Shizuoka.ngs#2

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 21 4月 2019.

エンジニアのための生命科学データ勉強会@静岡#2

昨年、生命科学ガチ初心でもできる!エンジニアのための生命科学 …

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half time of my research life

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 14 4月 2019.

研究人生の中間地点

大学院を出て働き出した2000年から今年2019年で、19年。 そして、65才まで働くとして(これは怪しいが)、あと19年。 今年は、そのちょうど中間地点の …

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thanks to jupyter bon

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 13 4月 2019.

Jupyter本のサンプルコードのおかげで解決

諸事情あって、可視化をPythonでやろうとして、Jupyter notebookでグラフなどを出そうとしていた週末。 平日にはやらないような写経とかを楽しみながらも、どうやっても本にあるような …

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AOE layer the 3rd

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 12 4月 2019.

AOEの外堀

SRAにRNA-seqとして登録されているものの、NCBI Gene Expression Omnibus(GEO)やEBI ArrayExpress(AE)といったいわゆる遺伝子発現データベースに登録されていないデータを抽出してAOEに突っ込んだ。 DDBJ Genomic …

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about

Written by Hidemasa Bono in about on 月 01 4月 2019.

本サイトに関して

本サイトにおいてGoogle社が提供するWebアクセス解析ツール(以下「Google アナリティクス」といいます。)を使用しています。 この際、アクセス情報が …

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Mishima.syk 13th

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 10 2月 2019.

Mishima.syk#13

8ヶ月ぶりに開催されたMishima.sykは今回13回目。 もうすぐ、三島に来て丸5年ということは、この勉強会も約6年やっているということになる。

今回は、知り合いの研究者が関東から遠征してき …

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Plan S

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 08 2月 2019.

Plan Sとは

論文を出すことを日常的にしている研究者にとって非常に関わりが深いことなのに、ほとんど知られてないの …

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HISAT2 Samtools workflow

Written by Hidemasa Bono in misc on 土 02 2月 2019.

HISAT2→Samtoolsなワークフロー

以前書いたブログエントリなどを現状に合わせて見直して再掲載シリーズ。

HISAT2でreference genomeにmappingして、genomeに対するアラインメントを得る場合。 HISAT2のウェブサイトにすでにindexずみのそれがある場合はしなくていいが、まずはindex作成。 hisat2-buildコマンドにて …

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MacMini 2018

Written by Hidemasa Bono in misc on 日 13 1月 2019.

ぼうのブログ引越し

新しく買ったMacMini2018にサーバー移行作業。

hoge

基本、

  • 「画面共有」をオン
  • 「リモートログイン」をオン

にして手元のマシンから。 ブログ …

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Plan 2019

Written by Hidemasa Bono in misc on 火 01 1月 2019.

2019年の計

あけましておめでとうございます。本年もよろしくお願いします。 年頭恒例にしているその年の計。「2019年、かくありたい …

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Nights in hotels 2018

Written by Hidemasa Bono in misc on 金 28 12月 2018.

2018年出張外泊数

三島勤務になって以来、ここ5年数えて来た「仕事で外泊」した日数。2018年の日数が確定。

その結果、2018年は83泊で昨年より6泊増えて、さらに悪化。

泊数
2017 77
2016 77
2015 65 …

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Bonen2018

Written by Hidemasa Bono in misc on 水 19 12月 2018.

2018年忘年会

早いもので、忘年会が行われれる、もうそんな季節に。 隣のセンターの長の交代や統合牧場第三のチルドレンの加入 …

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