QuickLook
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 29 6月 2019.
less-less なファイル操作
ファイルシステムにあるファイル（多くはダウンロードしてきたファイルだが）の中身を確認す …
17th Workflow Meetup
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 28 6月 2019.
17th Workflow Meetup
15回目に参加して以来、3回連続。
今回は17回目。 CommandLineToolを単体で動かすところだけだが、Shizuoka.ngs#2で人に紹介したりして、なんとなくCWLの活動に貢献できてきたかなと。
さらに調子に乗って、CWLでsalmonを動かしてみるコンテンツを作るこ …
AJACS advanced 6th
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 25 6月 2019.
統合データベース講習会AJACSa6河内
毎年やっている中上級向け講習会AJACSadvanced(AJACSa)を今年も開催。 今年は、大阪府枚方市の関西医科大 …
Shizuoka.ngs#2 done
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 23 6月 2019.
Shizuoka.ngs#2に参加しての雑感
このブログの過去のエントリにも書いたように、Shizuoka.ngs#2が開催された。 場所は、前回の読書会と同じ貸し会議室 …
Running kallisto via CWL
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 22 6月 2019.
Common Workflow Language(CWL)を使ってkallistoを実行する
このエントリは、Shizuoka.ngs#2で行われたワークショップの上級者用コンテンツです。
Install pelican with markdown
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 21 6月 2019.
PelicanをMarkDown付きでinstall
condaの不具合から一度全部アンインストール。
そのため、このブログが更新できなくなってしまったので、再度pelicanをインストール。
単純にpelicanをcondaで入れればいいだけでなく、MarkDownも必要。
#!/bin/sh
conda install pelican
conda install MarkDown
Lecture on insect physiological chemistry
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 11 6月 2019.
大学院講義 昆虫生理化学特論
東京農工大学農学府にて、大学院の集中講義として。
基本的には、Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)の内容に沿った …
IT for Biological Data Analysis 4months
Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 日 09 6月 2019.
生命科学データ解析を支える情報技術 発売4ヶ月
2019年2月9日に「生命科学データ解析を支える情報技術」（以下、IT4BDA）が発売されてから早 …
JSGEDIT 4th
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 05 6月 2019.
日本ゲノム編集学会第4回大会
東京（船堀）開催だったというのもあって、初めて参加。 有用物質生産や育種での応用を調査す …
May2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 31 5月 2019.
2019年5月を振り返って
前半は、4月から準備してきた、Cold Spring Harbor Meeting on Biology of the Genomes関係。 AOEの論文をプレプリントとしてbioRxivにアップロードしたり。 おかげで …
ikra revisted
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 22 5月 2019.
ikra再び
tximportで定量する部分を使わせてもらった、阪大医学部Python会のyyoshiaki氏によるikraであるが、また別プロジェクトで使わせてもらうことに。 Docker以外は特にデータ解析ソフトウェアをインストールしていない環境で手っ取り早くsalmonによる発現定量をしたかったため …
Direct search links added
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 19 5月 2019.
直リンク追加
ここで説明したことがないから気づかれてないかもしれないが。 現在のレイアウトでは右カラムに並 …
AOE archived in LSDB archive
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 17 5月 2019.
AOE、生命科学系データベースアーカイブに
All of gene expression(AOE)のデータ（遺伝子発現データのメタデータのindex）が、生命科学系デ …
Always on SSL for AOE
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 16 5月 2019.
AOEのHTTPS化
業界の多くのウェブページがHTTPS化する中、取り残されていた。 特に必要性を感じなかったからだが、やはり多くの人にそのサ …
Jet Lag in 2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 15 5月 2019.
時差ボケ
今回は13時間時差のあるところに5日間(4泊)だったのだが、やはり帰ってきても時差ボケに。 いつもなら帰ってきても欠かさずmelatonin投与してそれほどでもなかったのだが、今回はそれ …
Apple Watch Theater mode
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 12 5月 2019.
Apple Watchのシアターモード
Apple Watchを普段から愛用している。
これまでApple Watchをつけて飛行機に長時間乗るとすぐに電池が消耗し、しかも飛行機によくついているUSBにApple Watch磁気充電ケーブルをさして充電しても全然充電が進まないどころか、むしろ電池が減るという事態に。
それをtweetしたところ、シアターモー …
The Biology of Genomes 2019 day5
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 11 5月 2019.
The Biology of Genomes 2019 day5
meeting最終日。 来た日には、5日間もあって長いなあと思っていたが、実際にはあっという間だった。
全体的な雑感としては、順調に女性参加者の割合が増え …
The Biology of Genomes 2019 day4
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 10 5月 2019.
The Biology of Genomes 2019 day4
「なんとかseq」はまだまだ増殖中、というのを再確認。 というか、手法の命名方法として多用されていて、それ …
The Biology of Genomes 2019 day3
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 09 5月 2019.
The Biology of Genomes 2019 day3
Population Genomicsのセッションを聴いていて、ゲノムデータを使った研究の広がり、を感じた。 その使った研究がもっと増えていかねば。 もちろん …
The Biology of Genomes 2019 day2
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 08 5月 2019.
The Biology of Genomes 2019 day2
ポスター発表は会期中の2,3,4日目に、毎日日替わりで、発表者のLast Name、アルファベット順。 ということで、Bから始まる私は初日に。
2日目だとバッチリ日周期(circadian …
The Biology of Genomes 2019 day1
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 07 5月 2019.
The Biology of Genomes 2019 day1
2019/5/7-11まで Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) で開かれている The Biology of Genomes に参加。 ミーティングの名前を変えながらも、この時期に毎 …
Docker setting for genomer
Written by Hidemasa Bono in misc on 月 06 5月 2019.
ゲノム解析者用Docker設定
Docker Desktop for macのおかげで、macOSでもDockerを使ってツールを起動することが簡単になった。 インストールの際にライブラリの依存性に悩まされることもなく、またバ …
completion of writing 2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 05 5月 2019.
脱稿2019
年頭から書いてきたとある書き物を脱稿した。
#!/bin/bash
wc -m *.md
でカウントした文字数の合計は、212,364となった。
今回 …
AOE paper uploaded to BioRxiv
Written by Hidemasa Bono in papers on 土 04 5月 2019.
AOEの論文をBioRxivにアップロード
All of gene expression (AOE)の論文を次週からのCold Spring Harbor Laboratory (CSHL)での学会発表（ポスター発表）を前にBioRxivにアップロードした。
All of gene expression (AOE …
what is tilde
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 03 5月 2019.
チルダ
電子メールなどの文書には出てこないがUNIXコマンドラインで出てくる文字として、~がある。
読み方は、「にょろ」ではなく、「チルダ(tilde)」である。
かつてはウェブ …
what is backquote
Written by Hidemasa Bono in misc on 木 02 5月 2019.
バッククオート
クオート(quote)にはシングル(')とタブル(")があるのはよく知られているだろう。
実は、さらに第3のクオートが存在する。
それがバッ …
how to type backslash
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 01 5月 2019.
バックスラッシュを打つ設定
新学期でUNIXコマンドを使い始めた方も多いだろう。 その際によく受ける質問で最近気になっているのは、アルファベットや数 …
Exit Wordpress
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 30 4月 2019.
過去のブログコンテンツの統合
休日ともなると余裕ができる。 一年前からの懸案である、WordPressで作りためたコンテンツの統合。 再開当時はWordPressのXMLからmarkdownへの移行ツールが見つけられなかったが、今ならどう …
April2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 火 30 4月 2019.
2019年4月を振り返って
4月は絶望より始まった。 やるべきことをやるしかないという思いで「引きこもって進めた」結果、出張は比較的少なく、宿泊回数3泊。 そして、AOEの外堀 …
15th Workflow Meetup
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 24 4月 2019.
Workflow Meetup＠東京日本橋
同僚に教えられ、15th Workflow Meetupに初参加。 東京会場は、COREDO日本橋にある理化学研究所 東京連絡事務所（15階）だったのだが、そこも初という、初め …
Shizuoka.ngs#2
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 21 4月 2019.
エンジニアのための生命科学データ勉強会＠静岡#2
昨年、生命科学ガチ初心でもできる！エンジニアのための生命科学 …
Beyond differentially expressed genes
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 19 4月 2019.
DEGノムコウ
発現差のあった遺伝子群のことをDifferentially Expressed Genes(DEG)と呼ぶのは、Allie的にもぶっちぎりのトップとなっている今日この頃。 そして、詳細ページを見ると2004年から文献中に登場して …
Hypoxia-inducible factors are not activated by isoflurane
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 16 4月 2019.
共同研究論文が PLOS ONE に掲載
関西医科大学 広田 喜一 学長特命教授を中心とした研究グループによる共同研究論文 “Cancerous …
half time of my research life
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 14 4月 2019.
研究人生の中間地点
大学院を出て働き出した2000年から今年2019年で、19年。 そして、65才まで働くとして（これは怪しいが）、あと19年。 今年は、そのちょうど中間地点の …
thanks to jupyter bon
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 13 4月 2019.
Jupyter本のサンプルコードのおかげで解決
諸事情あって、可視化をPythonでやろうとして、Jupyter notebookでグラフなどを出そうとしていた週末。 平日にはやらないような写経とかを楽しみながらも、どうやっても本にあるような …
AOE layer the 3rd
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 12 4月 2019.
AOEの外堀
SRAにRNA-seqとして登録されているものの、NCBI Gene Expression Omnibus(GEO)やEBI ArrayExpress(AE)といったいわゆる遺伝子発現データベースに登録されていないデータを抽出してAOEに突っ込んだ。 DDBJ Genomic …
4 years have passed
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 03 4月 2019.
あれから4年
前職で採用面接から立会い、プログラミングもできる分子生物学研究者（彼はスイッチヒッターと言って …
about
Written by Hidemasa Bono in about on 月 01 4月 2019.
本サイトに関して
本サイトにおいてGoogle社が提供するWebアクセス解析ツール（以下「Google アナリティクス」といいます。）を使用しています。 この際、アクセス情報が …
March2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 30 3月 2019.
2019年3月を振り返って
月初めからつくばまで行って農研機構 生物機能利用研究推進会議で登壇するなど、1月と2月の合計6泊よりも多い宿泊回数7泊の3月だった。
さらに、月初の阪大医学部Python会の2人の春合宿 …
odokon2019
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 27 3月 2019.
日本応用動物昆虫学会大会2019＠つくば
2019年3月25日〜27日まで、第63回日本応用動物昆虫学会大会がつくばで開かれ、25と26日に参加。 昨年は小集会の講師として参加し、今年はサテラ …
AJACS insect special1
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 24 3月 2019.
2019年応用動物昆虫学会大会連動企画 データ解析講習会
2019年3月25日〜27日まで、第63回日本応用動物昆虫学会大会がつくばで開かれる。 それに連動して、その前日の2019年3月24日にデータ解析講習会を柏の葉キャン …
Kaiko no jikkentan
Written by Hidemasa Bono in misc on 土 16 3月 2019.
カイコの実験単
Amazonでは2019年3月22日発売予定のカイコの実験単。 この本の企画編集委員をされていた共同研究者よりご恵投いただく。 ありがとう …
IT for Biological Data Analysis in stapy 43rd
Written by Hidemasa Bono in misc on 水 13 3月 2019.
みんなのPython勉強会#43
前回、参加できなかったみんなのPython勉強会。 ここのところスケジュールの都合がつかず、2018年の秋からの新しい会場になってから長い間参加できなかった。
今回は、スケジュール …
drbonobon 4th print
Written by Hidemasa Bono in drbonobon on 月 11 3月 2019.
Dr.Bonoの生命科学データ解析第4刷
今月(2019年3月)で、Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)上梓から1年半あまりとなった。 そんな今日、第4刷をするという連絡が出版社からきた。
ここのところ、Amazonの「生命科学」カテゴリーでも上位に食い込んでおり、ひ …
IT for Biological Data Analysis 1month
Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 土 09 3月 2019.
生命科学データ解析を支える情報技術 発売一ヶ月
2019年2月9日に「生命科学データ解析を支える情報技術」（以下、IT4BDA）が発売されてか …
RNA-seq data analysis in-turn
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 08 3月 2019.
阪大医Python会春合宿＠三島
阪大医Python会の優秀なる2人の医学部生が、春合宿と称して職場に来襲。 3/4-8までの5日間滞在。 その間、共同研究者も彼らの来襲に合わせて来 …
The Introductory Bayesian Statistics Course by High School Girl Ranko
Written by Hidemasa Bono in misc on 日 03 3月 2019.
女子高生乱子によるベイズ統計学入門講座: とある弁当屋の統計技師(データサイエンティスト) 3
かつて職場に大学 …
NARO NIAS
Written by Hidemasa Bono in misc on 金 01 3月 2019.
農研機構 生物機能利用研究推進会議
農研機構の生物機能利用研究部門の会議に特別講演に呼ばれたので、つくばま …
IT for Biological Data Analysis in dennou
Written by Hidemasa Bono in IT4BDA on 水 20 2月 2019.
生命科学データ解析を支える情報技術の紹介記事
「生命科学データ解析を支える情報技術」（以下、IT4BDA）が正式に発売され …
Comparative analysis of seven types of superoxide dismutases for their ability to respond to oxidative stress in Bombyx mori
Written by Hidemasa Bono in papers on 火 19 2月 2019.
活性酸素を除去する新型酵素を昆虫から発見
東京農工大学大学院農学研究院生物生産科学部門 天竺桂弘子准教授 …