what is VariantRecipe
Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 土 05 9月 2020.
バリアントレシピ本とは
2019年11月に出版した「RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ」（RNAseqレシピ本）は、お披露目になった日本分子生物学会年会の書籍販売ブースでも一番の売り上 …
Secrets of naked mole-rat
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 04 9月 2020.
ハダカデバネズミのひみつ
国内版バイオハッカソンBH14.14の帰りにふと北大に寄り道したことがきっかけとなって …
Toppan Social Innovation News Vol.08
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 02 9月 2020.
Interview バイオ×デジタル
初のbonohulab紹介記事「バイオとデジタルの融合 バイオインフォマティクス」を、凸版印刷さんが出されているソー …
VariantRecipe dispatch
Written by Hidemasa Bono in RecipeBook on 火 01 9月 2020.
バリアントレシピ本第一報
2019年末より企画を開始して、多くの達人たちに依頼してきたバリアントデータ解析のレシピが詰まった本が「バリ …
August2020
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 31 8月 2020.
2020年8月を振り返って
ひき続き予算獲得のための諸々と10月からのバイオインフォマティクスの授業準備がメインの毎日。 中旬は世間は夏休みだったが、体のメンテナンスのため有給休暇を（転職後初めて …
100nin ronbun Higashi-Hiroshima the 2nd
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 28 8月 2020.
第2回東広島100人論文
東広島市産学金官連携推進協議会、広島大学学術・社会連携室によるイベント。 そのウェブサイトによる説明は …
Genome Editing Webinar
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 27 8月 2020.
ゲノム編集のウェビナー参加
広島大学大学院統合生命科学研究科山本先生と佐久間先生によるゲノム編集に関す …
Private trip to Tokyo
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 26 8月 2020.
東京往還
通院で、約半年ぶりに東京というか関東へ。 前日の仕事終わってから飛んで宿泊という一泊二日のコース。 大 …
Yukari Flavored Seaweed
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 23 8月 2020.
ゆかり®味のり
朝食のご飯のともにいろいろな味付海苔を試してきたが、結果としてやま磯というローカルな味付海 …
Consecutive Losses
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 22 8月 2020.
連敗中
野球の話じゃなくて、自分のこと。 なかなかにむづかしい、研究費獲得。
もちろん現職は卓越大学院の教育が本務 …
Towards togofarm reloaded
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 21 8月 2020.
統合牧場復活に向けて
人材育成の話の流れから、いつもこの話になる。 そう、「統合牧場 (togofarm)」を現職場でやろうという。 しか …
Genome Editing Bluebacks published
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 20 8月 2020.
「ゲノム編集とはなにか」出版
講談社ブルーバックスから広島大学大学院統合生命科学研究科 山本卓教授による「ゲノ …
Guide Book for Laboratory Life
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 19 8月 2020.
理系のアナタが知っておきたいラボ生活の中身〜バイオ系の歩き方
研究室生活（ラボライフ）を説明するのにいいリフ …
HU Online Open Campus 2020
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 17 8月 2020.
広島大学オンラインオープンキャンパス2020
Withコロナの状況でのオンラインオープンキャンパスが今週(2020/08/17-23)開催されている。
https://open.campus.hiroshima-u.ac.jp/
からアクセス可能。
ちなみにゲノ …
Data Visualization Design Book
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 16 8月 2020.
データ視覚化のデザイン
データ可視化関係で、データ視覚化のデザインという新刊があると聞いて、買ってみて読ん …
Applied Entomology Textbook
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 15 8月 2020.
応用昆虫学の教科書
今年(2020年)に「応用昆虫学」の教科書が全面改訂されて出版されたということで、それを購入して勉強 …
TransDecoder in Docker
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 08 8月 2020.
TransDecoderをDocker上で実行してみたが
Trinityがうまくいったので、その塩基配列をアミノ酸配列に変換するTransDecoderを。 BiocontainersのTransdecoderを使わせてもらう。
#!/bin/sh docker run --rm -v `pwd`:`pwd` quay.io/biocontainers/transdecoder:5.5.0--pl526_2 TransDecoder.LongOrfs \ -t `pwd`/$1 …
Trinity in Docker
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 07 8月 2020.
TrinityをDocker上で実行する
新しいマシン環境で de novo transcriptome assembly のためにTrinityを動かす必要が出てきた。 Trinityをインストールするには多数のツールを入れる必要がある。
まっさらな環境に一度入れるだけならそれでいいのだが、他のプログ …
August 6th at Hiroshima
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 06 8月 2020.
広島で8月6日
実は広島県人クオーターな私は、小さな頃からこの8月6日という日にあったことを学校教育だけでなく、親類にも刷り込まれて生きてきた。 そういうこともあ …
Invasive Species Book
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 05 8月 2020.
侵略! 外来いきもの図鑑
今の勤務先になって、以前よりも昆虫をはじめとする生き物に遭遇することが多くなり。 自分 …
The Handbook of Cicadas
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 03 8月 2020.
セミハンドブック
2020年4月からの勤務地は、梅雨の最中からヒグラシが夕方に大合唱。 セミの鳴き声を聴く機会が以前にも増して多くなっ …
July2020
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 31 7月 2020.
2020年7月を振り返って
ひき続き予算獲得のための諸々がメインの毎日だが、共同研究者の来訪が相次いだ7月だった。 ようやく、この7月になって外部資金も一つ獲得できた。
そし …
How to retrieve online information that helps you with genetic testing 2nd edition
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 30 7月 2020.
遺伝子関連Web情報検索本第2版
医療に役立つ 遺伝子関連Web情報検索 第2版が出版。 実は、事前にご恵送いただいていた。 より多くの人に遺伝子関連 …
Functional annotation of human long noncoding RNAs via molecular phenotyping
Written by Hidemasa Bono in papers on 月 27 7月 2020.
FANTOM6論文公開
2020年7月27日、Genome Research に FANTOM6 の最初の論文が公開された。
Functional Annotation of Human Long Non-Coding RNAs via Molecular Phenotyping
https://doi.org/10.1101/gr.254219.119
論文の内容に関しては理化学研 …
WSL2 installed
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 22 7月 2020.
WSL2 のインストール
先週届いた ThinkPad P15s に、Windows Subsystem for Linux 2 (WSL2)のインストールをついに完了。
実は、届いてすぐにqiitaの記事「WSL2導入｜WinアップデートからWSL2を既定にするまでのスクショ」を参考に …
iconv
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 15 7月 2020.
iconv
TIBCO Spotfireで出力したデータそのもののテキストファイルはそのままではlessで見るとテキストなのに文字化け。
なのにvimで開くとバッチリ見える。
それはUTF-16になっているからのようで、普通にテキストファイルと …
TogoEx report in BH19 Europe
Written by Hidemasa Bono in papers on 月 13 7月 2020.
TogoEx report in the BioHackathon Europe 2019
昨年(2019年)の秋に参加したBiohackathon Europe 2019 での TogoExグループの報告が2020年7月13日、BioHackrXivにプレプリントとして公開された。
TogoEx: the integration of gene expression data
https://doi.org/10 …
Kamotsuru plum wine
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 12 7月 2020.
賀茂鶴 純米酒仕込 梅酒
今月(2020年7月)から移動解禁になったところも多く、東広島に来てくれたお客さんを西条酒蔵通りに …
dashidouraku
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 11 7月 2020.
出汁醤油道楽
kikkomanというとアメリカでは醤油が出て来るほど、醤油はキッコーマンが一番メジャーだというのはもちろん知っているが、日本各地で地域特色を生 …
Powerjc
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 10 7月 2020.
タワー式電源タップ
7月になって来客が増えて来た。 その度にお客さんから「これは何？」と言われるのが、このタワー式電源タップ。
USBポートの給電も直接できて、アダプタいらず …
ROIS-DS-JOINT 2020
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 09 7月 2020.
ROIS-DS-JOINT 2020 採択
ROIS-DS-JOINT 2020に研究代表者として提案した研究課題「ゲノム編集データ解析のための公共データの統合化ワークフ …
Return of the Marp
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 08 7月 2020.
Marp再び
昨年ぐらいまではこのMarpをmarkdownエディタとして愛用してきた。 しかし、エディタ機能はディスコンということで、Visual Studio Code(VS Code)を使うようになり、現在もVS …
Genome Editing Bluebacks
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 06 7月 2020.
ゲノム編集とはなにか
講談社ブルーバックスから広島大学大学院統合生命科学研究科 山本卓教授による「ゲノム編 …
Senescent cell death as an aging resistance mechanism in naked mole-rat
Written by Hidemasa Bono in papers on 土 04 7月 2020.
ハダカデバネズミの老化細胞死論文
Senescent cell death as an aging resistance mechanism in naked mole-rat
https://doi.org/10.1101/2020.07.02.155903
2020年7月4日、プレプリントとして公開され …
Important is real discussion
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 03 7月 2020.
重要なのは対面の議論
出張が解禁になって、訪問者が増えてきた。 その人たちとの議論がとても重要だと今更ながら …
June2020
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 30 6月 2020.
2020年6月を振り返って
予算獲得のためにいろいろ考えたり、書き物したりの毎日だった6月。
リモート参加しようと思っていた今月のSPARQLthonであるSPARQLthon93 …
BoYata
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 21 6月 2020.
ノートパソコンスタンド導入
MacBookProでの作業はもう長い間やっているものの、長時間同じ姿勢を取ってしまいがち。 そこで自然と、体勢を変えたりして体が固まら …
Fermentation mash
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 06 6月 2020.
仕込み
県外から初の来客。 そういうわけで、やはり初の街のご案内。 数ヶ月前にも自分が紹介される側で来たのだが、今 …
May2020
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 31 5月 2020.
2020年5月を振り返って
StayHomeで家に缶詰の大型連休はかなり久しぶりではないだろうか。 その前から在宅続きのため、より長く感じたのは私だけではなかろう。
前半は、初の担当分の大学院講義の準備。 こ …
First lecture without students
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 15 5月 2020.
生徒のいない初授業
大学に転職して1ヶ月半、ついに本日(2020/05/15)についに初授業。 「先端生命技術概論」という毎回違う先生が …
Statistical Genetics Seminar Book
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 09 5月 2020.
ゼロから実践する遺伝統計学セミナー
異動する前に出版社の方からご恵贈いただいていたのだが、バタバタで見さ …
Dishwasher dryer
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 08 5月 2020.
食器洗い乾燥機導入
Stay Home励行ということで、自炊が増えて、洗い物が増えた。 なかなか大変ということで、食器洗い乾燥機を検討してみよ …
Profile of bonohu
Written by Hidemasa Bono in about on 月 04 5月 2020.
研究・教育遍歴
2020年5月現在。
大学
生物に興味を持つも、具体的に何をやりたいかは決めきれずに東京大学理科２類に入学。 進学振り分け …
roomba reloaded
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 03 5月 2020.
ルンバ復活
6年前に買ったルンバ871。
他の掃除機との併用ぐらしでそんなに利用頻度は高くなかったものの、すぐに充電切れになるように …
R.I.P. James Taylor
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 02 5月 2020.
追悼James Taylorさん
TwitterにGalaxyの生みの親であるJames Taylorさんがなくなったと流れてきて、驚きを隠せなかった。 彼とは去年(2019年)のCold Spring Harbor Laboratoryでの The Biology of Genomes で会って、彼のポスター …
I support Open Access
Written by Hidemasa Bono in about on 金 01 5月 2020.
オープンアクセスと私
(2020年5月加筆)
オープンアクセス(Open Access)がこれほどまで広く、一般的になるとは思っていなかったのが正直 …
April2020
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 30 4月 2020.
2020年4月を振り返って
怒涛の1ヶ月が終わろうとしている。
ラボの立ち上げということでほぼゼロから始めていたものの。 移ってきてすぐに周りのラボの方との挨 …
Website for bonohulab
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 29 4月 2020.
bonohulabウェブサイト
bonohulabのウェブサイトは、着任当初は来たばかりで大学で提供されているサービス等全くわからなかったこともあって、自鯖上に作った …
Convict Conditioning Started
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 19 4月 2020.
プリズナートレーニング開始
ようやく、生活も落ち着いてきたと思ったら、「週末・平日に関わらず外出を自粛」要請と …
launching bonohulab
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 10 4月 2020.
bonohulabの立ち上げ
埼玉医大でのきしょいラボ(2003年)やDBCLS(2007年)など、新しい研究室のセットアップをこれまで何度か経験してきたが、今回は …