what is backquote
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 02 5月 2019.
バッククオート
クオート(quote)にはシングル(')とタブル(")があるのはよく知られているだろう。
実は、さらに第3のクオートが存在する。
それがバッ …
how to type backslash
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 01 5月 2019.
バックスラッシュを打つ設定
新学期でUNIXコマンドを使い始めた方も多いだろう。 その際によく受ける質問で最近気になっているのは、アルファベットや数 …
Exit Wordpress
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 30 4月 2019.
過去のブログコンテンツの統合
休日ともなると余裕ができる。 一年前からの懸案である、WordPressで作りためたコンテンツの統合。 再開当時はWordPressのXMLからmarkdownへの移行ツールが見つけられなかったが、今ならどう …
April2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 30 4月 2019.
2019年4月を振り返って
4月は絶望より始まった。 やるべきことをやるしかないという思いで「引きこもって進めた」結果、出張は比較的少なく、宿泊回数3泊。 そして、AOEの外堀 …
15th Workflow Meetup
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 24 4月 2019.
Workflow Meetup＠東京日本橋
同僚に教えられ、15th Workflow Meetupに初参加。 東京会場は、COREDO日本橋にある理化学研究所 東京連絡事務所（15階）だったのだが、そこも初という、初め …
Shizuoka.ngs#2
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 21 4月 2019.
エンジニアのための生命科学データ勉強会＠静岡#2
昨年、生命科学ガチ初心でもできる！エンジニアのための生命科学 …
Beyond differentially expressed genes
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 19 4月 2019.
DEGノムコウ
発現差のあった遺伝子群のことをDifferentially Expressed Genes(DEG)と呼ぶのは、Allie的にもぶっちぎりのトップとなっている今日この頃。 そして、詳細ページを見ると2004年から文献中に登場して …
Hypoxia-inducible factors are not activated by isoflurane
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 16 4月 2019.
共同研究論文が PLOS ONE に掲載
関西医科大学 広田 喜一 学長特命教授を中心とした研究グループによる共同研究論文 “Cancerous …
half time of my research life
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 14 4月 2019.
研究人生の中間地点
大学院を出て働き出した2000年から今年2019年で、19年。 そして、65才まで働くとして（これは怪しいが）、あと19年。 今年は、そのちょうど中間地点の …
thanks to jupyter bon
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 13 4月 2019.
Jupyter本のサンプルコードのおかげで解決
諸事情あって、可視化をPythonでやろうとして、Jupyter notebookでグラフなどを出そうとしていた週末。 平日にはやらないような写経とかを楽しみながらも、どうやっても本にあるような …
AOE layer the 3rd
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 12 4月 2019.
AOEの外堀
SRAにRNA-seqとして登録されているものの、NCBI Gene Expression Omnibus(GEO)やEBI ArrayExpress(AE)といったいわゆる遺伝子発現データベースに登録されていないデータを抽出してAOEに突っ込んだ。 DDBJ Genomic …
4 years have passed
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 03 4月 2019.
あれから4年
前職で採用面接から立会い、プログラミングもできる分子生物学研究者（彼はスイッチヒッターと言って …
about
Written by Hidemasa Bono in about on 月 01 4月 2019.
本サイトに関して
本サイトにおいてGoogle社が提供するWebアクセス解析ツール（以下「Google アナリティクス」といいます。）を使用しています。 この際、アクセス情報が …
March2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 30 3月 2019.
2019年3月を振り返って
月初めからつくばまで行って農研機構 生物機能利用研究推進会議で登壇するなど、1月と2月の合計6泊よりも多い宿泊回数7泊の3月だった。
さらに、月初の阪大医学部Python会の2人の春合宿 …
odokon2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 27 3月 2019.
日本応用動物昆虫学会大会2019＠つくば
2019年3月25日〜27日まで、第63回日本応用動物昆虫学会大会がつくばで開かれ、25と26日に参加。 昨年は小集会の講師として参加し、今年はサテラ …
AJACS insect special1
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 24 3月 2019.
2019年応用動物昆虫学会大会連動企画 データ解析講習会
2019年3月25日〜27日まで、第63回日本応用動物昆虫学会大会がつくばで開かれる。 それに連動して、その前日の2019年3月24日にデータ解析講習会を柏の葉キャン …
Kaiko no jikkentan
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 16 3月 2019.
カイコの実験単
Amazonでは2019年3月22日発売予定のカイコの実験単。 この本の企画編集委員をされていた共同研究者よりご恵投いただく。 ありがとう …
IT for Biological Data Analysis in stapy 43rd
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 13 3月 2019.
みんなのPython勉強会#43
前回、参加できなかったみんなのPython勉強会。 ここのところスケジュールの都合がつかず、2018年の秋からの新しい会場になってから長い間参加できなかった。
今回は、スケジュール …
drbonobon 4th print
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 月 11 3月 2019.
Dr.Bonoの生命科学データ解析第4刷
今月(2019年3月)で、Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)上梓から1年半あまりとなった。 そんな今日、第4刷をするという連絡が出版社からきた。
ここのところ、Amazonの「生命科学」カテゴリーでも上位に食い込んでおり、ひ …
IT for Biological Data Analysis 1month
Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 土 09 3月 2019.
生命科学データ解析を支える情報技術 発売一ヶ月
2019年2月9日に「生命科学データ解析を支える情報技術」（以下、IT4BDA）が発売されてか …
RNA-seq data analysis in-turn
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 08 3月 2019.
阪大医Python会春合宿＠三島
阪大医Python会の優秀なる2人の医学部生が、春合宿と称して職場に来襲。 3/4-8までの5日間滞在。 その間、共同研究者も彼らの来襲に合わせて来 …
The Introductory Bayesian Statistics Course by High School Girl Ranko
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 03 3月 2019.
女子高生乱子によるベイズ統計学入門講座: とある弁当屋の統計技師(データサイエンティスト) 3
かつて職場に大学 …
NARO NIAS
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 01 3月 2019.
農研機構 生物機能利用研究推進会議
農研機構の生物機能利用研究部門の会議に特別講演に呼ばれたので、つくばま …
IT for Biological Data Analysis in dennou
Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 水 20 2月 2019.
生命科学データ解析を支える情報技術の紹介記事
「生命科学データ解析を支える情報技術」（以下、IT4BDA）が正式に発売され …
Comparative analysis of seven types of superoxide dismutases for their ability to respond to oxidative stress in Bombyx mori
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 19 2月 2019.
活性酸素を除去する新型酵素を昆虫から発見
東京農工大学大学院農学研究院生物生産科学部門 天竺桂弘子准教授 …
IT for Biological Data Analysis 1week
Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 土 16 2月 2019.
生命科学データ解析を支える情報技術 発売一週間
2019年2月9日に「生命科学データ解析を支える情報技術」（以下、IT4BDA）が正式に発売さ …
IT for Biological Data Analysis in stapy 42nd
Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 水 13 2月 2019.
みんなのPython勉強会#42で紹介
自分は参加できなかったのだが、「生命科学データ解析を支える情報技術」をみんなのPython勉強会(stapy)#42の冒頭で紹 …
Mishima.syk 13th
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 10 2月 2019.
Mishima.syk#13
8ヶ月ぶりに開催されたMishima.sykは今回13回目。 もうすぐ、三島に来て丸5年ということは、この勉強会も約6年やっているということになる。
今回は、知り合いの研究者が関東から遠征してき …
IT for Biological Data Analysis for sale
Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 土 09 2月 2019.
生命科学データ解析を支える情報技術 発売
本日(2019年2月9日)、「生命科学データ解析を支える情報技術」（以下、IT4BDA）発売。 調べてみたら …
Plan S
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 08 2月 2019.
Plan Sとは
論文を出すことを日常的にしている研究者にとって非常に関わりが深いことなのに、ほとんど知られてないの …
IT for Biological Data Analysis Kindle version
Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 木 07 2月 2019.
生命科学データ解析を支える情報技術 Kindle版
Kidle版も2019年2月6日に予約発売開始になっていた。PDF版はこれまでも経験あるが、自分の著書がKindle化されたのは実は初めて。うれしい。
出張で受け取れていなかった実物も手 …
Real IT for Biological Data Analysis
Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 火 05 2月 2019.
生命科学データ解析を支える情報技術の実物
そういうわけで、今週末(2/9)に発売予定の「生命科学データ解析を支え …
IT for Biological Data Analysis for pre release
Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 月 04 2月 2019.
生命科学データ解析を支える情報技術 先行発売開始
立春の今日(2/4)、今週末土曜日(2/9)に発売予定の「生命科学デー …
HISAT2 Samtools workflow
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 02 2月 2019.
HISAT2→Samtoolsなワークフロー
以前書いたブログエントリなどを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ。
HISAT2でreference genomeにmappingして、genomeに対するアラインメントを得る場合。
HISAT2のウェブサイトにすでにindexずみのそれがある場合はしなくていいが、まずはindex作成。
hisat2-buildコマンドにて …
CIBEX data reloaded to GEA
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 01 2月 2019.
かつてCIBEXに登録したデータがGEAで復活
かつてCIBEXという遺伝子発現データベースがあった。 日本での遺伝子発現データベースということで、自分が …
pre Trinity
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 28 1月 2019.
Trinity前処理
以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ。 リンク先にあるスクリプトがちゃんと動 …
blastdbcmd2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 27 1月 2019.
localBLASTのblastdbcmdを使って配列エントリの特定の領域を取得する
以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ、blastdbcmd版。
新規なモデル生物では、ゲノム配列が公 …
BLAT
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 26 1月 2019.
ぶらっとBLAT
以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ、BLAT版。
BLATはThe BLAST Like Alignment Toolというツールで …
Make GEA Searchable from AOE
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 25 1月 2019.
GEAをAOEから検索可能に
前にも触れた遺伝子発現データのアーカイブ、Genomic Expression Archive (GEA)であるが、公開データも出てきている。
それらのデータはEBIの …
sequenceserver2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 24 1月 2019.
sequenceserver
需要あるので、以前書いたブログエントリを現状に合わせて見直して再掲載。
BioHackathon2015で参加者たちがそれぞれに持って …
IT for Biological Data Analysis in print
Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 火 22 1月 2019.
生命科学データ解析を支える情報技術 印刷中
来月2019年2月9日に発売予定の「生命科学データ解析を支える情報技術」（以下、IT4BDA）、2019年1月22日にamazonにも表紙と …
Genomic Expression Archive debut
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 18 1月 2019.
Genomic Expression Archive (GEA) に登録してみた
DDBJがメンテナンスから戻ってきた。 メンテナンスの前に投げてあった遺伝子発現データのアーカイブ、Genomic Expression Archive (GEA)から正式に …
IT for Biological Data Analysis preview
Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 木 17 1月 2019.
生命科学データ解析を支える情報技術 予告編
来月2019年2月9日に発売予定の「生命科学データ解析を支える情報技術」（以下、IT4BDA）、ぼうのブログで …
MacMini 2018
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 13 1月 2019.
ぼうのブログ引越し
新しく買ったMacMini2018にサーバー移行作業。
基本、
- 「画面共有」をオン
- 「リモートログイン」をオン
にして手元のマシンから。 ブログ …
Homework in winter vacation 2019
Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 日 06 1月 2019.
冬休みの宿題2019
昨年(2018年)の冬休みは、ゲノム第4版の翻訳が冬休みの宿題で、
- 第5章 Genome Annotation （ゲノムアノテーション）
- 第6章 Identifying Gene Functions …
PLOS ONE described in "Houston, we have a narrative"
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 03 1月 2019.
PLOS ONE
昨日のエントリで紹介した本「なぜ科学はストーリーを必要としているのか」のp266には、馴染みの深い論文誌PLOS ONEに関 …
Houston, we have a narrative
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 02 1月 2019.
なぜ科学はストーリーを必要としているのか
2018/11/10-11/14に参加したアメリカ昆虫学会の年会。 そのkeynote speech speaker、Randy Olsonさんの著作、やっと完読。
研究者 …
Plan 2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 01 1月 2019.
2019年の計
あけましておめでとうございます。本年もよろしくお願いします。 年頭恒例にしているその年の計。「2019年、かくありたい …
Review 2018
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 31 12月 2018.
2018年を振り返って
年頭に書いた「2018年、かくありたい」に沿って、2018年の活動を振り返ってみたい。
引き続き、ずっと取り組んでいるメインの仕事、公共DBの全レコードを対象としたデータ解析研究に力を注ぎ、懸案の仕事を論文 …
IT for Biological Data Analysis
Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 土 29 12月 2018.
生命科学データ解析を支える情報技術 第一報
予約販売開始は年越しと思われた「生命科学データ解析を支える情報 …