Always on SSL for AOE

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 16 5月 2019.

AOEのHTTPS化

業界の多くのウェブページがHTTPS化する中、取り残されていた。 特に必要性を感じなかったからだが、やはり多くの人にそのサ …

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Jet Lag in 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 15 5月 2019.

時差ボケ

今回は13時間時差のあるところに5日間(4泊)だったのだが、やはり帰ってきても時差ボケに。 いつもなら帰ってきても欠かさずmelatonin投与してそれほどでもなかったのだが、今回はそれ …

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Apple Watch Theater mode

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 12 5月 2019.

Apple Watchのシアターモード

Apple Watchを普段から愛用している。

hoge

これまでApple Watchをつけて飛行機に長時間乗るとすぐに電池が消耗し、しかも飛行機によくついているUSBにApple Watch磁気充電ケーブルをさして充電しても全然充電が進まないどころか、むしろ電池が減るという事態に。

hoge

それをtweetしたところ、シアターモー …

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The Biology of Genomes 2019 day5

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 11 5月 2019.

The Biology of Genomes 2019 day5

meeting最終日。 来た日には、5日間もあって長いなあと思っていたが、実際にはあっという間だった。

全体的な雑感としては、順調に女性参加者の割合が増え …

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The Biology of Genomes 2019 day3

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 09 5月 2019.

The Biology of Genomes 2019 day3

Population Genomicsのセッションを聴いていて、ゲノムデータを使った研究の広がり、を感じた。 その使った研究がもっと増えていかねば。 もちろん …

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The Biology of Genomes 2019 day2

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 08 5月 2019.

The Biology of Genomes 2019 day2

ポスター発表は会期中の2,3,4日目に、毎日日替わりで、発表者のLast Name、アルファベット順。 ということで、Bから始まる私は初日に。

2日目だとバッチリ日周期(circadian …

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what is tilde

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 03 5月 2019.

チルダ

電子メールなどの文書には出てこないがUNIXコマンドラインで出てくる文字として、~がある。 読み方は、「にょろ」ではなく、「チルダ(tilde)」である。

かつてはウェブ …

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what is backquote

Written by Hidemasa Bono in misc on 木 02 5月 2019.

バッククオート

クオート(quote)にはシングル(')とタブル(")があるのはよく知られているだろう。 実は、さらに第3のクオートが存在する。 それがバッ …

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how to type backslash

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 01 5月 2019.

バックスラッシュを打つ設定

新学期でUNIXコマンドを使い始めた方も多いだろう。 その際によく受ける質問で最近気になっているのは、アルファベットや数 …

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Exit Wordpress

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 30 4月 2019.

過去のブログコンテンツの統合

休日ともなると余裕ができる。 一年前からの懸案である、WordPressで作りためたコンテンツの統合。 再開当時はWordPressのXMLからmarkdownへの移行ツールが見つけられなかったが、今ならどう …

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Shizuoka.ngs#2

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 21 4月 2019.

エンジニアのための生命科学データ勉強会@静岡#2

昨年、生命科学ガチ初心でもできる!エンジニアのための生命科学 …

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half time of my research life

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 14 4月 2019.

研究人生の中間地点

大学院を出て働き出した2000年から今年2019年で、19年。 そして、65才まで働くとして(これは怪しいが)、あと19年。 今年は、そのちょうど中間地点の …

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thanks to jupyter bon

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 13 4月 2019.

Jupyter本のサンプルコードのおかげで解決

諸事情あって、可視化をPythonでやろうとして、Jupyter notebookでグラフなどを出そうとしていた週末。 平日にはやらないような写経とかを楽しみながらも、どうやっても本にあるような …

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AOE layer the 3rd

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 12 4月 2019.

AOEの外堀

SRAにRNA-seqとして登録されているものの、NCBI Gene Expression Omnibus(GEO)やEBI ArrayExpress(AE)といったいわゆる遺伝子発現データベースに登録されていないデータを抽出してAOEに突っ込んだ。 DDBJ Genomic …

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about

Written by Hidemasa Bono in about on 月 01 4月 2019.

本サイトに関して

本サイトにおいてGoogle社が提供するWebアクセス解析ツール(以下「Google アナリティクス」といいます。)を使用しています。 この際、アクセス情報が …

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Mishima.syk 13th

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 10 2月 2019.

Mishima.syk#13

8ヶ月ぶりに開催されたMishima.sykは今回13回目。 もうすぐ、三島に来て丸5年ということは、この勉強会も約6年やっているということになる。

今回は、知り合いの研究者が関東から遠征してき …

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Plan S

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 08 2月 2019.

Plan Sとは

論文を出すことを日常的にしている研究者にとって非常に関わりが深いことなのに、ほとんど知られてないの …

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HISAT2 Samtools workflow

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 02 2月 2019.

HISAT2→Samtoolsなワークフロー

以前書いたブログエントリなどを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ。

HISAT2でreference genomeにmappingして、genomeに対するアラインメントを得る場合。 HISAT2のウェブサイトにすでにindexずみのそれがある場合はしなくていいが、まずはindex作成。 hisat2-buildコマンドにて …

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