JSPB39th
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 13 9月 2022.
第39回 日本植物バイオテクノロジー学会(堺)大会
久しぶりのオンサイト学会年会的な集まりへの参加。 そして、この学会 …
Meta-analysis of the public RNA-Seq data of the Western honeybee Apis mellifera to construct reference transcriptome data
Written by Hidemasa Bono in papers on 月 12 9月 2022.
セイヨウミツバチの公共RNA-Seqデータのメタ解析によるリファレンストランスクリプトームデータの構築論文
研究員（当時）とNARO横井さんによる、セイヨウミツバチApis melliferaの公共RNA-Seqデータのメタ解析によってリファレンストランスクリプトームデータを構築し、それを利用した解析事例の論文がbioRxivから公開。
先 …
BH22.9
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 10 9月 2022.
国内版バイオハッカソン BH22.9
コロナ禍のバイオハッカソン3回目。 今年も国際版はなしで、国内版バイオハッカソン BH22.9 …
Two English Press release 22
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 09 9月 2022.
2本同時の英語プレスリリース
日本語のプレスリリースをすでに出してあった以下の2本の論文の英語のプレスリリースが同日に。
- 2022年7月19日に出版された低酸素環境下における植物トランスクリプトームの …
ROIS-DS-JOINT 22 for insects
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 02 9月 2022.
2022年度ROIS-DS-JOINT共同研究集会「昆虫における次世代シーケンスデータ解析および公共データベース利用」
前年度は遺伝研研究集会としてオンラ …
bonohulab member++ 202209
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 01 9月 2022.
bonohulabメンバー++ 22/9
この2022年9月1日にさらに新しい研究員が1人追加された。 先月(2022年8月）の1日にも新しい研究員が1人追加されており、2ヶ月連続。 今度は共同研究講座BioDX研究室の方で。 人が増えてますますマネージメントを頑張らないと …
August2022
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 31 8月 2022.
2022年8月を振り返って
この8月は、まず月頭に共同研究に関わる研究員が1人増えた。 そして、初めての学位審査会、しかも自ラボの学生、ということで月 …
Green Alga Genome by MinION published
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 30 8月 2022.
MinIONによるアオノリゲノム配列解読論文出版
はじめはMinIONで初のゲノム配列解読のテストのつもりでやっていたのだが、きっちり論文にまとめるところまでやっていただき、プロジェクト研究員によるアオノリゲノム解読 …
CancerDAT now on sale
Written by Hidemasa Bono in NGS_DAT on 月 29 8月 2022.
がんゲノムデータ解析本発売開始
目次も公開され、セミナー動画も公開された「がんゲノムデータ解析」。 ついに本日2022年8月29日 …
CancerDAT seminar movies
Written by Hidemasa Bono in NGS_DAT on 金 26 8月 2022.
がんゲノムデータ解析のセミナー動画
目次も公開された「がんゲノムデータ解析」はついに来週2022年8月29日(月)から発売開始と …
Python de Text Mining
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 19 8月 2022.
Pythonで学ぶテキストマイニング入門
徳島大学の石田基広先生によるPythonで学ぶ テキストマイニング入門をご恵送いただいた。 約10年前はRからMeCabを動かすやり方だったが、今は昔Pythonからそうするやり方を実際のコマンドとともに解説されている。 第9章の「テキストの分 …
Prediction of sex-determination mechanisms in avian primordial germ cells using RNA-seq analysis published!
Written by Hidemasa Bono in papers on 木 18 8月 2022.
RNA-seq解析による鳥類始原生殖細胞の性決定機構の予測論文出版
私が現職の広島大学に移ってきてすぐに私の異動を知ってRNA-Seqデータ解析について相談に来てくれたとても積極的な大学院生がいた。 その彼の論文がこの度、査読ずみ論文として出版さ …
CancerDAT contents
Written by Hidemasa Bono in NGS_DAT on 金 12 8月 2022.
がんゲノムデータ解析本の中身
Amazonにも登場した「がんゲノムデータ解析」であるが、目次等はまだ公式には出てない。 しかし、実は …
Conventional Interim Doctoral Thesis Presentation
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 09 8月 2022.
従来の博士論文中間発表会
博士論文中間発表会がオンサイトで開催。 ポスター発表形式で、オンライン形式ではない …
A new way of PhD viva
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 05 8月 2022.
新しい博士学位発表会様式
2020年10月に入学した大学院生（社会人ドクター）による博士学位論文発表会（公聴会）をオンラインにて行った。 入学する …
Revealing Landscapes of Transposable Elements in Apis Species by Meta-Analysis published
Written by Hidemasa Bono in papers on 水 03 8月 2022.
ミツバチ種のゲノム中の転移因子のメタ解析論文出版
2年前に今のところに来た時にbioRxivにアップしたが色々あって、この2022年の4月に再度改訂版をにアップした論文が、査読済み論文となって出 …
bonohulab member++22
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 01 8月 2022.
bonohulabメンバー++2022
この2022年8月1日にさらに新しい研究員が1人追加された。 昨年2021年の9月1日にも新しい研究員が1人追加されており、それ以来の研究員増員。
いつも言ってることだが、ラボのメンバーが多ければ良いと …
July2022
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 31 7月 2022.
2022年7月を振り返って
この7月は、月頭の2日に大学院入試があり、15日にその合格発表が。 13日に大学の公開講座の講師を初めて体験したが、これまでの講演と …
CancerDAT dispatch
Written by Hidemasa Bono in NGS_DAT on 土 30 7月 2022.
がんゲノムデータ解析本第一報
昨年2021年より清水厚志さんが中心となって企画してきた「がんゲノムデータ解析」が2022年8月末に発売開始されることが決まった。
今後、出版社のページに順次情報が出るかと。
すで …
Press release 22 2nd
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 28 7月 2022.
2022年度2回目のプレスリリース
先週（2022年7月19日）に出版された低酸素環境下における植物トランスクリプトームのメタ解析の論文をプレスリリース。 今回 …
Meta-analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia published
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 19 7月 2022.
低酸素環境下における植物トランスクリプトームのメタ解析論文出版
bioRxivにもアップしてあった論文を査読済み論文として出版。
Meta-analysis of RNA Sequencing Data of …
Graduate School Admission Announcement of Acceptance 22
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 17 7月 2022.
大学院入試合格発表22
先日（2022年7月2日）にあった大学院入試の合格発表があった。
すっかり大学院生集客の定番となったtayoが …
Flood of guests
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 16 7月 2022.
千客万来
どういうわけか。 非常に来客の多い一週間であった。
まだ今年度も1/4終わったところに過ぎないというのに。 自分も次年度以降に向けた動きを考 …
Nonta's Sake Brewery
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 15 7月 2022.
道の駅のん太の酒蔵オープン
オープン初日の2022年7月15日に行ってきた。 今後、お土産の調達などにお世話になりそう。
道の駅西条 のん太の酒 …
Open Lectures 2022 done
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 13 7月 2022.
大学の公開講座2022終了
大学の公開講座、ゲノム編集イノベーション～最先端のバイオテクノロジー～の3回シリーズの2回目ということで「みんなのバイオDX …
Press release 22 1st
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 07 7月 2022.
2022年度初めてのプレスリリース
先週（2022年6月27日）に出版された昆虫の機能アノテーションワークフローの論文をプレスリリース。
220707 東京農工大学と理化学 …
Graduate School Admission 22
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 02 7月 2022.
大学院入試2022
2023年4月入学に向けて、まずは推薦入試Aというカテゴリーの大学院入試。 今年は梅雨も明けてからの大変暑い中での開催となってしまったが、無事終了。 お …
ROIS-DS-JOINT 2022
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 01 7月 2022.
ROIS-DS-JOINT 2022 採択
ROIS-DS-JOINT 2022に研究代表者として提案した研究課題「ゲノム編集データ解析のための公共データの統合化ワークフ …
June2022
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 30 6月 2022.
2022年6月を振り返って
この6月は、COI-NEXT本格型キックオフから始まった(1日)。 それに引き続き、大阪への出張も。 また、先月から続いていた、研究費の締め切りクラスタを …
Fanflow4Insects
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 28 6月 2022.
昆虫用Fanflowにいたるまで
論文がまた一本出た。 と言っても、bonohulabからは、去年2021年12月以来、ほぼ半年ぶり。 久しぶりの自分がfirst authorの論文だった（と言っても1年4ヶ月ぶり）。 今回のテーマ …
Meta-analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia
Written by Hidemasa Bono in papers on 金 24 6月 2022.
低酸素環境下における植物トランスクリプトームのメタ解析
プロジェクト研究員による低酸素環境下におけるシ …
Call for researchers in tayo event
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 22 6月 2022.
tayo 研究者募集ピッチ WET/DRYライフサイエンス編
RIKEN-Hirodai Science and Technology Hub 22
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 20 6月 2022.
理研-広大 科学技術ハブ共同研究プログラム22
理研ー広大の連携は以前より図られており、そもそも今ラボが入って …
Bioeconomy Industry Creation Support Project 22
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 18 6月 2022.
令和４年度バイオエコノミー産業創出支援事業費補助金
県内に事業所を有する「広島バイオテクノロジー推進協議会」の会員企業が，大学等と連携して行うバイオエコ …
A boy at the gate reading a sutra he never learned
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 17 6月 2022.
門前の小僧習わぬ経を読む
そう思わせる事例が何件か。 それは、個人的には環境のおかげとは思わず、個人の力だと思 …
JSGEDIT 7th
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 08 6月 2022.
日本ゲノム編集学会第7回大会
今年もオンライン。 去年の時点からオンラインでやるということだった。 準備に取り組んで …
COI-NEXT kick-off meeting
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 01 6月 2022.
COI-NEXT本格型キックオフミーティング
2022年4月より本格型に昇格となった、JST 共創の場形成支援プログラム(COI-NEXT)において「Bio-Digital Transformation（バイオDX）産学共創拠点」（代表機関：広島大学）。 そのキックオフミー …
May2022
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 31 5月 2022.
2022年5月を振り返って
この5月は、一回だけ担当する授業もあったり、さまざまな研究費の締め切りがあったり、夢中で走り抜けた感じの5月であった。
ま …
every man knows his own business best
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 28 5月 2022.
餅は餅屋
大学で研究室を持つようになって、大学院生に指導したり、いろんな方と話してて思うこと。 生命科学の専門 …
2years passed since the sensei debut
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 20 5月 2022.
センセイデビューから2年
生徒のいない授業で大学の先生デビューしてから2年。 また今年も「先端生命技術概論」という …
Yet another FANTOM preprint
Written by Hidemasa Bono in papers on 金 13 5月 2022.
シン・モデル生物の機能アノテーション
ちょうど一年前の今日2021年5月13日にアマミナナフシの機能アノテーションによるナナフシ中腸比較トランスクリプトーム論文を …
Meta-analysis of transcriptomes in insects showing density-dependent polyphenism
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 10 5月 2022.
密度依存的な表現型多型を示す昆虫のトランスクリプトームのメタ解析
プロジェクト研究員による混み合い刺激 …
Nature observation at Higashihiroshima Campus
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 03 5月 2022.
東広島キャンパスの自然観察
TWitterでこれまで2年ほど過ごした勤務地に関わる本「東広島キャンパスの自然観察」が出版されたことを知った。
東広島キャンパスの自然 …
Exploratory Hypoxic Transcritome Meta-Analysis
Written by Hidemasa Bono in papers on 月 02 5月 2022.
新しいリファレンストランスクリプトームで新しい探索的メタ解析
D2の大学院生（社会人ドクター）による論文がbioRxivから公開された。
Exploratory Meta-Analysis of Hypoxic Transcriptomes …
Rise of MetaGenome analysis
Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 日 01 5月 2022.
メタゲノム感の高まり
年度が改まって2022年度になってちょっとした異変が起きている。 それは、メタゲノム解析に関する問い合わせが増えているということであ …
April2022
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 30 4月 2022.
2022年4月を振り返って
今月でついにこちらにきて3年目が始まった。 学生の数が3人から6人に倍増し、それに起因するさまざまな調整案件が増えた。
年度が変わって今月に …
2nd Onsen Informatics 22
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 23 4月 2022.
2022年第2回温泉インフォマティクス研究会
新年度に入って色々と頭の中で整理すべき事柄が多くなって、開催。 色々いいアイデアを浸透圧刺激で汗と共にしぼり出して、さらに熱風と熱刺激で焼きなますことができた。
温泉インフォマティクス研究会の …
Activation of transcription factor HIF inhibits IL-1beta-induced NO production in primary cultured rat hepatocytes published
Written by Hidemasa Bono in papers on 水 20 4月 2022.
ラット初代培養肝細胞おける転写因子HIFの活性化によるIL-1β誘導性NO産生抑制論文出版
ラットの細胞ということで、オハコのikraでのRNA-Seqデータ解析パイプラインが使えず。 非モデル生物専門の出番というこ …
Jxiv
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 16 4月 2022.
Jxiv
昨年度末の慌ただしい時期に公開された、科学技術振興機構(JST)によるプレプリントサーバーで、ジェイカイブと読 …
RG abandons RG score
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 10 4月 2022.
ResearchGate、RG scoreやめるってよ
最近そういえばRG scoreが自分のResearchGateのページに出てないなと思っていたら。 どうやら、2022年7月でやめる模様。
we announced the decision to remove the RG Score after July 2022