続・Selenium+PhantomJSで縦長のスクリーンショットを撮る

Written by bonohu in misc on 木 24 7月 2014.

前のエントリのSeleniumとPhantomJSを使ってブラウザを起動しないでスクリーンショットを撮るスクリプトの汎用化をpythonの勉強がてら。

[shell] python scsho.py "http://sra.dbcls.jp/" [/shell]

以下のスクリプトをscsho.pyとして、コマンドライン引数としてURLを入れることでそのページのスクリーンショットがscshoXXXXX.pngというファイル名で保存されるようにした。XXXXXはそのスクリプトを実行した時のpid(プロセスID)。

[python] import …

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Mishima.syk#3

Written by bonohu in misc on 土 12 7月 2014.

Mishima.sykというライフサイエンス業界な勉強会に参加してきました。その名の通り、2014年4月からの職場である三島近辺のその業界の勇士^H^H有志たちの勉強会です。職場が引っ越す前に開かれた、前回の第2回目に参加させてもらって本業との意外な接点を認識し(もちろん、以前から知ってはいたものの…)、積極的に …

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NIG retreat 2014

Written by bonohu in misc on 月 07 7月 2014.

7/3-4と遺伝研のリトリートに参加させて頂いて参りました。遺伝研からバスで40分ほどの御殿場高原時之栖にあるホテルがリトリートの会場。リトリートとは、「仕事や家庭生活等の日常生活から離れ、自分だけの時間や人間関係に浸る …

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DDBJ-DBCLS連携研究会

Written by bonohu in misc on 月 30 6月 2014.

6月26-27日の二日間にわたって、今年度も遺伝研研究会をオーガナイズしました。正式名称は国立遺伝学研究所2014年度研究会「塩基配列データアーカイブをフ …

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データベースのID番号

Written by bonohu in misc on 木 20 3月 2014.

かつては塩基配列を解読したらそれをINSDC(International Nucleotide Sequence Database Collection; DDBJ/EMBL(ENA)/GenBankのこと)に登録してから論文を投稿するという流れで研究が …

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統合牧場移転

Written by bonohu in misc on 土 01 3月 2014.

統合牧場の郊外への移転が始まりました。一ヶ月のモラトリアム期間を経て、2014年4月からは静岡県三島市にある国立遺伝学研究所にその場を移します。

統合牧場の歴史は、統合TVを作成して頂く近隣の大学院生RA(Research Assistant)さんや …

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BH13.13 最終日

Written by bonohu in misc on 土 01 2月 2014.

ランチョンwrap-up。特別、前に出て報告はしなかったものの、*Author'sサービスから他のサービスへの導線づくりは複数の手段で進められていくことに。乞うご期待!

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BH13.13 3日目

Written by bonohu in misc on 水 29 1月 2014.

いいだランニングクラブに参加。宿舎から会場までの往復5km/30min。さらに会場までバスに乗らずにウォーキング、2.5km/30min …

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BH13.13 2日目

Written by bonohu in misc on 火 28 1月 2014.

WordPressのプラグイン調査引き続き。とりあえずは、登録されている単語にマウスインでアノテーションを出し、リンクを張る手段を見出した。 コンテン …

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BH13.13 1日目

Written by bonohu in misc on 月 27 1月 2014.

沖縄県名護市の万国津梁館で開催中のBH13.13(国内版バイオハッカソン)に参加中。TeamWP(WordPress!)に属してDBCLSの各看板コンテンツ間のリンクを更に強化することを画策中。

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今日の捨てコード

Written by bonohu in misc on 金 24 1月 2014.

一対一対応のデータなら対応付けは簡単。しかし、実際の研究活動においてはそんなことばかりでなく、特定のIDに対応づくデータが複数あり、それ …

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awkの細道・その1

Written by bonohu in misc on 火 21 1月 2014.

タブ区切りテキストのカラム切り出しはUNIXコマンドラインでは、これまでも紹介したように [shell] cut -f2 arraytable.txt > column2.txt [/shell] みたいな感じで、arraytable.txtファイルの左から2番目のカラムだけを切り出して、column2.txtファイルに書き込むみたいなことを日常茶飯事的に実行する …

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Happy birthday to me

Written by bonohu in misc on 金 10 1月 2014.

今年も職場の同僚たちに明日に控えた誕生日を祝ってもらえた。それぞれ忙しい中それを忘れずに覚えていてくれ …

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Be positive

Written by bonohu in misc on 火 07 1月 2014.

まだまだ、我々のやっていること、広まっていない。個別に、じみじみと広めていかねば。 友人の学問に対する前向きな姿勢、本当敬服。息切れ …

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2014年仕事始め

Written by bonohu in misc on 月 06 1月 2014.

年末の出張の事務書類を出すところからスタート。その後、大ボスに呼び出されるなど。某仕様書、急ぎます。遅れていて …

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配列セットを取得する(getentry編)

Written by bonohu in misc on 月 21 10月 2013.

前回の配列セットを取得するはTogoWSを使うものでした。TogoWSは汎用で前回例で示した塩基配列データベース以外のデータベースにも使えるので便利なのですが、取得が1エントリづつで遅いという欠点がありました。

塩基配列に限っては、DDBJのgetentryを使うという方法が数万のエントリ取得において劇的に早いことが関係者の方の手助けを得て分かりました。 前回紹介したAK377185-AK388575の連番エントリを一気に取るには、以下のコマンド(curl)でいいよう …

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RでPCA

Written by bonohu in misc on 土 13 7月 2013.

マイクロアレイデータを再利用する際、遺伝子方向のみならずサンプル方向のデータの相関が気になってくると思 …

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エントリ数を数える

Written by bonohu in misc on 月 01 7月 2013.

ファイルが何行あるか知りたいだけなら、いちいちテキストファイルをWordで開いて文字カウントツールを使うまでもありません。そのファイルをfile.txtとするとコマンドラインでは [shell] wc -l file.txt [/shell] で良く …

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justRMAでnormalize

Written by bonohu in misc on 月 17 6月 2013.

マイクロアレイデータを再利用する場合、それらのデータのnormalizeは必須です。 GeneChipの場合、normalizeしたいCEL形式のファイル群を同じディレクトリに入れておいて、一気にやってしまうことがjustRMAで可能です。

まずRが入っているかどうか。入っていな …

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fastacmdの後継者: blastdbcmd

Written by bonohu in misc on 土 15 6月 2013.

遺伝子上流配列など、ゲノム配列の任意の場所を切り出すのには、BLATパッケージに含まれている nibFrag をこれまで勧めてきました。FASTAフォーマットの配列ファイルに対して別個にnibインデックスを作らないといけなくて管理が面倒なのと、やはりBLATはfor profitには有償という大きな難点がありました(ライ …

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Mountain Lion で local BLAST

Written by bonohu in misc on 土 08 6月 2013.

MountainLion(MacOSX10.8.4)のhomebrewでBLASTがとくにいぢらなくても入るようになった模様です。バージョンの確認は、左上のリンゴマークメニューから「この Mac について」を選んで出てくるウインドウ …

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GUIとCUI

Written by bonohu in misc on 火 30 4月 2013.

GUIとはGraphical User Interfaceの略で、今使っているInternet ExplorerやGoogle Chromeなどのウェブブラウザのように主にマウス操作と最小限のキーボード入力でコンピュータが動いてくれるインターフェースのことです。ウェブブラウザ以外だと、表計算以外の目的でも頻繁に使われているExcelとか遺伝子発現解析ソフトウェアの定番GeneSpringなどがGUIなソフトウェアということになります。それらの操作法 …

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はじめに

Written by bonohu in misc on 日 07 4月 2013.

私は、約十年前に「初心者でもわかる!バイオインフォマティクス入門―やさしいUNIX操作から遺伝子・タンパク質解析まで」と題した本を …

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ブログ再開

Written by bonohu in misc on 土 06 4月 2013.

twitterを使うようになって、ブログをあまり書かなくなった。しかし、やはり、まとめた考えを発信したいと思い、「某のウェブログ」改め「ぼうのブロ …

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生物オフ会

Written by bonohu in misc on 土 02 2月 2013.

学会(の年会)じゃないタイミングで参加するのはおそらく初めて。主賓の一人も神戸でのオフ会で知り合った人だっ …

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またジムへ

Written by bonohu in misc on 日 27 1月 2013.

復帰2回目。有酸素運動にウォーキング25分、筋トレ、水泳25m往復12回。利用券を使い果たしたので、早速次を頼んでおく。

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進捗報告会

Written by bonohu in misc on 火 22 1月 2013.

昨年と打って変わって、不気味なほどにdisられず、むしろ恐ろしい。総評で言われた「対等なコラボをして、biologistだけじゃできない成果を出す」ことの実現に向け …

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ソトバリカン

Written by bonohu in misc on 土 19 1月 2013.

セルフウチバリカン続きでおかしくなったところを補正に。ちょうど割引券もあったので。しかし、何年ぶりだろう、お …

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ジムへ

Written by bonohu in misc on 金 18 1月 2013.

秘境を退去して以来、5年半以上ぶりかも。その頃と同じぐらいの体重になってきたのと、スキーのための筋力づくりのため。主に上半身 …

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