condaの不具合から一度全部アンインストール。
そのため、このブログが更新できなくなってしまったので、再度pelicanをインストール。
単純にpelicanをcondaで入れればいいだけでなく、MarkDownも必要。
#!/bin/sh
conda install pelican
conda install MarkDown
東京農工大学農学府にて、大学院の集中講義として。
基本的には、Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)の内容に沿った …
2019年2月9日に「生命科学データ解析を支える情報技術」（以下、IT4BDA）が発売されてから早 …
東京（船堀）開催だったというのもあって、初めて参加。 有用物質生産や育種での応用を調査す …
前半は、4月から準備してきた、Cold Spring Harbor Meeting on Biology of the Genomes関係。 AOEの論文をプレプリントとしてbioRxivにアップロードしたり。 おかげで …
tximportで定量する部分を使わせてもらった、阪大医学部Python会のyyoshiaki氏によるikraであるが、また別プロジェクトで使わせてもらうことに。 Docker以外は特にデータ解析ソフトウェアをインストールしていない環境で手っ取り早くsalmonによる発現定量をしたかったため …
ここで説明したことがないから気づかれてないかもしれないが。 現在のレイアウトでは右カラムに並 …
All of gene expression(AOE)のデータ（遺伝子発現データのメタデータのindex）が、生命科学系デ …
業界の多くのウェブページがHTTPS化する中、取り残されていた。 特に必要性を感じなかったからだが、やはり多くの人にそのサ …
今回は13時間時差のあるところに5日間(4泊)だったのだが、やはり帰ってきても時差ボケに。 いつもなら帰ってきても欠かさずmelatonin投与してそれほどでもなかったのだが、今回はそれ …
Apple Watchを普段から愛用している。
これまでApple Watchをつけて飛行機に長時間乗るとすぐに電池が消耗し、しかも飛行機によくついているUSBにApple Watch磁気充電ケーブルをさして充電しても全然充電が進まないどころか、むしろ電池が減るという事態に。
それをtweetしたところ、シアターモー …
meeting最終日。 来た日には、5日間もあって長いなあと思っていたが、実際にはあっという間だった。
全体的な雑感としては、順調に女性参加者の割合が増え …
「なんとかseq」はまだまだ増殖中、というのを再確認。 というか、手法の命名方法として多用されていて、それ …
Population Genomicsのセッションを聴いていて、ゲノムデータを使った研究の広がり、を感じた。 その使った研究がもっと増えていかねば。 もちろん …
ポスター発表は会期中の2,3,4日目に、毎日日替わりで、発表者のLast Name、アルファベット順。 ということで、Bから始まる私は初日に。
2日目だとバッチリ日周期(circadian …
2019/5/7-11まで Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) で開かれている The Biology of Genomes に参加。 ミーティングの名前を変えながらも、この時期に毎 …
Docker Desktop for macのおかげで、macOSでもDockerを使ってツールを起動することが簡単になった。 インストールの際にライブラリの依存性に悩まされることもなく、またバ …
年頭から書いてきたとある書き物を脱稿した。
#!/bin/bash
wc -m *.md
でカウントした文字数の合計は、212,364となった。
今回 …
All of gene expression (AOE)の論文を次週からのCold Spring Harbor Laboratory (CSHL)での学会発表（ポスター発表）を前にBioRxivにアップロードした。
All of gene expression (AOE …
電子メールなどの文書には出てこないがUNIXコマンドラインで出てくる文字として、~がある。
読み方は、「にょろ」ではなく、「チルダ(tilde)」である。
かつてはウェブ …
クオート(quote)にはシングル(')とタブル(")があるのはよく知られているだろう。
実は、さらに第3のクオートが存在する。
それがバッ …
新学期でUNIXコマンドを使い始めた方も多いだろう。 その際によく受ける質問で最近気になっているのは、アルファベットや数 …
休日ともなると余裕ができる。 一年前からの懸案である、WordPressで作りためたコンテンツの統合。 再開当時はWordPressのXMLからmarkdownへの移行ツールが見つけられなかったが、今ならどう …
4月は絶望より始まった。 やるべきことをやるしかないという思いで「引きこもって進めた」結果、出張は比較的少なく、宿泊回数3泊。 そして、AOEの外堀 …
同僚に教えられ、15th Workflow Meetupに初参加。 東京会場は、COREDO日本橋にある理化学研究所 東京連絡事務所（15階）だったのだが、そこも初という、初め …
昨年、生命科学ガチ初心でもできる！エンジニアのための生命科学 …
発現差のあった遺伝子群のことをDifferentially Expressed Genes(DEG)と呼ぶのは、Allie的にもぶっちぎりのトップとなっている今日この頃。 そして、詳細ページを見ると2004年から文献中に登場して …
関西医科大学 広田 喜一 学長特命教授を中心とした研究グループによる共同研究論文 “Cancerous …
大学院を出て働き出した2000年から今年2019年で、19年。 そして、65才まで働くとして（これは怪しいが）、あと19年。 今年は、そのちょうど中間地点の …
諸事情あって、可視化をPythonでやろうとして、Jupyter notebookでグラフなどを出そうとしていた週末。 平日にはやらないような写経とかを楽しみながらも、どうやっても本にあるような …
SRAにRNA-seqとして登録されているものの、NCBI Gene Expression Omnibus(GEO)やEBI ArrayExpress(AE)といったいわゆる遺伝子発現データベースに登録されていないデータを抽出してAOEに突っ込んだ。 DDBJ Genomic …
前職で採用面接から立会い、プログラミングもできる分子生物学研究者（彼はスイッチヒッターと言って …
本サイトにおいてGoogle社が提供するWebアクセス解析ツール（以下「Google アナリティクス」といいます。）を使用しています。 この際、アクセス情報が …
月初めからつくばまで行って農研機構 生物機能利用研究推進会議で登壇するなど、1月と2月の合計6泊よりも多い宿泊回数7泊の3月だった。
さらに、月初の阪大医学部Python会の2人の春合宿 …
2019年3月25日〜27日まで、第63回日本応用動物昆虫学会大会がつくばで開かれ、25と26日に参加。 昨年は小集会の講師として参加し、今年はサテラ …
2019年3月25日〜27日まで、第63回日本応用動物昆虫学会大会がつくばで開かれる。 それに連動して、その前日の2019年3月24日にデータ解析講習会を柏の葉キャン …
Amazonでは2019年3月22日発売予定のカイコの実験単。 この本の企画編集委員をされていた共同研究者よりご恵投いただく。 ありがとう …
前回、参加できなかったみんなのPython勉強会。 ここのところスケジュールの都合がつかず、2018年の秋からの新しい会場になってから長い間参加できなかった。
今回は、スケジュール …
今月(2019年3月)で、Dr.Bonoの生命科学データ解析(Bono本)上梓から1年半あまりとなった。 そんな今日、第4刷をするという連絡が出版社からきた。
ここのところ、Amazonの「生命科学」カテゴリーでも上位に食い込んでおり、ひ …
2019年2月9日に「生命科学データ解析を支える情報技術」（以下、IT4BDA）が発売されてか …
阪大医Python会の優秀なる2人の医学部生が、春合宿と称して職場に来襲。 3/4-8までの5日間滞在。 その間、共同研究者も彼らの来襲に合わせて来 …
かつて職場に大学 …
農研機構の生物機能利用研究部門の会議に特別講演に呼ばれたので、つくばま …
「生命科学データ解析を支える情報技術」（以下、IT4BDA）が正式に発売され …
東京農工大学大学院農学研究院生物生産科学部門 天竺桂弘子准教授 …
2019年2月9日に「生命科学データ解析を支える情報技術」（以下、IT4BDA）が正式に発売さ …
自分は参加できなかったのだが、「生命科学データ解析を支える情報技術」をみんなのPython勉強会(stapy)#42の冒頭で紹 …
8ヶ月ぶりに開催されたMishima.sykは今回13回目。 もうすぐ、三島に来て丸5年ということは、この勉強会も約6年やっているということになる。
今回は、知り合いの研究者が関東から遠征してき …
本日(2019年2月9日)、「生命科学データ解析を支える情報技術」（以下、IT4BDA）発売。 調べてみたら …
論文を出すことを日常的にしている研究者にとって非常に関わりが深いことなのに、ほとんど知られてないの …