Symposium105 2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 05 10月 2020.

オンラインのトーゴーの日シンポジウム2020

10月5日は、トーゴーの日。 今年でついに10回目だが、やはり今年はトーゴーの日シンポジウ …

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79th JCA

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 03 10月 2020.

第79回日本癌学会学術総会

今年2020年の癌学会学術総会は、広島での開催だった。 ちょうど自分が広島に異動して、いいタイミングで多くの人と再会し、またその前後 …

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You are (not) alone

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 01 10月 2020.

ぼっちラボでなくなった?

大学院は10月入学もありまして。 生命医科学プログラム博士課程後期の社会人大学院生として入学された小野 …

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August2020

Written by Hidemasa Bono in misc on 月 31 8月 2020.

2020年8月を振り返って

ひき続き予算獲得のための諸々と10月からのバイオインフォマティクスの授業準備がメインの毎日。 中旬は世間は夏休みだったが、体のメンテナンスのため有給休暇を(転職後初めて …

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TransDecoder in Docker

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 08 8月 2020.

TransDecoderをDocker上で実行してみたが

Trinityがうまくいったので、その塩基配列をアミノ酸配列に変換するTransDecoderを。 BiocontainersのTransdecoderを使わせてもらう。

#!/bin/sh
docker run --rm -v `pwd`:`pwd` quay.io/biocontainers/transdecoder:5.5.0--pl526_2 TransDecoder.LongOrfs \
-t `pwd`/$1 …

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Trinity in Docker

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 07 8月 2020.

TrinityをDocker上で実行する

新しいマシン環境で de novo transcriptome assembly のためにTrinityを動かす必要が出てきた。 Trinityをインストールするには多数のツールを入れる必要がある。

まっさらな環境に一度入れるだけならそれでいいのだが、他のプログ …

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August 6th at Hiroshima

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 06 8月 2020.

広島で8月6日

実は広島県人クオーターな私は、小さな頃からこの8月6日という日にあったことを学校教育だけでなく、親類にも刷り込まれて生きてきた。 そういうこともあ …

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iconv

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 15 7月 2020.

iconv

TIBCO Spotfireで出力したデータそのもののテキストファイルはそのままではlessで見るとテキストなのに文字化け。 なのにvimで開くとバッチリ見える。 それはUTF-16になっているからのようで、普通にテキストファイルと …

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dashidouraku

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 11 7月 2020.

出汁醤油道楽

kikkomanというとアメリカでは醤油が出て来るほど、醤油はキッコーマンが一番メジャーだというのはもちろん知っているが、日本各地で地域特色を生 …

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