Toppan Social Innovation News Vol.08
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 02 9月 2020.
Interview バイオ×デジタル
初のbonohulab紹介記事「バイオとデジタルの融合 バイオインフォマティクス」を、凸版印刷さんが出されているソー …
初のbonohulab紹介記事「バイオとデジタルの融合 バイオインフォマティクス」を、凸版印刷さんが出されているソー …
2019年末より企画を開始して、多くの達人たちに依頼してきたバリアントデータ解析のレシピが詰まった本が「バリ …
ひき続き予算獲得のための諸々と10月からのバイオインフォマティクスの授業準備がメインの毎日。 中旬は世間は夏休みだったが、体のメンテナンスのため有給休暇を(転職後初めて …
東広島市産学金官連携推進協議会、広島大学学術・社会連携室によるイベント。 そのウェブサイトによる説明は …
広島大学大学院統合生命科学研究科山本先生と佐久間先生によるゲノム編集に関す …
通院で、約半年ぶりに東京というか関東へ。 前日の仕事終わってから飛んで宿泊という一泊二日のコース。 大 …
朝食のご飯のともにいろいろな味付海苔を試してきたが、結果としてやま磯というローカルな味付海 …
野球の話じゃなくて、自分のこと。 なかなかにむづかしい、研究費獲得。
もちろん現職は卓越大学院の教育が本務 …
人材育成の話の流れから、いつもこの話になる。 そう、「統合牧場 (togofarm)」を現職場でやろうという。 しか …
講談社ブルーバックスから広島大学大学院統合生命科学研究科 山本卓教授による「ゲノ …
研究室生活(ラボライフ)を説明するのにいいリフ …
Withコロナの状況でのオンラインオープンキャンパスが今週(2020/08/17-23)開催されている。
https://open.campus.hiroshima-u.ac.jp/
からアクセス可能。
ちなみにゲノ …
データ可視化関係で、データ視覚化のデザインという新刊があると聞いて、買ってみて読ん …
今年(2020年)に「応用昆虫学」の教科書が全面改訂されて出版されたということで、それを購入して勉強 …
Trinityがうまくいったので、その塩基配列をアミノ酸配列に変換するTransDecoderを。 BiocontainersのTransdecoderを使わせてもらう。
#!/bin/sh docker run --rm -v `pwd`:`pwd` quay.io/biocontainers/transdecoder:5.5.0--pl526_2 TransDecoder.LongOrfs \ -t `pwd`/$1 …
新しいマシン環境で de novo transcriptome assembly のためにTrinityを動かす必要が出てきた。 Trinityをインストールするには多数のツールを入れる必要がある。
まっさらな環境に一度入れるだけならそれでいいのだが、他のプログ …
実は広島県人クオーターな私は、小さな頃からこの8月6日という日にあったことを学校教育だけでなく、親類にも刷り込まれて生きてきた。 そういうこともあ …
今の勤務先になって、以前よりも昆虫をはじめとする生き物に遭遇することが多くなり。 自分 …
2020年4月からの勤務地は、梅雨の最中からヒグラシが夕方に大合唱。 セミの鳴き声を聴く機会が以前にも増して多くなっ …
ひき続き予算獲得のための諸々がメインの毎日だが、共同研究者の来訪が相次いだ7月だった。 ようやく、この7月になって外部資金も一つ獲得できた。
そし …
医療に役立つ 遺伝子関連Web情報検索 第2版が出版。 実は、事前にご恵送いただいていた。 より多くの人に遺伝子関連 …
2020年7月27日、Genome Research に FANTOM6 の最初の論文が公開された。
Functional Annotation of Human Long Non-Coding RNAs via Molecular Phenotyping
https://doi.org/10.1101/gr.254219.119
論文の内容に関しては理化学研 …
先週届いた ThinkPad P15s に、Windows Subsystem for Linux 2 (WSL2)のインストールをついに完了。
実は、届いてすぐにqiitaの記事「WSL2導入|WinアップデートからWSL2を既定にするまでのスクショ」を参考に …
TIBCO Spotfireで出力したデータそのもののテキストファイルはそのままではless
で見るとテキストなのに文字化け。
なのにvim
で開くとバッチリ見える。
それはUTF-16になっているからのようで、普通にテキストファイルと …
昨年(2019年)の秋に参加したBiohackathon Europe 2019 での TogoExグループの報告が2020年7月13日、BioHackrXivにプレプリントとして公開された。
TogoEx: the integration of gene expression data
https://doi.org/10 …
今月(2020年7月)から移動解禁になったところも多く、東広島に来てくれたお客さんを西条酒蔵通りに …
kikkomanというとアメリカでは醤油が出て来るほど、醤油はキッコーマンが一番メジャーだというのはもちろん知っているが、日本各地で地域特色を生 …
7月になって来客が増えて来た。 その度にお客さんから「これは何?」と言われるのが、このタワー式電源タップ。
USBポートの給電も直接できて、アダプタいらず …
ROIS-DS-JOINT 2020に研究代表者として提案した研究課題「ゲノム編集データ解析のための公共データの統合化ワークフ …
昨年ぐらいまではこのMarpをmarkdownエディタとして愛用してきた。 しかし、エディタ機能はディスコンということで、Visual Studio Code(VS Code)を使うようになり、現在もVS …
講談社ブルーバックスから広島大学大学院統合生命科学研究科 山本卓教授による「ゲノム編 …
Senescent cell death as an aging resistance mechanism in naked mole-rat
https://doi.org/10.1101/2020.07.02.155903
2020年7月4日、プレプリントとして公開され …
出張が解禁になって、訪問者が増えてきた。 その人たちとの議論がとても重要だと今更ながら …
予算獲得のためにいろいろ考えたり、書き物したりの毎日だった6月。
リモート参加しようと思っていた今月のSPARQLthonであるSPARQLthon93 …
MacBookProでの作業はもう長い間やっているものの、長時間同じ姿勢を取ってしまいがち。 そこで自然と、体勢を変えたりして体が固まら …
県外から初の来客。 そういうわけで、やはり初の街のご案内。 数ヶ月前にも自分が紹介される側で来たのだが、今 …
StayHomeで家に缶詰の大型連休はかなり久しぶりではないだろうか。 その前から在宅続きのため、より長く感じたのは私だけではなかろう。
前半は、初の担当分の大学院講義の準備。 こ …
大学に転職して1ヶ月半、ついに本日(2020/05/15)についに初授業。 「先端生命技術概論」という毎回違う先生が …
異動する前に出版社の方からご恵贈いただいていたのだが、バタバタで見さ …
Stay Home励行ということで、自炊が増えて、洗い物が増えた。 なかなか大変ということで、食器洗い乾燥機を検討してみよ …
2020年5月現在。
生物に興味を持つも、具体的に何をやりたいかは決めきれずに東京大学理科2類に入学。 進学振り分け …
6年前に買ったルンバ871。
他の掃除機との併用ぐらしでそんなに利用頻度は高くなかったものの、すぐに充電切れになるように …
TwitterにGalaxyの生みの親であるJames Taylorさんがなくなったと流れてきて、驚きを隠せなかった。 彼とは去年(2019年)のCold Spring Harbor Laboratoryでの The Biology of Genomes で会って、彼のポスター …
(2020年5月加筆)
オープンアクセス(Open Access)がこれほどまで広く、一般的になるとは思っていなかったのが正直 …
怒涛の1ヶ月が終わろうとしている。
ラボの立ち上げということでほぼゼロから始めていたものの。 移ってきてすぐに周りのラボの方との挨 …
bonohulabのウェブサイトは、着任当初は来たばかりで大学で提供されているサービス等全くわからなかったこともあって、自鯖上に作った …
ようやく、生活も落ち着いてきたと思ったら、「週末・平日に関わらず外出を自粛」要請と …
埼玉医大でのきしょいラボ(2003年)やDBCLS(2007年)など、新しい研究室のセットアップをこれまで何度か経験してきたが、今回は …
本日2020年3月31日をもってライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)を辞めました。 いつかはこの日が来るだろうと勤めだした …
先日公開したエントリ、生命科学データ解析の本ガイドでも紹介した以下の2冊の電子版が、医書.jpより本日2020年3月9日に発売開始に。