IGVはじめました
Written by bonohu in misc on 金 01 8月 2014.
IGV(Integrative Genomics Viewer)をいじってみた。まずは、統合TVの基本編の方を見て。ダウンロードするときに所属機関の記入が必須の模様。'IGV …
IGV(Integrative Genomics Viewer)をいじってみた。まずは、統合TVの基本編の方を見て。ダウンロードするときに所属機関の記入が必須の模様。'IGV …
他の方々の使い方を垣間見れて参考になった。公共データベースを利用して、という使い方はそれほどメジャーではなかったものの、そういう要望も出て …
DBCLS SRA Metadata Search の結果をJSONで取ってくるのを教えてもらったので、備忘録的に。
まずは出力されるJSONを処理するコマンドとして、jqをインストールしておく。
[shell] brew install -v jq [/shell]
で。SRAデータの中で、Study typeが'Transcriptome'、キーワード …
[http://www.pythonware.com/products/pil/](http://www.pythonware.com/products/pil/)
から入手できるとのことで、 Python Imaging Library 1.1.7 Source Kit (all platforms) (November 15, 2009) をダウンロード。5年近くアップデートされていないようで、libjpegもfreetypeもすでに入れていたのだが [shell] python setup.py …
「実践コンピュータビジョン」(原著: Programming Computer Vision with Python)を本屋で手にとってみてから購入。次の展開にむけた体力づくりのため …
前のエントリのSeleniumとPhantomJSを使ってブラウザを起動しないでスクリーンショットを撮るスクリプトの汎用化をpythonの勉強がてら。
[shell] python scsho.py "http://sra.dbcls.jp/" [/shell]
以下のスクリプトをscsho.pyとして、コマンドライン引数としてURLを入れることでそのページのスクリーンショットがscshoXXXXX.pngというファイル名で保存されるようにした。XXXXXはそのスクリプトを実行した時のpid(プロセスID)。
[python] import …
ウェブブラウザのスクリーンショットは画面の大きさしか撮れないのだが(当たり前)、ポスター発表の際に縦長のそ …
昨日7月18日(金)に、東京有楽町東京国際フォーラムにて。今回のテーマは「創薬研究初期におけるデータの活用」。ライフサイエ …
研究者としての情報は、大学院時代から研究室で自ら立てたウェブサーバで発信してきました。ソフト的には、最初は …
Mishima.sykというライフサイエンス業界な勉強会に参加してきました。その名の通り、2014年4月からの職場である三島近辺のその業界の勇士^H^H有志たちの勉強会です。職場が引っ越す前に開かれた、前回の第2回目に参加させてもらって本業との意外な接点を認識し(もちろん、以前から知ってはいたものの…)、積極的に …
7/3-4と遺伝研のリトリートに参加させて頂いて参りました。遺伝研からバスで40分ほどの御殿場高原時之栖にあるホテルがリトリートの会場。リトリートとは、「仕事や家庭生活等の日常生活から離れ、自分だけの時間や人間関係に浸る …
6月26-27日の二日間にわたって、今年度も遺伝研研究会をオーガナイズしました。正式名称は国立遺伝学研究所2014年度研究会「塩基配列データアーカイブをフ …
かつては塩基配列を解読したらそれをINSDC(International Nucleotide Sequence Database Collection; DDBJ/EMBL(ENA)/GenBankのこと)に登録してから論文を投稿するという流れで研究が …
統合牧場の郊外への移転が始まりました。一ヶ月のモラトリアム期間を経て、2014年4月からは静岡県三島市にある国立遺伝学研究所にその場を移します。
統合牧場の歴史は、統合TVを作成して頂く近隣の大学院生RA(Research Assistant)さんや …
ランチョンwrap-up。特別、前に出て報告はしなかったものの、*Author'sサービスから他のサービスへの導線づくりは複数の手段で進められていくことに。乞うご期待!
昨日のツケ。筋肉痛でボロボロだったが、*Author's centralプロジェクトの実装を開始。実例を作らせていただいた。HIF-1αにマウスイン(hover)、クリックすると…。DBCLSの別のサービス(RefExやAllie)へのリンクが …
いいだランニングクラブに参加。宿舎から会場までの往復5km/30min。さらに会場までバスに乗らずにウォーキング、2.5km/30min …
WordPressのプラグイン調査引き続き。とりあえずは、登録されている単語にマウスインでアノテーションを出し、リンクを張る手段を見出した。 コンテン …
沖縄県名護市の万国津梁館で開催中のBH13.13(国内版バイオハッカソン)に参加中。TeamWP(WordPress!)に属してDBCLSの各看板コンテンツ間のリンクを更に強化することを画策中。
Macintoshが発売されてから30年。自分とMacintoshは…と考えると、分子生物学の研究室に配属された1994年から、なのでちょうど20年。研究室にあって便利な文房具として …
一対一対応のデータなら対応付けは簡単。しかし、実際の研究活動においてはそんなことばかりでなく、特定のIDに対応づくデータが複数あり、それ …
タブ区切りテキストのカラム切り出しはUNIXコマンドラインでは、これまでも紹介したように [shell] cut -f2 arraytable.txt > column2.txt [/shell] みたいな感じで、arraytable.txtファイルの左から2番目のカラムだけを切り出して、column2.txtファイルに書き込むみたいなことを日常茶飯事的に実行する …
サイト投稿によってコンテンツの増えた「ぼうのブログ」の見てくれ変更。ブログの右カラムにInstagramで直近にアップした画像が出るようにして、冗長になっていた「ア …
今年も職場の同僚たちに明日に控えた誕生日を祝ってもらえた。それぞれ忙しい中それを忘れずに覚えていてくれ …
まだまだ、我々のやっていること、広まっていない。個別に、じみじみと広めていかねば。 友人の学問に対する前向きな姿勢、本当敬服。息切れ …
年末の出張の事務書類を出すところからスタート。その後、大ボスに呼び出されるなど。某仕様書、急ぎます。遅れていて …
昨年2013年は、以前より進めてきた
次世代シーケンサからのデータアーカイブSequence Read Archive(SRA)を使い倒すための仕組みDBCLS SRAの論文
何エントリか前に紹介した遺伝子対応表を作る際に、一般的には双方向ベストヒットということをよくやります。こ …
前回の配列セットを取得するはTogoWSを使うものでした。TogoWSは汎用で前回例で示した塩基配列データベース以外のデータベースにも使えるので便利なのですが、取得が1エントリづつで遅いという欠点がありました。
塩基配列に限っては、DDBJのgetentryを使うという方法が数万のエントリ取得において劇的に早いことが関係者の方の手助けを得て分かりました。 前回紹介したAK377185-AK388575の連番エントリを一気に取るには、以下のコマンド(curl)でいいよう …
cDNA配列のセット(多くの場合数万のオーダーの配列群)が論文発表されたのに、それがウェブサイト上にないとかいう話をよく聞き …
本日(2013年7月25日)、PLOS ONEから論文を発表しました。お世辞にもいい機能アノテーションがなされているとは言えない「非モデル」生物種カイコにお …
マイクロアレイデータを再利用する際、遺伝子方向のみならずサンプル方向のデータの相関が気になってくると思 …
ファイルが何行あるか知りたいだけなら、いちいちテキストファイルをWordで開いて文字カウントツールを使うまでもありません。そのファイルをfile.txtとするとコマンドラインでは [shell] wc -l file.txt [/shell] で良く …
最近のバイオなデータ解析では、ファイルサイズが大きすぎたり、または多すぎたりで、GUIな環境では快適にファイル操作できないこともあって、コマンドラインでデータ解 …
マイクロアレイデータを再利用する場合、それらのデータのnormalizeは必須です。 GeneChipの場合、normalizeしたいCEL形式のファイル群を同じディレクトリに入れておいて、一気にやってしまうことがjustRMAで可能です。
まずRが入っているかどうか。入っていな …
2010年代になった今でも相変わらず使用しているプラットフォーム(主にOS)の違いによって受渡したデータが閲覧できない等の問題は多く発生しているようです。
一番顕著なのはAJACS名古屋のテキストで詳しく書いた …
遺伝子上流配列など、ゲノム配列の任意の場所を切り出すのには、BLATパッケージに含まれている nibFrag
をこれまで勧めてきました。FASTAフォーマットの配列ファイルに対して別個にnibインデックスを作らないといけなくて管理が面倒なのと、やはりBLATはfor profitには有償という大きな難点がありました(ライ …
MountainLion(MacOSX10.8.4)のhomebrewでBLASTがとくにいぢらなくても入るようになった模様です。バージョンの確認は、左上のリンゴマークメニューから「この Mac について」を選んで出てくるウインドウ …
中5週間。今週外部での講演もあるので。
GUIとはGraphical User Interfaceの略で、今使っているInternet ExplorerやGoogle Chromeなどのウェブブラウザのように主にマウス操作と最小限のキーボード入力でコンピュータが動いてくれるインターフェースのことです。ウェブブラウザ以外だと、表計算以外の目的でも頻繁に使われているExcelとか遺伝子発現解析ソフトウェアの定番GeneSpringなどがGUIなソフトウェアということになります。それらの操作法 …
電子化されコンピュータ上で扱えるデータが主に核酸配列とそれを翻訳して得られるアミノ酸配列だったことも …
中7週間。大分暖かくなってきたので。
私は、約十年前に「初心者でもわかる!バイオインフォマティクス入門―やさしいUNIX操作から遺伝子・タンパク質解析まで」と題した本を …
twitterを使うようになって、ブログをあまり書かなくなった。しかし、やはり、まとめた考えを発信したいと思い、「某のウェブログ」改め「ぼうのブロ …
中4週間。今回はうちで。
なる会議を100kmほど離れた別部署にて。相互理解が深まったのではないかと勝手に確信。
学会(の年会)じゃないタイミングで参加するのはおそらく初めて。主賓の一人も神戸でのオフ会で知り合った人だっ …
復帰2回目。有酸素運動にウォーキング25分、筋トレ、水泳25m往復12回。利用券を使い果たしたので、早速次を頼んでおく。
昨年と打って変わって、不気味なほどにdisられず、むしろ恐ろしい。総評で言われた「対等なコラボをして、biologistだけじゃできない成果を出す」ことの実現に向け …
セルフウチバリカン続きでおかしくなったところを補正に。ちょうど割引券もあったので。しかし、何年ぶりだろう、お …