。 発表は去年に引き続き、Lightning talkの5分間でAOE周りを紹介。

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A cure within

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 07 12月 2018.

がん免疫療法の誕生 科学者25人の物語

ふとしたキッカケから、「がん免疫療法の誕生 科学者25人の物語」を献本いただいた。

この本を翻訳するかどうか、という時に出版社から相談を受けて意見したということなのだが、その時はまだ本庶佑先生がノーベル賞を取られる前。 だが、がん免疫療法に関する業界の注目度は高く、検討されているのなら翻訳されたらいいのでは、と軽い気持ちで意見したのが約8ヶ月前。 だが、現在の事態を予測できていたわけでは決してない。

10月頭の今年のノーベル生理学医学賞の発表を受け、急いで本を出されたのだろう。 その脚力には、(統合TV本に関してもだが)本当恐れ入る。 本を受け取ったばかりで、まだまえがきぐらいしか読んでないので、一通り読んだら読書感想文をここにアップしたい。

そして本日(2018年12月7日)は、授賞式当日。 本庶先生、おめでとうございます!! 日本で研究している生命科学研究者として、誇りに思います。

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togotv18 for sale

Written by Hidemasa Bono in togotv18 on 木 06 12月 2018.

統合TV本発売一週間

統合TV本こと、「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」が正式に発売され、流通するようになった。

出版した経緯公式ではないこと、だからtwitterで盛り上げようと書いてきたが、論より証拠、実際に見てもらっての反響がチラホラtwitter上にも出出した模様。 ぜひ、ご意見等は以前にも書いたハッシュタグ#togotv18をつけてtweetしていただけれると大変見つけやすくなってありがたい。

それによると、これまで知らなかった人が、紙の書籍から入るというのがスムーズな統合TVの動画への誘いなのかなと。 YouTubeにあるから検索して見てね、よりは障壁が低いのかなと。 そのような話が今後も出てくるといいな、と。

ほとんどスクリーンショットで文字が少ないからか、まだほとんど見つかってない誤植だが、今後見つかってくると思う。 それは見つけ次第、twitterのハッシュタグ #togotv18 をつけて呟いていただけるとありがたい。 増刷等あった時に訂正しますので。

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Impression on 41st annual meeting of the molecular biological society of Japan

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 01 12月 2018.

第41回日本分子生物学会年会を終えて

今年も日本分子生物学会年会(分生)が終わった。

例年通り、NBDC/DBCLSはブース出展、今年も日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーの一部で展示会/ポスター会場の一角にて。 データ解析よろず相談待機をしていたが、いる時にはほぼ相談もなく。

また今年もワークショップ(2PW1-15 いかにして公共データベースを生命科学研究に活用するか? )のオーガナイザーを務めた。2日目の午後の時間帯で、 昨日のエントリにも書いた通り、予想をはるかに上回る参加者に参加いただいた。 関心が高まっているのか、それとも年会が関東開催で、開催した時間帯も良かったせいなのか。 それはわからないが、とにかくたくさんの人に公共データベースを活用することに関して話を聞いてもらえたのは、純粋にとてもよかったと。

調べてみると、2009年の第32回日本分子生物学会年会にて中村保一さんと共に初めてワークショップ「ウェット研究者が情報技術的に自立するために:統合データベースプロジェクトからの提案」をオーガナイズしてから、毎年ワークショップを提案してきた。 それももう10年ほど続けていることになる。 もちろん採用されなかった年もあるが。

しかし、いつまでもだらだらと続けるのもよろしくないし、有志で企画してきた統合DB関係ワークショップは一度止めてみようかと。 誤解があるといけないので蛇足ながら書き加えると、統合DB関係のワークショップがまったく無くなるのではない。 バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)が企画するワークショップが開催されるようになってきたので、来年以降は自分は企画しない、単にそれだけである。 今後は …

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41st annual meeting of the molecular biological society of Japan day3

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 30 11月 2018.

第41回日本分子生物学会年会3日目

本日11月30日(金)で、最終日の3日目。

昨日はオーガナイズしたワークショップ、2PW1-15 いかにして公共データベースを生命科学研究に活用するか? が行われた。 これまでになく多くの方に参加いただいた。 その証拠に、パンフレットは200部用意してもらったが、始まる前にそれはなくなり、50部追加してもらったが、それも全部はけた。 つまり250人以上は来ていた、ということで、公共データベース利活用への関心の高まりを再確認。

日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーにてNBDC/DBCLSもブース出展しており、これも今日まで。 提供しているサービスの紹介とデモのほか、データ解析よろず相談をやっており、今日も基本その近くで待機する予定。

また、監修した本「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」の先行発売も本日午後3時半まで。 ここを見たといえば、買った本にサインしますので。

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41st annual meeting of the molecular biological society of Japan day2

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 29 11月 2018.

第41回日本分子生物学会年会2日目

本日11月29日(木)、2日目。

今年も日本で生命科学分野のDBをやっている関係各所が一堂に会するBioDBコーナーを展示会/ポスター会場の一角にてやっており、NBDC/DBCLSもブース出展しております。 提供しているサービスの紹介とデモのほか、データ解析よろず相談をやっており、今日も基本その近くで待機しているかと。

ただ本日は、DBCLSニュースにも出していただいたように、15:45-17:15に第15会場(5階 501)にて、2PW1-15 いかにして公共データベースを生命科学研究に活用するか? と題したワークショップのオーガナイザーを務めます。その概要は以下の通り。

オープンデータ、オープンサイエンスの潮流の中、生命科学研究における公共データベース(DB)は自らのデータを発表する場所としての役割も担うようになってきており、それらをいかに活用するかが研究をうまく進める鍵になってきている。そこで、どのように有用なDBを利用・維持していけばよいのかを実際にうまく利用している研究者やデータベースの運用に関わる研究者を交えて議論する場としたい。

監修した本「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」が先行発売中。 ここを見たといえば、買った本にサインしますので、気軽にお申し付けください。

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